简介:摘要:胶质瘤是中枢神经系统最常见的恶性肿瘤,尽管进行了手术联合同步放化疗的多模式治疗,但是胶质瘤患者的预后依然很差,因此,深入挖掘胶质瘤发生和进展的分子机制,并以此为基础开发新型靶向治疗药物显得尤为重要。LncRNA是指长度超过200个核苷酸的非编码RNA,序列上保守性差,功能上具有一定保守性[1]。根据lncRNA在基因组上的位置,可以分为如下五类:1、基因间区长链非编码(large intergenic lncRNA),2、内含子区长链非编码RNA(intronic transcript),3、正义链长链非编码RNA(sense lncRNA),4、反义链长链非编码RNA(antisense lncRNA),5、双向长链非编码RNA(bidirectional lncRNA)。LncRNA的功能机制主要包括五个方面:1、介导染色质重塑和组蛋白修饰,调控其下游基因的表达;2、通过碱基互补配对,与编码蛋白质的基因的转录本形成双链结构,干扰编码基因转录本的剪接或者形成内源性小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA);3、与特定的蛋白质结合,调控该蛋白的活性或者组成核酸-蛋白质复合体;4、与特定蛋白质锚定后,改变该蛋白质的亚细胞定位;
简介:摘要目的分析阿尔茨海默病(AD)小鼠脑组织长链非编码RNA(LncRNA)和信使RNA(mRNA)表达谱,构建竞争内源性RNA(ceRNA)调控网络,探讨差异表达LncRNA在AD发病机制中的潜在作用。方法选取3只10月龄雄性APP/PS1转基因小鼠作为AD组,3只年龄及体质量相匹配的普通C57小鼠作为对照组。使用基因芯片技术检测2组小鼠脑组织LncRNA和mRNA的表达,筛选出差异表达的LncRNA和mRNA。对部分差异表达的LncRNA进行实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)。对差异表达的mRNA进行基因本体论(GO)和京都基因、基因组百科全书(KEGG)通路分析。随机挑选6个差异表达LncRNA构建ceRNA网络,进行AD的靶基因功能预测分析。结果与对照组相比,AD组小鼠脑组织差异表达1.5倍以上的LncRNA有933个,其中上调222个,下调711个;差异表达1.5倍以上的mRNA有529个,其中上调189个,下调340个。qRT-PCR检测结果显示,AD组与对照组比较,7个差异表达的LncRNA上调或下调趋势与基因芯片结果一致,差异均有统计学意义(P值均<0.05)。GO和KEGG通路分析结果显示,差异表达基因主要参与氨基酸代谢、炎症反应和免疫反应。ceRNA调控网络靶基因的功能富集分析显示,LncRNA在胰岛素抵抗以及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路中显著富集。结论AD小鼠脑组织LncRNA表达谱发生显著变化,由LncRNA Dgkb、Svip等构建的ceRNA调控网络有助于增进对AD发病分子机制的研究,差异表达的LncRNA或通路有可能成为潜在的治疗靶点。
简介:摘要目的探讨食管癌5-氟尿嘧啶(5-Fu)耐药细胞外泌体来源的长链非编码RNA(lncRNA)小核仁RNA宿主基因14(SNHG14)在食管癌耐药中的作用。方法实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测郑州大学第一附属医院30例食管癌患者和30例健康对照血浆中lncRNA SNHG14的表达。浓度梯度法构建食管癌5-Fu耐药细胞3组EC9706/5-Fu和3组KYSE150/5-Fu,分离并收集各组食管癌细胞外泌体,RT-qPCR检测SNHG14的表达。分别将3组食管癌细胞EC9706和KYSE150与耐药细胞来源外泌体共培养,细胞计数试剂盒(CCK-8)检测5-Fu作用下细胞活性。敲低3组EC9706/5-Fu细胞中的SNHG14后分离外泌体,通过CCK-8、Transwell、Tunnel实验检测该外泌体对EC9706细胞药物敏感度、迁移和凋亡的影响。采用t检验或单因素方差分析(One-Way ANOVA)进行统计分析。结果食管癌患者血浆中lncRNA SNHG14的表达高于健康对照组(3.30±0.20比1.33±0.09,t=49.910,P<0.001),耐药食管癌细胞(EC9706/5-Fu和KYSE150/5-Fu)外泌体中lncRNA SNHG14的表达高于对照食管癌细胞(2.55±0.42比0.99±0.06,t=6.347;1.70±0.07比0.99±0.11,t=9.191,P<0.05)。在5-Fu作用下,EC9706/5-Fu-exo和KYSE150/5-Fu-exo组的细胞活性分别高于EC9706-exo和KYSE150-exo组[(165.23±5.97)%比(103.90±10.99)%,t=8.494;(139.35±3.82)%比(99.99±5.67)%,t=9.953,P<0.05]。EC9706/5-Fu-exo-si-SNHG14组细胞凋亡高于EC9706/5-Fu-exo组[(9.03±0.63)%比(5.53±0.73)%,F=40.290];细胞侵袭低于EC9706/5-Fu-exo组[(117.92±15.54)%比(339.52±27.43)%,F=152.000];5-Fu作用下细胞活性低于EC9706/5-Fu-exo组[(134.69±6.01)%比(160.38±4.69)%,F=64.090];细胞中JAK和p-STAT3的蛋白表达低于EC9706/5-Fu-exo组(0.86±0.07比1.87±0.10,F=363.100;0.96±0.08比1.83±0.06,F=388.700),差异有统计学意义(P<0.001)。结论食管癌耐药细胞外泌体来源lncRNA SNHG14能够通过激活JAK/STAT3通路提高食管癌对5-Fu的药物耐受。
简介:摘要目的探讨环状RNA(circRNA,Circ)_101237调控肝癌细胞进展的分子机制。方法将新乡医学院第一附属医院2019年7月至2021年7月行手术切除的肝癌组织和癌旁组织作为研究对象,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析癌旁组织和肝癌组织Circ_101237表达水平。采用sh-Con和sh-Circ_101237慢病毒感染人肝癌细胞系MHCC97H,建立sh-Con组和sh-Circ_101237组细胞系,细胞计数试剂盒(CCK-8)、克隆形成实验、划痕实验和Transwell实验分析Circ_101237对细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。双荧光素酶报告实验分析Circ_101237的靶基因。组间数据比较采用t检验。结果癌旁组织中Circ_101237表达水平(1.01±0.18)明显低于肝癌组织Circ_101237表达水平(2.09±0.26),差异有统计学意义(t=30.560,P<0.05)。sh-Con组细胞吸光度值(A)、细胞克隆形成数量、划痕愈合率和侵袭数量[(1.97±0.09),(164.67±14.40)个,(62.50±5.51)%,(130.83±25.18)个]明显高于sh-Circ_101237组细胞A值\细胞克隆形成数量、划痕愈合率和侵袭数量[(1.33±0.18),(111.33±9.07)个;(28.63±6.84)%,(92.33±14.05)个],差异有统计学意义(t=7.782、7.675、9.444、3.270,P<0.05)。Circ_101237与miR-490-3p存在连续互补结合位点。sh-Con组细胞miR-490-3p表达水平(0.99±0.14)明显低于sh-Circ_101237组细胞miR-490-3p表达水平(2.17±0.24),差异有统计学意义(t=10.280,P<0.05)。miR-NC+sh-Circ_101237组细胞A值(1.01±0.13)明显低于miR-490-3p抑制剂+sh-Circ_101237组细胞A值(1.60±0.09),差异有统计学意义(t=9.143,P<0.05)。miR-NC+sh-Circ_101237组细胞划痕愈合率[(27.41±5.15)%]明显低于miR-490-3p抑制剂+sh-Circ_101237组划痕愈合率[(49.19±7.81)%],差异有统计学意义(t=5.703,P<0.05)。miR-NC+sh-Circ_101237组细胞侵袭数量[(90.83±9.87)个]明显低于miR-490-3p抑制剂+sh-Circ_101237组细胞侵袭数量[(122.33±11.09)个],差异有统计学意义(t=5.197,P<0.05)。结论Circ_101237在肝癌组织中呈高表达,通过miR-490-3p调节着肝癌细胞的增殖、迁移和侵袭等恶性细胞生物学行为。
简介:摘要单细胞RNA测序技术(single cell RNA sequencing, scRNA-seq)从单个细胞水平分析细胞转录组,能够发现细胞中基因突变引起的差异表达。基于胰岛的发育图谱和异质性特征描绘是目前scRNA-seq在糖尿病中的主要应用;还可用于标记和纯化胰岛成体干细胞中功能性β细胞,有望改善1型糖尿病患者β细胞移植成功率;该技术帮助研究糖尿病β细胞去分化和免疫调节,应用于糖尿病治疗。同时,scRNA-seq在糖尿病性视网膜病变、糖尿病肾病、糖尿病动脉粥样硬化和糖尿病周围神经病变中运用已经起步,即将迎来多样化的使用场景和广阔的应用前景。
简介:摘要增生性瘢痕(HS)影响患者功能与美观,给患者带来沉重的心理负担,但其具体的分子生物学水平发病机制尚不明确,因此该病仍然是临床难防难治疾病之一。微小RNA(miR)是一类具有调节基因表达作用的单链内源性非编码RNA。miR在HS的成纤维细胞内的异常转录可影响下游信号通路或蛋白的转导与表达,对miR及其下游信号通路、蛋白的探究有助于深入了解瘢痕增生的发生和发展机制。该文总结并分析近年来miR与多种信号通路如何参与HS的形成与发展,并进一步概述miR与HS中靶基因之间的相互作用。
简介:摘要目的分析静止和循环张应力条件下大鼠髁突软骨细胞(mandibular condylar chondrocytes,MCC)外泌体显著差异微RNA(microRNA,miRNA)的表达谱并探究张应力调节髁突软骨内成骨的作用机制。方法分别选择5只2周龄雄性SD大鼠(共10只)在静止和循环张应力条件下培养大鼠MCC,提取细胞外泌体,两组外泌体分别命名为对照组和实验组。采用透射电子显微镜、纳米流式检测仪、纳米颗粒追踪分析等方法观察并鉴定,通过高通量测序筛选表达显著差异的miRNA,采用TargetScan、miRanda网站进行生物信息学分析及成骨相关靶基因预测。结果实验组大鼠MCC外泌体均呈“双凹圆盘状”单层膜结构,CD9、CD81表达阳性,粒径分布符合外泌体特征,与对照组大鼠MCC外泌体一致。高通量测序筛选表达显著差异的miRNA共85个(P<0.05)。差异miRNA主要参与的生物学过程与分子功能分别为生物学过程和蛋白质结合;京都基因与基因组数据库通路富集分析显示在哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路有显著富集(P<0.05)。其中miR-199a-5p的候选靶基因有骨形态发生蛋白3(bone morphogenetic protein 3,BMP3)、内皮素转换酶-1,miR-186-5p可靶向Smad8、BMP3,以发挥成骨相关功能。结论相比于静止状态,CTS刺激能改变大鼠MCC外泌体中miR-199a-5p、miR-186-5p等miRNA的表达量,可考虑作为调节外泌体应用潜能的一种手段。
简介:摘要目的研究制备丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)RNA检测实验室能力验证质控品,并应用于HCV检测实验室能力验证工作,以评估实验室HCV RNA检测的能力,提高检测工作质量。方法收集HCV RNA阴性及阳性人源血浆样本,使用丙型肝炎病毒核酸检测试剂盒(荧光PCR法)进行RNA定量检测,制备5支/套能力验证质控品(编号197101~197105),每套中3支HCV RNA阳性样品、2支HCV RNA阴性样品;每编号质控品随机抽取10管进行均一性评价,每编号质控品在37 ℃下放置1~7 d后进行稳定性评价;将能力验证质控品应用于14家临床实验室的能力验证中,收集分析检测结果,评价各实验室HCV RNA检测能力。结果均一性评价结果显示,编号197102及197104阴性质控品均未检出HCV RNA,编号197101、197103、197105阳性质控品RNA定量值(log10)CV%分别为8.59%、9.58%、9.95%;稳定性评价结果显示,37 ℃放置1~7 d后,编号197102及197104阴性质控品均未检出HCV RNA,编号197101、197103、197105阳性质控品RNA定量值(log10)CV%分别为8.26%、6.09%、6.12%;参加能力验证的14家实验室对5支质控品的检测结果定性判定均与预期结果一致,得分均为100分;14家实验室对编号197101、197103、197105检测的标准差I分别为-0.99~2.05,-1.16~1.84,-1.78~2.30。结论本研究制备的HCV RNA能力验证质控品具有较好的均一性和稳定性。通过HCV RNA能力验证质控品的应用,反映出个别实验室存在系统误差或随机误差。
简介:摘要慢性阻塞性肺疾病(COPD)是一种以持续性气流受限为特征的疾病,气流受限不完全可逆,呈进行性发展。其发病率逐年上升,造成了极大的疾病负担,目前已成为全球第三大死因。研究表明,COPD的发生、发展过程与多种因素相关。长链非编码RNA(lncRNA)是长度>200 bp,缺乏开放读框的一类功能性非编码RNA,近年来,许多研究表明,lncRNA在细胞炎症、恶性肿瘤、自身免疫、血管疾病等方面发挥重要作用,部分lncRNA在COPD患者中差异表达,与COPD的发病过程密切相关,有望成为COPD早期识别的生物学标志物及治疗的潜在靶点。
简介: 摘要:目的 探讨长链非编码RNA MALAT1在大肠癌中的表达及其临床意义。方法 采用生物信息技术分析MALAT1在肠癌中的表达及其可能的生物学功能和信号通路。选取我院收治并手术治疗的结直肠癌患者70例为研究对象,术中留取患者癌肠癌组织和癌旁正常的肠上皮组织,采用实时荧光定量PCR(real-time PCR)检测MALAT1Z在70例肠癌患者癌组织和癌旁组织中的表达情况,分析MALAT1表达与肠癌患者预后的关系。结果 分析了癌症基因组数据库(TCGA),肠癌组织中MALAT1表达水平显著低于癌旁组织(p<0.05),但其表达水平与患者临床分期无关(p>0.05);STRING数据库构建MALAT1基因相互作用蛋白网络,网络中共有21个蛋白,73个节点,蛋白网络富集明显(P<0.05);根据MALAT1基因表达水平中位数将结直肠癌患者分为高低表达组,结果显示MALAT1基因表达水平与结直肠癌患者总生存(HR=0.59, P=0.026)和无疾病进展生存(HR=1.4, P=0.05)均存在相关性;70例肠癌患者中,高表达者38例,低表达者32例,高表达与低表达着生存差异有统计学意义(HR=0.68, 95%CI:0.31-0.98, p<0.05)。结论MALAT1高表达患者预后好于低表达者,并可作为预后生存的生物学标记物。