简介:利用同源模建的方法模拟得到了肝细胞生长因子4个Kringle域的三维结构。结果表明,HGFKringle与纤溶酶原Kringle的氨基酸序列具有较高的同源性,其功能区附近的序列比较保守。HGF的Kringlel和3与其它具有Lys结合功能的Kringle相比,功能区的残基发生了变化,可能丧失了结合Lys的功能,而2和4仍具有一定的该功能。根据Kringle1的模建结构,推测该Kringle功能区的结构为一个通道,该通道的底部和一侧有部分疏水残基,同时两侧还分布着少量酸性或碱性残基,该通道可能具有结合特定肽链的功能,从而与Kringle2一起实现HGF与受体结合的作用。
简介:利用同源模建方法预测了t-PAK1区的三维结构。通过结构叠合确定了t-PAK1、K2区,纤溶酶原K1、K4区及UKK区的赖氨酸结合口袋。静电势计算及疏水性分析表明,在t-PAK2区以及纤溶酶原K1、K4区与纤维蛋白裸露的赖氨酸之间存在明显的静电势互补和疏水面契合。确定了影响Kringle区结合口袋与赖氨酸亲和的重要氨基酸,分析了t-PAK1区、UKK区不能结合赖氨酸的原因,由此设计了具有赖氨酸亲和力的新型t-PAK1区及UKK区突变体。利用模拟残基突变技术预测了突变体的结构变化,分析了突变后t-PAK1区及UKK区与赖氨酸亲和力的变化,初步在理论上肯定了设计方案的合理性。