简介：组蛋白去乙酰化在基因表达调控方面扮演重要角色,在植物的生长发育、器官构建及逆境胁迫和激素信号应答中发挥重要作用.在基因组范围内,利用生物信息学方法对辣椒的组蛋白去乙酰化（HDAC）基因家族的各成员、分布及结构和功能等进行分析.预测结果显示辣椒HDAC家族包含14个蛋白质,分为3个亚族,其中RPD3/HDA1成员最多,为10个;HD2具有3个成员,SRT2仅有1个成员;其主要分布在8个染色体上,且进化分析结果表明辣椒HDAC基因成员与拟南芥家族具有相似分类.在辣椒HDAC结构域中包含18个重要的基序,同组中的HDAC成员蛋白序列的氨基酸保守结构域基本一致,且各亚族成员的氨基酸保守结构域组成特异,表明这些基序的存在对HDAC蛋白功能的执行是必需的.分析辣椒发育过程中HDAC各成员表达谱数据发现,CaHDA1在果皮和胎座成熟过程中表达量逐渐升高,说明该基因可能参与了辣椒后期果实的发育过程.这将为辣椒HDAC家族基因的深入研究和功能解析提供实验参考依据.

简介：番茄Pto基因编码包含丝氨酸／苏氨酸激酶（STK）结构域的蛋白，它能抗由丁香假单胞菌番茄致病变种（Pseudomonassyringaepv．Tomato，Pst）造成的细菌性斑点病。本研究使用PVX系统的体内识别系统测定显示AvrPto在辣椒基因型中被特异性识别。这种AvrPto识别导致非寄主超敏反应（HR），以及PVX：：AvrPto融合蛋白在接种辣椒叶组织中的定位，这表明在辣椒中存在与番茄类似的Pto识别机制。然而，辣椒全基因组分析显示没有对应番茄的Pto进化枝，表明在辣椒中有一个Pto识别的替代系统。不过，辣椒基因组中已经鉴定出25个具有高度保守STK结构域的类Pto蛋白激酶（PLPKso对于Ptos和PLPK的STK结构域中的大部分氨基酸位点，非同义（dN）与同义（dS）核苷酸替换速率的比值（ω）小于1。表明纯化选择在进化中起主要作用。然而，一些氨基酸位点在Pto同源物的进化过程中被发现为偶发性正选择，因此，不同的进化过程可能在植物中形成了Pto基因家族。基于RNA—seq数据，PLPK基因和其他Pto通路基因，例如Prf,Pti1，Pti5和Pti6在所有检测的辣椒基因型中都表达了。因此，辣椒中对Pst的非寄主超敏反应可能是由于PLPK同系物对AvrPto效应物的识别，以及Pto信号通路下游组分的后续作用。然而，辣椒中AvrPto的识别可能涉及其他类受体激酶（RLKs）的活性。本研究中鉴定的PLPKs将作为进一步了解PLPKs在非寄主抗性中作用的基础。