简介:简单重复序列(SSR)广泛存在于基因组中,是亲缘关系分析、DNA指纹图谱构建和遗传多样性研究领域中非常重要的遗传标记之一。红豆树群体已处于濒危状态,且属无参基因组,其近缘种开发的SSR引物亦很少,为满足红豆树遗传多样性研究及制定合理的保护策略,本研究基于SLAF-seq(specific-locusamplifiedfragmentsequencing)技术对天然群体中典型红豆树进行简化测序,利用MISA软件对测序获得所有SLAF片段进行SSR位点搜索,并对SSR位点特征进行统计分析,最后利用PrimerPremier5.0软件进行引物批量设计。与日本晴水稻的测序数据相比,红豆树参考基因组的双端比对效率为90.14%,酶切效率为92.37%,说明SLAF建库正常;测序Q30为92.32%,GC含量为37.17%,说明达到测序要求。本研究共获得6426462reads和592221个SLAF标签,其中16653个多态性SLAF标签,含有17868个SSR位点,平均每6.98kb就分布有1个SSR位点。不同核苷酸重复类型的基元类型数量及SSR位点数量间差异较大,除单核苷酸外,二、三核苷酸重复类型数量较多,分别占总SSR位点的17.15%和15.02%,其中AT/TA和GAA/TTC基元重复数量最多,分别为1090个(43.1%)和349个(15.2%)。通过批量引物设计共得到2817对引物,以二、三核苷酸类型较多,两者所占比例高达94.8%。结果表明:SLAF-seq技术可以很好的应用于红豆树(无参基因组)SSR位点的开发,基于简化基因组测序数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记开发提供信息,并有助于后续群体遗传多样性和交配系统分析等。
简介:为了解干旱半干旱区草原植物生态位格局,运用Levins生态宽度指数及Pianka生态位重叠指数,对宁夏盐池人工封育草原2002年及2003年植物生态位宽度及生态位重叠进行计量。结果表明:茵陈蒿的生物、生态学特性决定了它在该区的优势地位,2002年、2003年其生态位宽度远远高于其他物种(0.758和0.868),并且继续保持上升趋势;2002年及2003的生态位重叠结果均表明,生态位宽度大的物种不一定和其他物种有大的重叠值,较高的生态位宽度和较高的生态位重叠之间并不存在直接的线性关系;2002年、2003年较高的Pianka生态位重叠值都出现在生态位宽度较小的物种之间。这一现象从另外一个角度说明植被恢复过程中环境资源存在着高度的空间异质性。
简介:Twonewlybredhybridricecombinations,superhigh-yieldingLiangyoupeijiu(Pei'ai64S×9311)andPei'ai64S/E32(Pei'ai64S×E32)wereusedtoinvestigatethephotosyntheticcharacteristicsunderhightemperatureincomparisonwithhybridriceShangyou63.Hightemperaturecausedadecreasedphotosyntheticefficiencyandaggravatedphotoinhibition.TheoptimumtemperatureforphotosyntheticelectrontransportationandphotosyntheticCO2fixationwereabout28℃and35-40℃respectively.Linearelectrontransportationismoresensitivetohightemperaturethanthephotochemicalprocess.Themechanismofhightemperatureadaptationwaspossiblyasfollows:superhigh-yieldingricehasquicklyincreasingcarotenoid,whichactedasamorefavorableantioxidantsystemtoreducetheactiveoxygenproductionandavoiddamagetothephotosynthesissystem;superhigh-yieldingricehasahigherefficiencyofxanthophyllscycletodissipateexcessheatenergy;superhigh-yieldingricehasamorestablephotosyntheticfunction,higherphotosyntheticefficiencyandmoreheatstableproteincontent.
简介:在辣椒(Capsicumannuum)种内进行抗CMVQTL分析。从感病品种Maor与抗病品种Perennial杂交获得180个F3。在美国和以色列的三个试验中用两个病毒株系接种。大部分RFLP和AFLP标记被用作构建遗传图谱,区间分析被用作QTL检测。有4个QTL与抗CMV显著相关。检测到了两个标记对CMV抗性的双基因互作,没有检测到单基因效用。3个试验中检测到控制表现型变异(cmv11.1)的QTL,其变异最大百分比为16%~33%,该QTL与双基因互作有关。这个QTL与L位点连锁,并证实该QTL与抗TMV有关。在Perennial上早期非常有趣的观察到抗CMV感TMV的现象。来自于不相关的种群的一个高世代的回交育种株系3990,被选择用来分析对CMV的抗性,标记覆盖整个基因组,检测到来自Perennial的基冈渗入。这些基因渗入的区域中包括4个与抗CMV相关的QTL。在两个基因区域的标记被鉴定与抗CMV的QTL相关,同时也与控制果实重量的QTL相关,另外的育种观察也证实对CMV的抗性来源于Perennial和小果型品种。