简介：摘要目的了解云南省边境地区新型冠状病毒肺炎本土疫情特征，分析感染的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2)基因组变异情况并进行溯源。方法收集2022年2月中旬至4月期间云南省边境地区12起本土疫情首例病例基本信息及标本，应用全基因组测序技术进行病毒基因序列测定，通过在线分析平台和软件，判断病毒型别，分析病毒突变情况，结合流调内容，推测疫情病毒感染来源。结果12起云南省边境地区本土疫情首例病例职业较多样，且活动区域均未离开过当地。Pangolin分型结果显示12起疫情SARS-CoV-2基因组均属Omicron (BA.2)变异株，其中各2起疫情SARS-CoV-2基因组进一步分属BA.2.10和BA.2.3.2进化分支。全基因组核苷酸突变分析表明，有十起疫情首例病例病毒基因序列存在1个及以上数目的特有核苷酸突变位点，结合流行病学调查内容，提示12起疫情可能均存在不同的病毒感染来源。进一步分析氨基酸突变发现，病例间基因序列除具备进化分支代表性突变位点外，还具有特有的氨基酸突变位点(如S：E1188D)，其影响同样值得关注。序列系统发育树分析结果与Pangolin分型及突变分析结果相吻合。结论12起云南本土疫情可能存在各自不同的病毒感染来源，这提示云南省边境地区疫情极具复杂性和挑战性。加强重点人群范围及核酸筛查频次，跟踪监测病毒变异规律，对疫情精准防控具有重要指导意义。

简介：摘要目的了解2019年云南省曲靖地区手足口病（HFMD）病原学特征。方法采集曲靖地区2019年HFMD患儿的粪便样本，从粪便悬液中直接提取病毒RNA，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒（EV）VP4区基因并测序，序列在GenBank确定病毒型别，用各型病毒的相关引物扩增病毒VP1区全序并测序，通过肠道病毒在线定型工具（Enterovirus Genotyping Tool Version 0.1）进行病毒型别初步鉴定，之后计算与原型株的核苷酸相似性并进行基因进化树分析定型。结果470份样本中共检测到62株EV毒株，总阳性检出率为13.19%，其中EV-A组病毒42株（8.94%），EV-B组病毒9株（1.91%），EV-C组病毒11株（2.34%），全为脊灰病毒1型疫苗株（Sabin株），未检测到肠道病毒71型（EV-A71）和EV-D组病毒。检出率较高的病毒依次为柯萨奇病毒A10型（CV-A10，4.47%，21株）、柯萨奇病毒A16型（CV-A16，2.55%，12株）、脊髓灰质炎病毒1型疫苗株（2.34%，11株）和CV-A6（1.70%，8株）。结论2019年云南省曲靖地区儿童HFMD病例的主要病原是CV-A10、CV-A16和CV-A6，未检出EV-A71。与往年国内其他省份相比，曲靖地区2019年HFMD病原体已经发生改变，今后要加强对CV-A10、CV-A16和CV-A6等病原的实验室监测工作。