简介:目的:构建表达基因编辑钙探针(GECIs)的细胞系HeLa-GECIs,探究细胞应答外界ATP刺激中钙离子在细胞内的响应和变化。方法:分别用能够直接通过荧光强度反映细胞胞浆内和线粒体内钙离子相对浓度的2种钙探针cyto-GCaMP6和4mt-GCaMP6感染HeLa细胞,获得2种表达钙离子探针的HeLa细胞系;在感染了2种腺病毒探针24h后,用共聚焦荧光显微镜检测荧光探针在HeLa细胞内的表达情况;在表达2种钙探针的细胞的培养基中加入外源ATP,用Time-lapse成像动态观测技术观察HeLa细胞内钙离子对外环境中ATP的响应。结果:共聚焦荧光显微镜观察,确定95%以上的细胞表达了对应的钙离子指示荧光探针;Time-lapse成像动态观测技术观察发现,在细胞培养基中加入ATP后,细胞胞浆钙探针荧光强度瞬时(3~6s)升至10倍,200s后逐渐降低到基础水平;线粒体钙到达峰值(4倍)的时间稍滞后(5~8s),并且回落更慢,300s时至1.5倍。在ATP受体P2X7抑制剂A438079预处理的实验组,上述胞浆钙和线粒体钙浓度上升不明显。结论:构建了能在活体细胞内通过荧光探针实时监测钙离子响应胞外ATP刺激的细胞实验体系,为进一步深入探究ATP等危险信号导致细胞的炎性损伤机制奠定了基础。
简介:Circulargenomes,beingthelargestproportionofsequencedgenomes,playanimportantroleingenomeanalysis.However,traditional2Dcircularmaponlyprovidesanoverviewandannotationsofgenomebutdoesnotofferfeature-basedcomparison.Forremedyingtheseshortcomings,wedeveloped3DGenomeTuner,ahybridofcircularmapandcomparativemaptools.Itscapabilityofviewingcomparisonsbetweenmultiplecircularmapsina3Dspaceoffersgreatbenefitstothestudyofcomparativegenomics.Theprogramisfreelyavailable(underanLGPLlicence)athttp://sourceforge.net/projects/dgenometuner.
简介:根据转录组测序获得的钙依赖蛋白激酶基因的EST序列设计特异引物,利用RT-PCR和RACE技术从油菜中克隆获得BnCDPK1基因全长序列,NCBI登录号为KF740477,其cDNA和gDNA全长分别为2115bp和2857bp,含有11个内含子和12个外显子。生物信息学分析表明其开放阅读框为1581bp,编码527个氨基酸,具有CDPKs家族典型的特征,含有1个激酶区域和4个钙离子手型结构域,与拟南芥AtCDPK28同源性最高,属于第Ⅳ亚家族。BnCDPK1在油菜的根、茎、叶、花、种子中均有表达,但表达丰度存在差异,叶片中表达量最高,其次为茎、根和种子,花中的表达量最低;在高抗和高感油菜品种中,菌核菌胁迫均能够诱导BnCDPK1上调表达,但是高抗品种比高感品种反应更迅速,表达量更高。接种前、接种后12h、接种后24h,高抗品种的表达量相比高感品种分别提高1.4倍、4倍和3倍,推测其可能参与油菜的生长发育以及油菜对菌核菌侵染的应答和防御反应。
简介:Ithasbeenshownthattheprogressinthedeterminationofmembraneproteinstructuregrowsexponentially,withapproximatelythesamegrowthrateasthatofthewater-solubleproteins.Inordertoinvestigatetheeffectofthis,ontheperformanceofpredictionalgorithmsforbothα-helicalandβ-barrelmembraneproteins,weconductedaprospectivestudybasedonhistoricalrecords.WetrainedseparatehiddenMarkovmodelswithdifferentsizedtrainingsetsandevaluatedtheirperformanceontopologypredictionforthetwoclassesoftransmembraneproteins.Weshowthattheexistingtop-scoringalgorithmsforpredictingthetransmembranesegmentsofα-helicalmembraneproteinsperformslightlybetterthanthatofβ-barreloutermembraneproteinsinallmeasuresofaccuracy.Withthesamerationale,ameta-analysisoftheperformanceofthesecondarystructurepredictionalgorithmsindicatesthatexistingalgorithmictechniquescannotbefurtherimprovedbyjustaddingmorenon-homologoussequencestothetrainingsets.Theupperlimitforsecondarystructurepredictionisestimatedtobenomorethan70%and80%ofcorrectlypredictedresiduesforsinglesequencebasedmethodsandmultiplesequencebasedones,respectively.Therefore,weshouldconcentrateoureffortsonutilizingnewtechniquesforthedevelopmentofevenbetterscoringpredictors.
简介:目的:研究羟苯磺酸钙对小鼠肾间质纤维化、Ⅰ型胶原表达的影响。方法:将C57小鼠随机分为假手术组(Sham组,n=4)、肾间质纤维化模型组(UUO组,n=5)及羟苯磺酸钙治疗组(CDT组,n=4);采用单侧输尿管梗阻制备肾间质纤维化模型,CDT组给予羟苯磺酸钙灌胃、Sham组和UUO组给予双蒸水灌胃;采用HE染色、Masson染色、免疫组化、实时定量PCR以及蛋白免疫印迹观察单侧输尿管梗阻术后14d小鼠术侧肾脏的肾间质纤维化程度和Ⅰ型胶原表达情况。结果:与Sham组比较,UUO组小鼠术后14d术侧肾脏肾发生显著肾间质纤维化,Ⅰ型胶原表达显著增强(Ⅰ型胶原基因相对表达量:Sham组:1.00000,UUO组:114.92289,P〈0.0001)。与UUO组比较,CDT组小鼠术后14d术侧肾间质纤维化程度显著减轻,Ⅰ型胶原表达显著减弱(Ⅰ型胶原基因相对表达量:UUO组:114.92289,CDT组:45.33516,P〈0.005)。结论:羟苯磺酸钙通过抑制小鼠肾间质Ⅰ型胶原表达从而减轻单侧输尿管结扎小鼠肾间质纤维化。
简介:在植物昆虫相互作用的偏爱表演关系是在进化生态学的一个中央主题。在许多昆虫之中,鸡蛋是脆弱的,幼虫限制了活动性,使一个适当oviposition地点的选择成为为女性的最重要的决定之一。我们由人工地为2个自然资源,葡萄和植物的一种为偏爱选择在果蝇melanogasterMeigen和果蝇simulansSturtevant调查了oviposition偏爱的进化。我们的学习的主要发现是D的微分回答。melanogaster和D。simulans。尽管偏爱在D的试验性的人口演变。melanogaster,回答不与政体使用了的选择一致。相反,在D的回答。simulans与期望一致,证明这种有为特点的可选的基因变化。而且,在D之间交叉。simulans分叉的线证明涉及葡萄偏爱的基因因素看起来大部分后退。在摘要,我们的人工的选择学习建议那D。melanogaster和D。simulans为这个特点拥有不同基因体系结构。
简介:以便获得米饭幼仔圆锥花序proteome的高分辨率的electrophorogram,我们评估了通常使用在的各种各样的协议二维(2D)蛋白质的polyacrylamide胶化电气泳动(页)包括染色协议的胶化,使不能调动的pH坡度(IPG)的pH范围脱衣并且样品装载数量。结果证明染色协议使用的银敏化包含冰川的醋酸,钠醋酸盐和钠thiosulfate的答案(在1988由Heukeshoven和Dernick报导了)并且染色方法使用答案包含的Coomassie灿烂的蓝色G-250,铵硫酸盐和磷的酸(在2010由粉红色的等报导了)表明了优异染色效果。另外,当有5-8的pH范围的IPG胶化长带被使用时,我们也与4-7的pH范围证明更高的分辨率被完成,与那相比。最后,最佳的装载数量作为与染色协议的银硝酸盐在联合与pH5-8使用17厘米长的非线性的IPG长带的130g被决定。评估结果将在年轻米饭颖果的proteome分析是有用的。
简介:CellsregulatephospholipaseD(PLD)activityinresponsetonumerousextracellularsignals.Here,weinvestigatedtheinvolvementofPLDactivityintransforminggrowthfactor-β(TGF-β1)-mediatedgrowthinhibitionofepithelialcells.TGF-β1)-mediatedgrowthinhibitionofepithelialcells.TGF-β1inhibitsthegrowthofMDCK,Mv1Lu,andA-549cells.Inthepresenceof0.4%butanol,TGF-β1inducesanincreaseintheformationofphosphatidylbutanol,auniqueproductcatalyzedbyPLD.TGF-β1alsoinducesanincreaseinphosphatidicacid(PA)levelinA-549andMDCKcells.TGF-β1inducesanincreaseinthelevelsofDAGlabeledwith[^3H]-myristicacidinA-549andMDCKcellsbutnotinMv1Lucells.NoincreaseofDAGwasobservedincellsprelabeledwith[^3H]-arachidonicacid.ThedatapresentedsuggestthatPLDactivationisinvolvedintheTGF-β1-inducedcellgrowthinhibition.
简介:第六届全国钙信号和细胞功能研讨会“ChineseSymposiumonCaSignaling”(简称CSCS)作为第十次中国生物物理学术大会(htto://www.bsc.org.cn/cn/nav2.asp)的“卫星会议”于2006年5月22日青岛召开。原名“全国钙与细胞功能暨细胞信号转导专题学术会议”自1999年在徐州召开第五次会议后因故中断了7年。本次CSCS会议拥有自己独立的征文、会议程序和论文集。本次CSCS会议由中国生物物理学会、北京大学分子医学研究所(http://www.pku.edu.cn)共同主办,北京大学分子医学研究所承办。周专(北京大学)任本次CSCS会议主任,崔宗杰(北京师范大学)任副主任。
简介:水稻在抽穗开花期对高温胁迫非常敏感,通过挖掘耐热资源,培育耐热水稻品种是应对高温热害最有效的方式。前期研究发现,地方稻资源D43在花期连续高温条件下能保持较高的结实率。本研究在大田和人工气候室不同高温处理下,分析了D43的开花时间与耐热性之间的相互关系。结果表明,高温能够使水稻的开花时间提前,D43表现出稳定的早花时特性,高温胁迫下的开花时间集中在8∶30~10∶00;在开花时间段恒定高温胁迫下,D43的结实率较低;但在大田高温和人工气候室模拟高温胁迫下,D43的开花时间避开了日高温段,从而表现出较高的结实率;花器官形态性状包括花药开裂率、柱头上的花粉附着数、花粉萌发数与结实率之间呈显著正相关,因此可用于评价水稻的花期耐热性。
简介:目的探讨血浆(1—3)-β-D-葡聚糖对早期诊断深部真菌感染的临床价值。方法收集2009年3月-11月间在北京友谊医院感染科住院患者174例,根据侵袭性真菌感染诊断标准,将患者分为排除深部真菌组、确诊组、临床诊断组、拟诊组。应用MB-80微生物动态快速检测系统,检测各组患者血浆(1—3)-β—D-葡聚糖水平,分析比较深部真菌感染组和非深部真菌感染组血浆(1-3)-β-D-葡聚糖的水平。结果深部真菌感染组血清(1-3)-β-D-葡聚糖含量为(153.4±37.0)pg/mL,排除深部真菌感染组血清(1-3)-β—D-葡聚糖含量为(54.6±8.6)pg/mL,两组间有统计学差异(t=3.4,P〈0.01);分析血浆(1-3)-β-D-葡聚糖诊断深部真菌感染,以20pg/mL为诊断阈值,其准确率、敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值分别为70.1%、87.5%、61.9%、52.1%、91.2%。确诊病例、临床诊断病例、拟诊病例,3组间血清(1—3)-β-D-葡聚糖含量无统计学差异(P〉0.05)。结论深部真菌感染组的葡聚糖水平明显高于排除深部真菌感染组的葡聚糖水平,具有统计学意义。以20pg/mL为诊断阈值,其准确率、敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值分别为70.1%、87.5%、61.9%、52.1%、91.2%,可作为深部真菌感染的最佳诊断阈值。