简介:摘要目的通过转录组测序(RNA-seq)和生物信息分析对急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)患者IKZF1基因突变型转录本进行分型和定量分析。方法选择2018年9月至2020年9月河北燕达陆道培医院263例B-ALL患者为研究对象。设计一套用RNA-seq数据进行IKZF1转录本分型和定量分析的生物信息分析流程,并应用于这些患者的测序数据分析。将用RNA-seq分析得到的IKZF1突变型转录本与反转录聚合酶链反应(RT-PCR)法的结果进行比较。结果在263例B-ALL患者中,RT-PCR结合Sanger测序鉴定出53例患者存在IKZF1突变转录本,其中IK6和IK10转录本分别占67.9%(36/53)和28.3%(15/53),有2例患者IK6和IK10转录本双阳性。RNA-seq分析共鉴定出51例患者存在IKZF1突变转录本。以RT-PCR结果为参考,RNA-seq分析IKZF1突变转录本的敏感度为94.3%(50/53),特异度为99.5%(209/210)。在50例RNA-seq和RT-PCR分析IKZF1突变均阳性的患者中,有6例患者的突变型转录本占IKZF1总表达量的比值(psi值)[M(Q1, Q3)]为0.14(0.11,0.35),低于其他44例患者的0.88(0.35,0.97),差异有统计学意义(Z=-3.945,P<0.001)。IKZF1突变多发生于以JAK-STAT通路异常为特征的Ph+和Ph样B-ALL,以及伴PAX5易位的B-ALL。结论通过优化的生物信息分析流程设计,可以用RNA-seq数据对B-ALL的IKZF1转录本进行分型和定量分析,并且发现了IKZF1突变型转录本的表达量分群现象和IKZF1突变与PAX5易位的伴随现象。
简介:摘要目的鉴定1例难治/复发急性B淋巴细胞白血病(acute B cell lymphoblastic leukemia, B-ALL)患者中具有病理意义的融合基因,并探讨其实验室及临床特点。方法应用转录组测序分析可能存在的融合基因,并结合实验室检测和临床资料进行分析。结果经鉴定患者携带TCF3 exon 17-ZNF384 exon 7型融合基因,对应的染色体易位为隐匿性,不易通过核型分析发现。肿瘤细胞伴髓系抗原CD13和CD33表达。患者虽经多种化疗方案和CD19、CD22为靶点的嵌合抗原受体T细胞免疫治疗,仍多次全面复发。患者最终通过异基因造血干细胞移植(allogenic hemopoietic stem cell transplantation,allo-HSCT)获得完全缓解,微小残留病检测持续阴性。结论转录组测序可有效检测白血病中可能存在的具有重要临床意义的融合基因。TCF3-ZNF384阳性的B-ALL具有独特的实验室和临床特征,可能对化疗和免疫治疗反应不佳,更容易复发,及时行allo-HSCT治疗可帮助这部分患者获得长期无病生存。TCF3-ZNF384阳性的B-ALL在儿童患者中并不少见,但未被有效鉴定,应被重视和进一步研究。
简介:摘要目的探讨KIT和其他伴随基因突变对核心结合因子相关急性髓性白血病(CBF-AML)预后的影响。方法回顾性分析2014年1月至2018年2月期间就诊于河北燕达陆道培医院的104例初诊CBF-AML患者,使用高通量基因测序检测58种基因突变。分析其中KIT突变阳性的CBF-AML(KIT+CBF-AML)患者临床特征及其他伴随基因突变对预后的影响。结果在104例CBF-AML患者中共检测到56例(53.85%)KIT突变阳性,其中D816突变最常见(32例),其次为N822突变(17例)。KIT+CBF-AML患者初诊时骨髓原始细胞比例更高,更易发生性染色体丢失。随访52例KIT+CBF-AML患者,异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)组总生存(OS)率显著高于化疗组(88.9%比57.1%,χ2=6.076,P<0.05)。伴FLT3突变的KIT+CBF-AML患者无事件生存(EFS)率和OS率均显著低于FLT3突变阴性组(EFS:40.0%比72.3%,χ2=6.557,P<0.05;OS:60.0%比87.2%,χ2=8.305,P<0.05);伴TET2突变的患者OS率低于TET2突变阴性组(50.0%比87.5%,χ2=4.130,P<0.05)。结论伴随基因突变(尤其FLT3和TET2突变)可增加KIT+CBF-AML患者的预后不良因素,allo-HSCT可改善这部分患者的预后。
简介:摘要目的探讨MEF2D-BCL9融合基因阳性急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)患者的分子遗传学特征和临床特征,为该类白血病的诊疗提供参考。方法回顾性分析河北燕达陆道培医院收治的1例MEF2D-BCL9融合基因阳性B-ALL患者的病历和实验室检查资料,总结MEF2D-BCL9融合基因阳性B-ALL的临床及生物学特征。结果患者为18岁女性,2018年12月就诊于当地医院,诊断为B-ALL,化疗后达完全缓解。初发病6个月后复发,初发病9个月转入河北燕达陆道培医院治疗。通过转录组测序(RNA-seq)检出MEF2D-BCL9融合基因,并经聚合酶链反应和Sanger测序验证。骨髓细胞形态类似成熟B细胞且伴有空泡,无特征性染色体核型异常。患者经VLD方案化疗、嵌合抗原受体T细胞(CAR-T)治疗并桥接异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)后疾病缓解。至2022年2月末次随访,患者已持续完全缓解2年。结论MEF2D-BCL9融合基因阳性B-ALL具有高危、易早期复发及预后不良等临床特征。该类患者或可受益于CAR-T和allo-HSCT治疗。对于有特征性骨髓形态表现的儿童、青少年B-ALL,尤其应将MEF2D-BCL9融合基因纳入检测中或通过RNA-seq进行鉴定。
简介:摘要目的研究淋巴样增强结合因子1(LEF1)蛋白在淋巴母细胞淋巴瘤/急性淋巴细胞白血病(LBL/ALL)和小B细胞淋巴瘤中的表达,探讨其在LBL/ALL病理诊断及鉴别诊断中的价值。方法收集2012年1月至2019年12月上海市同济医院就诊及会诊的53例LBL/ALL石蜡组织标本,采用免疫组织化学法检测LEF1、末端脱氧核苷酸转移酶(TdT)蛋白表达,比较LEF1和TdT诊断的特异度、灵敏度。检测小B细胞淋巴瘤包括慢性淋巴细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤(CLL/SLL)、滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、边缘区B细胞淋巴瘤、华氏巨球蛋白血症/淋巴浆细胞淋巴瘤共77例LEF1蛋白表达,比较LBL/ALL与各亚型小B细胞淋巴瘤LEF1蛋白表达差异。单因素分析LEF1蛋白表达与LBL/ALL患者总生存与无进展生存的相关性。结果LBL/ALL中LEF1蛋白表达阳性率为100%(53/53),中位值90%;TdT阳性率为84.9%(45/53;T-LBL/ALL为78.1%,B-LBL/ALL为95.2%),中位值80%;LEF1和TdT阳性率及中位值差异均有统计学意义(P值分别为0.008,0.001)。CLL/SLL LEF1蛋白表达阳性比例为14/18,中位值45%;滤泡性淋巴瘤(0/16)、套细胞淋巴瘤(0/16)、边缘区B细胞淋巴瘤(0/19)、华氏巨球蛋白血症/淋巴浆细胞淋巴瘤(0/8)LEF1蛋白均为阴性。B-LBL/ALL与小B细胞淋巴瘤比较,LEF1阳性率有显著差异。本组LBL/ALL病例中位随访时间16个月,LEF1蛋白表达与LBL/ALL总生存和无进展生存差异无统计学意义。结论LEF1免疫组织化学检测诊断LBL/ALL有很高的灵敏度和较好的特异度,与TdT联用可提高LBL/ALL诊断率。