简介:摘要目的建立指环病毒7型(TTV7)、8型(TTV8)、10型(TTV10)实时荧光定量PCR检测体系并进行临床验证。方法本研究根据GenBank已发布的TTV7、TTV8、TTV10基因序列设计特异性引物,构建重组质粒pMD19-T-TTV7、pMD19-T-TTV8、pMD19-T-TTV10,以其作为阳性标准品建立了基于FAM-Eclipse探针法的实时荧光定量PCR检测,并进行特异性、敏感性试验与临床样本检测。结果TTV7、TTV8、TTV10的实时荧光定量PCR检测体系标准曲线方程分别为y=-0.340 2x+114.780 0、y=-0.351 1x+114.940 0、y=-0.348 9x+115.020 0,相关系数都在0.99以上,与其他病毒无交叉反应,检测敏感性分别为108拷贝/μl、84拷贝/μl、98拷贝/μl。在临床小儿血清样本中的检测阳性率分别为10.9%、2.1%和4.3%。结论本研究建立的TTV7、TTV8、TTV10实时荧光定量PCR检测体系具有特异性强、灵敏性高等特点,可为临床血清样本TTV检测提供一个快速手段。
简介:摘要目的建立同时检测疱疹病毒(human herpesvirus, HHV)-6A、B和核糖核酸酶P/MRP 30 kDa亚基(RPP30)的三重芯片式数字PCR(chip digital PCR,cdPCR)方法确定HHV-6A与HHV-6B感染的病毒载量,及高病毒载量的HHV-6是否由病毒整合到染色体导致。方法根据已建立的HHV-6A、HHV-6B实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR, RT-qPCR)方法,建立HHV-6三重cdPCR方法。分别使用HHV-6A、HHV-6B病毒培养物进行敏感性检测,并与其他疱疹病毒进行特异性检测。随后,使用127份全血样本进行三重cdPCR方法验证。结果HHV-6 cdPCR与RT-qPCR方法检测结果的相关性良好(R2>0.97),且与其他疱疹病毒无交叉反应。对经RT-qPCR与cdPCR检测均为阳性的14份样本,经三重cdPCR方法检测,得到HHV-6A和HHV-6B的最低检测病毒载量分别为50拷贝/ml和105拷贝/ml。并且14份样本中HHV-6病毒载量与(RPP30拷贝数/2)的比值均小于1。结论建立的三重cdPCR具有较好的敏感性和特异性,且HHV-6三重cdPCR方法可以定量检测HHV-6A、HHV-6B的病毒载量以及RPP30的拷贝数。通过检测样本中HHV-6病毒载量与(RPP30拷贝数/2)的比值,可以确定高病毒载量的HHV-6是否存在染色体整合。
简介:摘要目的了解2019年秋冬季青岛地区手足口病住院患者柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CV-A6)流行情况及VP1区基因特征和种系进化关系。方法收集2019年秋冬季青岛地区手足口病住院患者104份咽拭子,使用肠道病毒通用RT-PCR筛选出阳性标本。再用肠道病毒VP1区的通用分型引物扩增阳性样本,扩增序列测序并进行BLAST比对。用CV-A6 VP1全长引物,扩增CV-A6阳性样本,扩增产物测序,通过DNAstar和MEGA软件进行核苷酸和氨基酸的同源性分析并构建系统发育树。结果104份咽拭子样本中,肠道病毒检测阳性60份,总体阳性率为57.7%,其中CV-A6阳性率26.9%(28/104),柯萨奇病毒A组16型(CV-A16)阳性率30.8%(32/104)。对28份CV-A6阳性的样本进行VP1区全长扩增、测序并进行比对和同源性分析获得22株阳性序列,其核苷酸同源性为93.6%~99.9%,氨基酸同源性为98.0%~100%。系统进化分析表明22株CV-A6均属于D基因型中的D3亚型。结论引起2019年秋冬季青岛地区住院手足口病的病原体是CV-A6和CV-A16,CV-A6的流行株主要是D3亚型。