简介:目的分析癌胚抗原(carcinoembryonicantigen,CEA)的B细胞表位,为肿瘤治疗提供理论基础。方法以CEA的完整氨基酸序列为研究基础,采用Hopp&Woods的亲水性方案,Emini表面可及性方案和Jameson-Wolf抗原指数方案,辅以CEA的二级结构及其柔性区域分析,预测CEA的B细胞表位。结果预测的B细胞表位可能位于CEA的N端第150~160、168~172、207~211、332~338、372~377、467~472、485~490、507~516、580~584区段。结论应用多参数预测CEA的B细胞表位,可进一步用于CEA相关肿瘤治疗性表位疫苗的分子设计和研究。
简介:比较不同MHC-Ⅱ类抗原表位预测软件的优缺点,为后续应用提供依据。在众多HLA-Ⅱ类抗原表位中,选取HLA-DR的6个表位(DRB1*0101,0301,0401,0701,1101和1501)为代表,选取MHCBN数据库中的309条已知抗原表位的肽链为待测肽链。使用近年来常用的7个表位预测软件,根据不同软件的临界值确定入选结果数据,比较各软件所得结果与已有的实验结果之间的差距以确定其优劣。综合7个软件预测结果进行评价,得出NetMHCⅡ和NetMHCⅡpan所得结果准确率最高。可以用NetMHCⅡpan及NetMHCⅡ进行MHC-Ⅱ类分子抗原表位预测。不同软件HLA的各个亚型的预测所得指标不一致,提示综合运用不同软件对多肽表位进行预测十分必要。
简介:提出一种基于遗传规划(geneticprogramming,GP)和进化策略(evolutionstrategy,ES)的学习方法,命名为遗传规划-进化策略(GPES),建立更准确的华法林剂量预测模型。纳入247例汉族患者。GP进化复杂特征提取,ES进化模型系数,组成模型,得出预测的华法林维持剂量,与线性回归模型、国际华法林药物基因组学联合会模型,及三种机器学习方法相比较。GPES的均方误差(MSE)(1.68×10^-2)和预测值在真实值±20%范围内的比例(20%-p)(53.33%)表现最优;其平方相关系数(R^2)(69.45%)为次优;GPES在上述3个指标在测试集与训练集中的差值δMSE(0.43×10^-2)和δ20%-p(0.92%)的绝对值最小,δR2(-10.64%)的绝对值为次小。GPES总体表现最优。因此,本研究方法GPES提高了华法林剂量预测模型的趋势相关性、精度、可用性与泛化性。
简介:目的系统评价MRI弥散加权成像(DWI)在预测乳腺癌新辅助化学治疗结果方面的准确性。方法选择PubMed、EMBASE和Cochranelibrary数据库,采用EMTREE术语(用于EMBASE)、医学标题术语(用于Medline)和文本词汇(用于其他),即('breastcancer'或'breastneoplasm')和('diffusionweightedmagneticresonanceimaging'或'diffusionweightedMRI'或'diffusionMRI'或'DWI')和('neoadjuvanttherapy'或'neoadjuvanttreatment')和('chemotherapy'或'pharmacotherapy'或'drugtherapy'),进行全面的文献检索。时间为1996年至2018年11月21日。评估纳入研究的方法学质量,对其灵敏度和特异度进行异质性检验并进行合并加权分析,绘制受试者工作特征(ROC)曲线,计算曲线下面积(AUC)。结果最终纳入12篇文献,536例研究对象。Meta分析结果显示:合并加权灵敏度和合并加权特异度及其95%置信区间(CI)分别为85%[95%CI(0.76~0.92)]和78%[95%CI(0.64~0.88)]。异质性分析灵敏度(I~2=53.51,P=0.01)和特异度(I~2=83.18,P<0.001)差异有统计学意义,主要是由于存在阈值效应(r=0.694;P=0.012)。使用ROC曲线,AUC为0.89(95%CI:0.86~0.92)。Deeks漏斗图不对称检验表明,无明显的发表偏倚(P=0.54)。结论DWI是预测乳腺癌新辅助化学治疗疗效的有价值的成像工具。
简介:探讨高容量血液滤过对脓毒症犬肾组织线粒体功能的影响。采用盲肠结扎穿孔术(CLP)制备脓毒症模型:将健康雄性犬30只随机分为假手术组(A组);脓毒症模型组(B组)和脓毒症+高容量血液滤过治疗组(C组)。各组分别于00、.5、1、2、3、4h等不同时点测定心率、血压、血肌酐(Scr)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)浓度。于4h点处死动物,观察肾组织病理改变及肾小管损伤程度;采用生物发光测量法检测肾组织线粒体丙二醛(MDA)、超氧化物歧化酶(SOD)活性、活性氧(ROS)、三磷酸腺苷酶(ATP酶)、ATP生成量(P/O比值)变化。结果B组动物与A组相比较,出现心率增快、血压降低;血Scr、TNF-α水平于造模后0.5h升高,肾组织出现明显的病理损害、肾小管坏死评分值明显增高,肾组织中三磷酸腺苷(ATP)含量明显下降,氧自由基(ROS)含量升高;其中SOD酶活性的下降与TNF-α含量的增高呈现良好的相关性(r=0.65,P〈0.01)。经HVHF治疗后,C组犬肾组织损伤轻于B组,相应指标亦好于B组。氧化应激反应能力的相对不足和氧化损伤在脓毒症急性肾损伤发病过程中起了重要作用;HVHF通过清除异常增高的炎症物质水平,减轻肾组织的氧化损伤,改善肾小管上皮细胞线粒体的能量代谢状态。
简介:骨表观力学性能参数常被用来评定骨质量,而微观力学性能参数由于难以测得尚未被广泛应用。为从微观水平评判骨质量,本研究提出一种骨微观力学性能参数的预测方法。该方法以大鼠股骨皮质骨为研究对象,预测其在微观水平的失效应变。首先依据扫描影像建立大鼠股骨皮质骨有限元模型,然后以表观压缩实验为研究依据,模仿实验条件,模拟皮质骨有限元模型在压缩载荷作用下的断裂过程,并通过与实验所测表观应力-应变曲线进行对比、反演,预测出大鼠股骨皮质骨在微观水平的失效应变。分析结果显示四只7月龄大鼠股骨皮质骨的微观失效应变数值处于4.53%-4.75%之间。经验证,本方法能够准确预测出骨结构在微观水平的力学性能参数。
简介:观察分析石榴皮水提物对大鼠离体结肠段运动的作用及其途径。大鼠实验前禁食24h,颈椎脱臼法处死,立即取靠近起始部的结肠段1.5cm,浸在37℃恒温台氏液内。动物因给药不同(0.1,1.0,1.5,2.0,2.5mg/mL的石榴皮水提物,乙酰胆碱(ACh),ACh与1.0mg/mL石榴皮水提物的混合液)被分成7个组。观察给药前、后10min大鼠离体结肠段收缩幅度、收缩频率的变化。1.0、1.5、2.0mg/mL的石榴皮水提物溶液对结肠段收缩频率较给药前均有明显的抑制作用(P〈0.05),且呈一定的量-效正相关关系(P〈0.05);1.0、2.0mg/mL的石榴皮水提物溶液对结肠段收缩幅度较给药前均有明显的抑制作用(P〈0.05);2.5mg/mL的石榴皮水提物溶液引起的结肠段收缩频率(1.30±0.03次/min)较给药前(0.86±0.01次/min)有明显的加强作用(P〈0.05),但对幅度的作用不明显(P〈0.05);1.0mg/mL石榴皮水提物与ACh的混合液引起的结肠段收缩幅度与给药前比较,抑制率为71.00%,乙酰胆碱的抑制率为-48.60%,两者比较差异显著(P〈0.05)。本实验结果提示1.0~2.0mg/mL石榴皮水提物对离体大鼠结肠段收缩的幅度、频率均有抑制作用。这种抑制作用可能是通过调节ACh及其活动通路实现的。
简介:目的体外实验研究左旋含羞草碱诱导骨肉瘤细胞的凋亡作用,并初步探讨其中的分子机制。方法体外培养骨肉瘤细胞系MG-63及U2-OS,给予0M,100M,200M和400M的左旋含羞草碱处理,同时在400M的左旋含羞草碱中加入100mg/mL柠檬酸铁胺(FAC)处理。CCK-8法检测骨肉瘤细胞系增殖能力,流式细胞术检测细胞凋亡水平,Hoechst染色法检测细胞核固缩比例,蛋白印迹检测左旋含羞草碱及FAC处理后骨肉瘤细胞DNA损伤修复相关蛋白表达。结果CCK-8法检测细胞增殖,当左旋含羞草碱浓度为400M时,MG-63及U2-OS的细胞抑制率可分别达到81.1%±1.6%和76.7%±2.1%;流式细胞术检测发现左旋含羞草碱处理48h后,MG-63及U2-OS的细胞凋亡率分别为54.1%±12.6%和46.2%±14.7%;Hoechst染色法显示,MG-63及U2-OS的细胞核固缩比例分别为53.8%±10.6%和49.2%±8.3%,而加入FAC后,则可以减弱左旋含羞草碱对骨肉瘤细胞的增殖抑制及诱导凋亡的作用;同时,蛋白印迹检测表明DNA损伤修复的关键蛋白表达水平在左旋含羞草碱及FAC处理后均发生显著改变。结论左旋含羞草碱可以有效抑制骨肉瘤细胞增殖并诱导骨肉瘤细胞凋亡,其分子机制与左旋含羞草碱的铁螯合作用有关。