简介：MicroRNAs(miRNAs)areaclassofshort,endogenously-initiatednon-codingRNAsthatpost-transcriptionallycontrolgeneexpressionviaeithertranslationalrepressionormRNAdegradation.ItisbecomingevidentthatmiRNAsareplayingsignificantrolesinregulatorymechanismsoperatinginvariousorganisms,includingdevelopmentaltimingandhost-pathogeninteractionsaswellascelldifferentiation,proliferation,apoptosisandtumorigenesis.Likewise,asaregulatoryelement,miRNAitselfiscoordinativelymodulatedbymultifariouseffectorswhencarryingoutbasicfunctions,suchasSNP,miRNAediting,methylationandcircadianclock.Thismini-reviewsummarizedthecurrentunderstandingofinteractionsbetweenmiRNAsandtheirtargets,includingrecentadvancementsindecipheringtheregulatorymechanismsthatcontrolthebiogenesisandfunctionalityofmiRNAsinvariouscellularprocesses.

简介：SmallinterferingRNA(siRNA)andmicroRNA(miRNA)aresmallRNAsof18-25nucleotides(nt)inlengththatplayimportantrolesinregulatinggeneexpression.TheyareincorporatedintoanRNA-inducedsilencingcomplex(RISC)andserveasguidesforsilencingtheircorrespondingtargetmRNAsbasedoncomplementarybase-pairing.ThepromiseofgenesilencinghasledmanyresearcherstoconsidersiRNAasananti-viraltool.However,inlong-termsettings,manyvirusesappeartoescapefromthistherapeuticalstrategy.Anexampleofthismaybeseeninthecaseofhumanimmunodeficiencyvirustype-1(HIV-1)whichisabletoevadeRNAsilencingbyeithermutatingthesiRNAtargetedsequenceorbyencodingforapartialsuppressorofRNAi(RNAinterference).Ontheotherhand,becausemiRNAtargetingdoesnotrequireabsolutecomplementarityofbase-pairing,mutationalescapebyvirusesfrommiRNAspecifiedsilencingmaybemoredifficulttoachieve.Inthisreview,wediscussstratagemsusedbyvariousvirusestoavoidthecells'antiviralsi/mi-RNAdefensesandnotionsofhowvirusesmightcontrolandregulatehostcellgenesbyencodingviralmiRNAs(vmiRNAs).

简介：生物信息的途径补充了试验性的努力到inventorize植物miRNA目标。我们执行了产生通常认为的miRNA的一张全面的表的transcriptome指向的米饭(Oryzasativa)的全球计算分析。我们的预言(684个唯一的抄本)证明米饭miRNAs调停包括抄写(41%)的多样的功能的规定，催化作用(28%)，绑定(18%)，和transporter活动(11%)。在预言的目标之中，61.7%点击在编码区域，将近72%目标让独居的miRNA撞击。学习预言了通常认为地调整象压力反应，催化作用，和绑定一样的函数的34miRNAs的超过70个新奇目标。非常，目标的一半(55%)在O之间被保存，这被观察。sativaindica和O。sativa装饰用的梨树。31个miRNA家庭的成员被发现拥有在米饭之间并且至少的保存目标另外的草家庭成员之一。大约44%唯一的目标在二个不一样的miRNA预言算法之间是普通的。跨种类的保存和算法的一致的如此的程度在在这研究预言的米饭miRNA目标的表授与信心。

简介：目的：分析物种间miRNA序列的共同点和差异点,为后续miRNA研究奠定基础。方法：从miRBase数据库下载8种模式生物,即智人、小鼠、大鼠、果蝇、线虫、拟南芥、水稻、玉米的全部miRNA,通过生物信息学相关软件及方法对其进行分析。结果：各物种成熟miRNA序列长度均约为22nt,植物miRNA长度分布范围较动物更集中;而pre-miRNA则相反,植物pre-miRNA的长度变异远大于动物;各物种miRNA序列第一个碱基倾向于U,而其他位点的碱基在不同物种间变异较大;miRNA的保守性有一定的范围,不存在在所有物种中均保守的miRNA。结论：找到了miRNA间的一些共同点及差异点,可为后续miRNA鉴定注释提供借鉴。

简介：MicroRNAs(miRNA)指导在基因表示的一个重要角色在植物为到环境条件的发展进程和回答要求了的顺序特定的posttranscriptional基因silencing玩。然而，很少对transcriptional和miRNA表示的posttranscriptional规定被知道。Histoneacetylation在染色质改变起一个重要作用并且为基因激活被要求。由在Arabidopsis的异种分析miRNAs和相应主要miRNAs的子集的累积，我们显示出那histoneacetyltransferaseGCN5(一般控制非镇压的protein5)在miRNA上有一般压抑的效果生产，当它为一个子集的表示被要求时(例如压力可诱导)MIRNA基因。在miRNA生产的GCN5的一般否定功能多半通过象DICERLIKE1(DCL1)那样的miRNA机械基因的间接压抑被完成，有锯齿(SE)，偏下性的LEAVES1(HYL1)和ARGONAUTE1(AGO1)。染色质immunoprecipitation试金表明GCN5指向到MIRNA基因的一个子集并且为在这些loci的histoneH3离氨酸14的acetylation被要求。而且，由trichostatin的histonedeacetylation的抑制一个处理或在histonedeacetylase，基因异种损害了某些miRNAs的累积。这些数据一起建议ArabidopsisGCN5在transcriptional和posttranscriptional层次防碍miRNA小径，histoneacetylation/deacetylation是涉及miRNA的规定的epigenetic机制生产。

简介：理解扩大多拷贝microRNA(miRNA)在植物的家庭，我们局部性从到他们的染色体的Arabidopsis和米饭的报导miRNA基因，分别地并且从Arabidopsis观察了117miRNA基因中的那37%个，从米饭的173miRNA基因中的35%个是在染色体的部分复制。为了描绘表示多样化是否多发生在植物之中，拷贝miRNA家庭成员，我们设计了在Arabidopsis和米饭从10个家庭指向48位预言的miRNA先锋的PCR教材。从RT-PCR数据的结果建议在一样的miRNA家庭以内的成员的抄录先锋在不同表示层次是在场的。另外，尽管miR160和miR162序列在Arabidopsis和米饭被保存，我们发现这些基因的表示模式在二种之间不同。这些数据建议那表达式多样化发生了在多拷贝miRNA家庭，在植物增加我们miRNAs的表达式规定的理解。

简介：实时荧光定量PCR是目前基因表达量差异分析的首选方法之一。虽然其操作简单,但如何保证其定量结果的可信度一直是个难题,特别是针对只有20多个碱基的miRNA的定量分析。本研究以水稻miR408在不同组织中的表达差异为实例,系统地优化和阐述了有关荧光定量的新标准及要求。结果表明,引物的浓度对于荧光定量PCR体系的优化至关重要。

简介：miRNAsarenon-codingsmallRNAsthatinvolvediversebiologicalprocesses.Untilnow,littleisknownabouttheirrolesinplantdroughtresistance.Physcomitrellapatensishighlytoleranttodrought;however,itisnotclearaboutthebasicbiologyofthetraitsthatcontributeP.patensthisimportantcharacter.Inthiswork,wediscovered16droughtstress-associatedmiRNA(DsAmR)familiesinP.patensthroughcomputationalanalysis.DuetothepossiblediscrepancyofexpressionperiodsandtissuedistributionsbetweenpotentialDsAmRsandtheirtargetinggenes,andtheexistenceoffalsepositiveresultsincomputationalidentification,thepredictionresultsshouldbeexaminedwithfurtherexperimentalvalidation.WealsoconstructedanmiRNAco-regulationnetwork,andidentifiedtwonetworkhubs,miR902a-5pandmiR414,whichmayplayimportantrolesinregulatingdrought-resistancetraits.Wedistributedourresultsthroughanonlinedatabasenamedppt-miRBase,whichcanbeaccessedathttp://bioinfor.cnu.edu.cn/ppt_miRBase/index.php.OurmethodsinfindingDsAmRandmiRNAco-regulationnetworkshowedanewdirectionforidentifyingmiRNAfunctions.

简介：【目的】松墨天牛是松树的重要蛀干害虫，也是林业重大外来人侵种松材线虫的媒介昆虫。虽然松墨天牛和松材线虫互作的化学生态和分子进化机制受到人们的广泛关注，但miRNA等表观遗传因子在天牛一线虫互作中的作用未见报道。【方法】使用illuminaHiSeq2000平台进行miRNA高通量测序，得到4个携带线虫的天牛miRNA库和4个未携带线虫的天牛miRNA库。此外，对鉴定出的miRNA进行了差异表达分析，并对这些miRNA的靶基因进行了GO注释和KEGG通路富集分析。【结果】在携带线虫的天牛表皮、脂肪体、中肠和气管样本中分别鉴定出780、802、617和762个miRNA;在未携带松材线虫的天牛的不同组织样本中分别鉴定出784、723、713和837个miRNA。在携带松材线虫的松墨天牛中，某些已知miRNA表达量会显著升高，如miR-14、miR279和miR-312等。差异表达miRNA的功能大多指向代谢、免疫等方面。【结论】miRNA在松墨天牛和松材线虫互作中起着重要的调控作用。