简介:摘要目的探讨长链非编码RNA小核仁RNA宿主基因1(lncRNA SNHG1)靶向微小RNA-16(miR-16)对人骨髓间充质干细胞(BMSCs)成骨分化的影响。方法将BMSCs(购自上海泽叶生物科技有限公司)进行体外培养,实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测BMSCs成骨诱导前后SNHG1和miR-16的表达水平。将BMSCs分为正常组、诱导分化组、si-con组、si-SNHG1组、miR-con组、miR-16组、si-SNHG1+anti-miR-con组和si-SNHG1+anti-miR-16组。蛋白质印记(Western blot)检测碱性磷酸酶(ALP)、Runt相关转录因子2(Runx2)、骨桥蛋白(OPN)的表达水平。双荧光素酶报告基因实验和RT-qPCR验证SNHG1和miR-16的靶向调控关系。两组间数据比较采用独立样本t检验,多组间数据比较采用单因素方差分析和LSD-t检验。结果与正常组比较,诱导分化组BMSCs细胞SNHG1(0.64±0.12比1.00±0.08,t=1.323,P<0.05)的表达水平显著降低,miR-16(4.54±0.84比1.00±0.11,t=7.238,P<0.01)的表达水平显著升高。与si-con组比较,si-SNHG1组BMSCs中ALP(0.61±0.06比0.41±0.05,t=4.435,P<0.05)、Runx2(1.25±0.13比0.79±0.09,t=5.039,P<0.01)、OPN(0.94±0.08比0.41±0.06,t=9.180,P<0.01)蛋白表达显著升高。与miR-con组比较,miR-16组BMSCs中ALP(0.63±0.06比0.40±0.04,t=5.524,P<0.01)、Runx2(1.04±0.09比0.69±0.07,t=5.317,P<0.01)、OPN(0.98±0.11比0.51±0.08,t=5.985,P<0.01)蛋白表达显著升高。与si-SNHG1+anti-miR-con组比较,si-SNHG1+anti-miR-16组BMSCs中ALP(0.52±0.04比0.66±0.06,t=3.363,P<0.05)、Runx2(0.89±0.07比1.08±0.09,t=2.886,P<0.05)、OPN(0.71±0.08比0.98±0.11,t=3.438,P<0.05)蛋白表达显著降低。miR-16是SNHG1的靶基因,SNHG1可负性调控miR-16表达。结论lncRNA SNHG1通过靶向miR-16可抑制BMSCs成骨分化。
简介:摘要目的探讨FMR1基因(CGG)n重复数与卵巢储备功能不全(diminished ovarian reserve,DOR)发病的相关性,为患者提供遗传咨询和生育指导。方法采集214例DOR患者的外周血样,提取DNA。用PCR扩增结合毛细管电泳测定患者及部分家系成员FMR1基因的(CGG)n重复数。结果共发现3例患者携带前突变,1例携带灰区突变。经遗传咨询,1例前突变携带者和另1例患者的妹妹(亦携带前突变)均已自然妊娠。产前诊断显示胎儿均为携带者。结论FMR1基因(CGG)n重复数异常是DOR的重要原因。对DOR患者进行FMR1基因(CGG)n重复数检测能够为患者的临床治疗、遗传咨询和生育指导提供依据。
简介:摘要目的阐明高频重复经颅磁刺激(rTMS)对脑梗死大鼠认知功能的影响,通过RNA测序探索其潜在机制。方法选择30只SD雄性大鼠进行短暂性大脑中动脉闭塞(tMCAO)造模,根据Bederson评分排除10只不在1~3分的大鼠,剩余20只模型大鼠用随机数字表法分为tMCAO组(n=10)和rTMS组(n=10),另设假手术组(n=10)。rTMS组大鼠于术后第7~28天接受20 Hz rTMS干预治疗。术后第28~33天进行Morris水迷宫实验检测各组大鼠认知功能,在rTMS组和tMCAO组各取3只大鼠的梗死灶周围皮质组织进行RNA测序。结果rTMS组[(53±4)s]和假手术组[(51±5)s]的逃避潜伏期明显短于tMCAO组[(58±4)s,P<0.05];rTMS组[2.5(1.5~3.0)次]和假手术组[3.0(1.5~3.0)次]大鼠在60 s内穿越原平台的次数多于tMCAO组[1.0(0.5~1.5)次,P<0.05]。RNA测序共发现16个显著差异表达基因,包括9个上调基因和7个下调基因。GO分析结果显示,上调基因的功能主要集中于化学和金属离子稳态等过程,而下调基因的功能则主要集中于炎症反应。结论20 Hz rTMS能够显著改善脑梗死大鼠的认知功能,其机制可能与维持化学和金属离子稳态及调控小胶质细胞的极化减轻神经炎症相关。
简介:摘要线粒体疾病受线粒体DNA和核基因组的双重调控,对线粒体DNA的变异解读一直充满挑战,本文将美国贝勒医学院临床医学遗传诊断室于2020年发表的线粒体信使RNA(mRNA)变异分类标准进行解读,以期为我国临床医生提供线粒体mRNA变异解读的最新依据。
简介:摘要目的探索SOX13基因来源的环状RNA hsa_circ_0004777的特征分析及功能预测。方法探究了hsa_circ_0004777的基本特征,包括验证反向剪接位点,RNase R消化实验,细胞内RNA的胞质胞核分布,蛋白翻译潜能的预测。此外,使用生物信息学方法,预测hsa_circ_0004777结合的微小RNA(microRNA,miRNA)以及miRNA的靶基因,并且构建了circRNA-miRNA-mRNA的网络图。再对预测到的miRNA的靶基因进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集分析和信号通路富集分析。结果hsa_circ_0004777的形成是由SOX13基因第4号外显子反向剪接至第2号外显子,hsa_circ_0004777能抵抗RNase R处理,主要分布在细胞质。生信预测hsa_circ_0004777通过作为hsa-miR-1225-3p、hsa-miR-637、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-145-5p、hsa-miR-384、hsa-miR-660-5p、hsa-miR-942-5p、hsa-miR-331-3p这8个miRNA的海绵来发挥作用;hsa_circ_0004777潜在结合的8个miRNA的靶基因在对聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、DNA模板、骨骼肌细胞分化等生物过程显著富集。结论成功探索了SOX13基因来源的环状RNA hsa_circ_0004777的特征,并且从circRNA-miRNA-mRNA网络图中预测了它的功能,为进一步研究hsa_circ_0004777奠定了基础,也为更深入研究SOX13提供了思路。
简介:摘要目的构建细胞凋亡受体通路相关蛋白FasL表达的RNA干扰(RNAi)质粒,为研究FasL参与的细胞信号通路提供稳定转染细胞的RNA干扰质粒。方法选取FasL基因的19nt特异性序列,设计针对FasL的shRNA序列,应用基因重组技术克隆到pSilencer1.0-U6表达载体中,EcoRI和ApaI进行双酶切和DNA测序鉴定重组克隆,在脂质体的介导下包含FasL基因RNAi的重组载体转染脐静脉血管内皮细胞,转染48h后,收集细胞裂解液,Westernblotting分析对照组与转染组FasL蛋白的表达水平。结果双酶切证实shRNA正确插入pSilencer1.0-U6质粒,DNA测序证实插入的序列正确;FasL基因RNAi的载体转染血管内皮细胞成功;Westernblotting结果显示与空质粒对照组比转染组细胞FasL表达下调。结论成功构建人FasL基因RNA质粒,为研究FasL参与的细胞信号通路提供了稳定的转染细胞载体。
简介:本研究对甜瓜黄瓜素基因启动子进行了元件分析。讨论以采集的甜瓜叶片为试验材料,采用CTAB法提取植物DNA,并利用PCR扩增技术,成功获得了黄瓜素启动子的基因序列,利用DNAman、DNAstar等软件进行处理和分析序列结果,并采用PlantCARE和PLACE对启动子的元件进行生物信息学元件分析。分析结果表明:黄瓜素启动子与AY055805、LN713264、LN681897的同源性为100%、99%、99%。其序列含有多种高等植物果实启动子通用的顺式作用元件TATA-Box、CAAT-Box和光响应元件,同时部分序列还也参与了ABA、VP1反应和水杨酸反应。甜瓜黄瓜素启动子的研究为下一步利用该启动子进行深入的果实基因工程研究提供材料基础和理论依据。
简介:摘要目的探讨长链非编码RNA同源盒基因A11反义RNA(HOXA11-AS)在脑胶质瘤中的表达及生物学功能。方法首先分析HOXA11-AS在癌症基因组图谱(TCGA)计划数据库(689例)的低级别脑胶质瘤、胶质母细胞瘤以及GTEx数据库(255例)的正常脑组织样本中的表达情况。基于TCGA数据库,进一步分析HOXA11-AS在世界卫生组织(WHO)Ⅱ~Ⅳ级的脑胶质瘤样本中的表达情况。根据HOXA11-AS表达量的中位数分为高表达组和低表达组,并绘制Kaplan-Meier生存曲线,采用log-rank检验比较HOXA11-AS低表达组与高表达组脑胶质瘤患者的生存差异。进一步的体外实验以人星形胶质细胞为对照组,通过实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)实验验证HOXA11-AS在脑胶质瘤U251、U87及LN229细胞株中的表达。U87和LN229细胞株中分别使用携带HOXA11-AS cDNA序列的过表达慢病毒载体构建过表达HOXA11-AS的细胞株,使用空载慢病毒载体构建对照细胞株。U87和LN229细胞株中分别使用siRNA转染敲低HOXA11-AS的表达。进一步通过EdU增殖实验、细胞划痕实验和Transwell实验研究HOXA11-AS对胶质瘤细胞增殖、迁移以及侵袭能力的影响。结果HOXA11-AS在正常脑组织、低级别脑胶质瘤及胶质母细胞瘤中表达量的差异具有统计学意义(P<0.001)。TCGA数据库中,WHO Ⅲ、Ⅳ级脑胶质瘤的HOXA11-AS表达量均高于Ⅱ级脑胶质瘤(P<0.001)。全级别脑胶质瘤患者中,HOXA11-AS高表达组(n=344)的总生存期短于低表达组(n=345,P<0.001)。进一步的体外实验中,qRT-PCR检测结果显示,与对照组比较,U87组、LN229组及U251组HOXA11-AS的表达均升高(均P<0.001)。U87和LN229过表达组HOXA11-AS的表达均较其对照组上调(均P<0.001)。U87敲低组、LN229敲低组的HOXA11-AS表达均较其对照组下调(均P<0.001)。EdU增殖实验结果显示,U87和LN229过表达组的EdU阳性率分别高于U87和LN229对照组(均P<0.05);相反,U87敲低组较U87无义序列组、LN229敲低组较LN229无义序列组的EdU阳性率均下降(均P<0.001)。细胞划痕实验结果显示,U87和LN229过表达组的细胞迁移率分别高于U87和LN229对照组(均P<0.05);相反,U87敲低组较U87无义序列组、LN229敲低组较LN229无义序列组的细胞迁移率均下降(均P<0.001)。Transwell实验结果显示,U87和LN229过表达组的穿胶细胞数分别多于U87对照组和LN229对照组(均P<0.05);相反,U87敲低组较U87无义序列组、LN229敲低组较LN229无义序列组的穿胶细胞数均低(均P<0.05)。结论HOXA11-AS在脑胶质瘤中呈高表达,并可促进胶质瘤细胞的增殖、迁移和侵袭。
简介:摘要目的探讨长链非编码RNA同源盒基因A11反义RNA(HOXA11-AS)在脑胶质瘤中的表达及生物学功能。方法首先分析HOXA11-AS在癌症基因组图谱(TCGA)计划数据库(689例)的低级别脑胶质瘤、胶质母细胞瘤以及GTEx数据库(255例)的正常脑组织样本中的表达情况。基于TCGA数据库,进一步分析HOXA11-AS在世界卫生组织(WHO)Ⅱ~Ⅳ级的脑胶质瘤样本中的表达情况。根据HOXA11-AS表达量的中位数分为高表达组和低表达组,并绘制Kaplan-Meier生存曲线,采用log-rank检验比较HOXA11-AS低表达组与高表达组脑胶质瘤患者的生存差异。进一步的体外实验以人星形胶质细胞为对照组,通过实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)实验验证HOXA11-AS在脑胶质瘤U251、U87及LN229细胞株中的表达。U87和LN229细胞株中分别使用携带HOXA11-AS cDNA序列的过表达慢病毒载体构建过表达HOXA11-AS的细胞株,使用空载慢病毒载体构建对照细胞株。U87和LN229细胞株中分别使用siRNA转染敲低HOXA11-AS的表达。进一步通过EdU增殖实验、细胞划痕实验和Transwell实验研究HOXA11-AS对胶质瘤细胞增殖、迁移以及侵袭能力的影响。结果HOXA11-AS在正常脑组织、低级别脑胶质瘤及胶质母细胞瘤中表达量的差异具有统计学意义(P<0.001)。TCGA数据库中,WHO Ⅲ、Ⅳ级脑胶质瘤的HOXA11-AS表达量均高于Ⅱ级脑胶质瘤(P<0.001)。全级别脑胶质瘤患者中,HOXA11-AS高表达组(n=344)的总生存期短于低表达组(n=345,P<0.001)。进一步的体外实验中,qRT-PCR检测结果显示,与对照组比较,U87组、LN229组及U251组HOXA11-AS的表达均升高(均P<0.001)。U87和LN229过表达组HOXA11-AS的表达均较其对照组上调(均P<0.001)。U87敲低组、LN229敲低组的HOXA11-AS表达均较其对照组下调(均P<0.001)。EdU增殖实验结果显示,U87和LN229过表达组的EdU阳性率分别高于U87和LN229对照组(均P<0.05);相反,U87敲低组较U87无义序列组、LN229敲低组较LN229无义序列组的EdU阳性率均下降(均P<0.001)。细胞划痕实验结果显示,U87和LN229过表达组的细胞迁移率分别高于U87和LN229对照组(均P<0.05);相反,U87敲低组较U87无义序列组、LN229敲低组较LN229无义序列组的细胞迁移率均下降(均P<0.001)。Transwell实验结果显示,U87和LN229过表达组的穿胶细胞数分别多于U87对照组和LN229对照组(均P<0.05);相反,U87敲低组较U87无义序列组、LN229敲低组较LN229无义序列组的穿胶细胞数均低(均P<0.05)。结论HOXA11-AS在脑胶质瘤中呈高表达,并可促进胶质瘤细胞的增殖、迁移和侵袭。
简介:摘要微小RNA(microRNAs,miRNAs)是由21~23个核苷酸组成的非编码RNA,作为一种基因表达的负性调节因子,可以调控其靶mRNA稳定性及翻译效率。急性肺损伤(acutelunginjury,ALI)/急性呼吸窘迫综合征(acuterespiratorydistresssyndrome,ARDS)指创伤、感染、休克等疾病导致的进行性缺氧性呼吸衰竭,主要的病理生理改变是弥漫性肺毛细血管内皮肺泡上皮屏障功能的破坏及炎症损害,ALI/ARDS是临床常见危重症,病死率高,发病机制非常复杂,且不完全明确,近年来大量关于疾病与miRNA关系的文献报导,miRNA是众多基因的关键调节者,在细胞凋亡过程中起关键作用,从而影响疾病的发生及展。本文对近年来国内外有关miRNA在急性肺损伤中的作用作简要阐述。