简介：摘要目的了解2020年云南省曲靖市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病原学分布并分析病原体的基因特征。方法采集曲靖市2020年儿童HFMD病例粪便标本，从便悬液中直接提取病毒RNA，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒(enterovirus，EV)VP4区基因并测序，序列在GenBank进行BLAST搜索确定病毒型别，再用各型病毒的相关引物扩增病毒VP1区全序并测序，通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping Tool Version 0.1)进行病毒型别鉴定，按文献下载各病原体VP1区基因型/亚型代表株序列，用MEGA5.2软件构建基因进化树，分析各病原体的基因特征。结果2020年共从460份标本中检测到47株EV，总阳性检出率为10.22%(47/460)。检出的病毒依次为柯萨奇病毒A4型(coxsackievirus A4, CVA4，0.65%，3/460)、CVA6 (7.83%，36/460)、CVA10(0.87%，4/460)和CVA16(0.87%，4/460)，全为A组病毒(enterovirus species A，EVA)，未检测到其他组病毒，其中CVA6检出36株，占7.83%，是检出最多的病毒。EVA71的检出率为零。基因特征分析表明，CVA4的C2、C4两个基因亚型同时在曲靖市流行，CVA6的D3a亚型、CVA16的B1a亚型也在曲靖市流行，而CVA10单独为一个进化分支，可能为曲靖市特有。结论与往年全国的情况一样，EVA71和CVA16的检出率少甚至为零，而CVA6检出率最高，说明2020年曲靖市发生了以CVA6为主的手足口病流行。CVA10基因进化分析表明，曲靖市分离株位于单独的进化分支，可能是曲靖市特有的分支。今后应加强非EVA71和非CVA16尤其是CVA6和CVA10等病毒的实验室和分子流行病学监测。