简介：摘要目的研究拉沙病毒（Lassa virus，LASV）密码子使用偏性及其偏性形成的影响因素，比较LASV和几种表达系统密码子使用频率，为LASV重组亚单位疫苗、mRNA疫苗、DNA疫苗等基因工程疫苗的制备筛选出最优外源表达系统。方法使用Excel 2007、EMBOSS、CondonW1.4.2、SigmaPlot 14.0、SPSS 22.0等软件分析LASV核心蛋白（nucleoprotein，N）、包膜糖蛋白（envelope glycoproteins，G）、锌结合蛋白（zinc-binding protein，Z）、RNA聚合酶（RNA polymerase，L）蛋白共446条基因序列的密码子偏性及其影响因素，并将LASV密码子使用模式与几种不同表达系统进行比较。结果LASV的各蛋白编码序列的各位置GC含量存在较大差异，各蛋白平均GC3含量为42.29%~59.47%，ENC均值41.73~52.81，除Z蛋白密码子偏性较强外，N、G、L三种蛋白密码子偏性较弱。4种蛋白RSCU>1的密码子共108个，约占45.76%，其中以A/U结尾占63.9%，GUU、GUG、UCU、UCA、CCU、ACA、GCU、GCA、AGA、AGG为LASV多数蛋白的高频密码子，GCA、AGA为4种蛋白共有的高频密码子。ENC-Plot、中性分析、PR2绘图分析显示，LASV的各蛋白密码子使用偏性受到不同因素影响，其主要因素是自然选择，突变是次要原因。对比分析提示人和酵母菌是LASV较合适的外源表达系统。结论LASV 4种蛋白偏向使用A/U结尾的密码子，目前自然选择是其偏性的主要影响因素，与常用表达系统密码子偏性比较分析提示人和酵母菌是LASV疫苗制备的最优外源表达。

简介：通过计算银白杨叶绿体基因组中各基因的ENc值、RSCU值、CAI值和GC3s的含量,分析银白杨叶绿体基因组密码子用法,并采用目前普遍使用的多变量统计分析方法(对应分析)和ENc.plot方法探讨了若干重要因子对银白杨叶绿体基因组密码子用法的效应。对应分析结果显示在影响最大的第一条向量轴上,基因的坐标位置与GC3s(r=349)极显著相关,而与该基因的表达水平(CAI)无显著相关性,但是在第二、三向量轴上基因的坐标位置与该基因的表达水平(CAI)呈极显著相关(r=-0.348和r=0.602,),说明碱基突变是影响密码子发挥作用的主要因素,而少数基因密码子用法受到翻译选择的作用;ENC-plot分析结果也证明了这一点。图2表2参34。更多还原

简介：磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶是（phosphoenolpyruvatecarboxylase，PEPC）是C4光合途径的关键酶之一。为了解籽粒苋PEPC基因密码子的使用特性，运用CHIP、CUSP、CodonW和SPSS软件分析籽粒苋PEPC基因密码子的偏好性，并分别与其他24种物种PEPC以及模式生物基因组进行比较。结果显示，籽粒苋PEPC基因偏好使用A～T结尾的密码子，26种偏好密码子（RSCU〉1）qh偏好性较强的有GCT、CTC和GTG（RSCU较强）。与其他物种同源基因相比，密码子选择偏性存在差异。进化树分析表明，基于雎PC基因编码序列聚类结果比密码子使用偏性分类结果能更准确地反映物种间的亲缘关系；密码子使用频率比较结果发现，酵母真核表达系统更适用于籽粒苋PEPC基因异源表达实验，而籽粒苋PEPC基因与模式植物基因组之间密码子使用偏性差异较小，尤其番茄可能为该基因转基因研究最为理想的受体。本研究为籽粒苋PEPC基因在作物高光效基因工程中选择最佳的外源表达系统以及提高其表达水平提供了前期的研究基础。

简介：文中对子囊菌代表类群的延伸因子1alpha基因密码子的使用模式进行了研究。结果表明：该基因的密码子使用偏好性不仅与核酸碱基组成密切相关,也受到其他选择性压力的影响。统计分析揭示了子囊菌各类群该基因的密码子组成和编码特点,在同义密码子的选择模式上,酵母纲（Saccharomycetes）的成员具有较独特的偏好性。基于密码子用法分歧度的聚类分析方法较合理地反映了大部分类群的分类学地位,但在各个纲的内部,密码子偏好性的变化程度存在差异。

简介：为了解香蕉NBS抗病基因的密码子使用特点,掌握其基因编码规律,以香蕉全基因组NBS基因的74条高置信蛋白编码信息为数据来源,借助CodonW等软件对蛋白质的每个氨基酸编码数据进行了统计分析。结果表明,G＋C含量范围为32.8%~45.4%,共鉴定获得了GUC和UAC等8个最优密码子且全部以G或C结尾。中性绘图分析发现,大部分基因分布在对角线及其附近区域,ENC与GC3的关联分析显示大部分基因落在标准曲线附近,这些都表明密码子偏好性受到碱基突变影响较大。密码子各参数相关性分析表明,ENC和G3s、C3s的大小都呈显著负相关,在基因表达密码子使用时,更倾向于选择第三位碱基是G/C的同义密码子。本研究分析了香蕉全基因组NBS基因的密码子偏好性,为通过密码子优化来提高NBS基因在香蕉中的表达,对香蕉进行抗性改良具有十分重要的指导作用。

简介：摘要目的探究Klhl24基因起始密码子突变小鼠毛囊异常的生理表型，为阐明Klhl24调控毛囊发育的机制提供基础。方法将通过CRISPER/Cas9技术构建的Klhl24基因起始密码子突变Klhl24c.3G>T杂合（Klhl24c.3G/T）雄性小鼠与野生型雌性小鼠杂交，对同窝小鼠进行基因型鉴定，Klhl24c.3G/T雄性小鼠和野生型（WT）雄性小鼠分别作为实验组与对照组，每组小鼠≥ 3只。在小鼠出生后第21天（第1个毛发静止期）及45天（第2个毛发静止期）进行胶带贴毛实验，对小鼠背部皮肤组织进行Ki67免疫组化检测，并用扫描电镜、透射电镜观察，用脱氧核糖核苷酸介导的dUTP末端标记（TUNEL）试剂盒检测毛囊内凋亡细胞。实验组与对照组检测结果比较采用Dunnett-t检验。结果第1个静止期与第2个静止期Klhl24c.3G/T小鼠每0.25 cm2胶带脱落毛干数量分别为1 224 ± 51.08与1 514 ± 72.15，WT小鼠分别为320 ± 55.68和125 ± 2.86，第1、2个静止期Klhl24c.3G/T小鼠脱落毛干数量均明显多于WT小鼠（t = 11.96、19.24，均P < 0.001）。对第1个静止期脱落毛干进行扫描电镜观测，显示脱落毛干底部呈杵状。出生后第59天时，WT小鼠背部无新毛干长出，毛囊处于静止期，而Klhl24c.3G/T小鼠背部已有新毛干长出，毛囊进入下一个生长期。透射电镜观察显示，在第1个毛囊静止期（P21）Klhl24c.3G/T小鼠背部皮肤毛囊细胞中线粒体内嵴结构混乱，单个毛囊结构中凋亡细胞数量为12 ± 1.15，高于WT小鼠（3 ± 0.63，n = 8，t = 6.874，P < 0.001）。结论Klhl24c.3G/T小鼠毛发异常表型主要为毛囊静止期锚定毛干能力降低，毛囊生长期提前，毛囊细胞中线粒体结构异常，并且凋亡细胞数量增加。

简介：鉴定合成的或通过高通量随机组合方法获得的潜在功能片段的生物学功能需要一套高效便捷的酵母表达专用载体。酵母表达载体pYES2多克隆位点处不含起始密码子,通过设计含有ATG和EcoRⅠ酶切位点的特异性引物扩增一段Intron,利用In-Fusion重组技术(Clontech)将该片段构建至酵母表达载体pYES2,得到一个含有ATG的重组酵母表达载体pYES2-ATG。为了检测该载体的功能,扩增不含起始密码子的DNA序列nlea,该序列由本实验室设计合成,具有潜在的耐盐功能。构建重组表达载体pYES2-ATG-nlea在酵母中进行功能鉴定。研究结果表明,半乳糖诱导后,含pYES2-ATG-nlea的重组酵母菌株耐盐能力明显高于含pYES2-ATG空质粒的菌株,表明在该载体系统上的添加了起始密码子的nlea成功表达,具有一定的耐盐性,同时也证明改造的载体系统可用于没有起始密码子的编码区序列的功能筛选和鉴定。pYES2-ATG酵母载体系统不影响原始载体基本功能元件的表达,同时能使不含起始密码子编码区序列在酵母中正常表达,在大规模进行多个基因的功能鉴定中具有重要的应用价值。

简介：目的检测胰腺癌及相应癌旁组织K—ras基因第12密码子的突变量，分析其与胰腺癌临床病理参数的关系。方法应用肽核酸（peptidenucleicacid，PNA）钳制双荧光标记探针的实时定量PCR法检测93例胰腺癌组织及其癌旁组织中K—ras基因第12密码子的突变拷贝数，以突变百分率表示突变量。K-ras基因突变百分率=K—ras突变型拷贝数／（K—ras野生型拷贝数＋K-ras突变型拷贝数）×100％。结果胰腺癌及其癌旁组织的K-ras基因第12密码子突变率分别为83．9％和65．6％，相差显著（P〈0．05）；它们的突变量分别为（13．385±1．745）％和（2．246±0．728）％，相差亦显著（P〈0．05）。K—ras基因第12密码子突变量与临床病理参数无关。结论胰腺癌及相应癌旁组织不仅存在K-ras基因突变率的差异，亦存在K—ras基因突变量的差异。

简介：利用氨基酸密码子的简并性及大肠杆菌中高表达真核基因时,转录起始区的结构特点:①在起始密码子ATG后使用富含嘌呤的密码子延长其mRNA同tRNA反密码子loop的互补;②通过应用富含A/U的密码子,避免mR-NA形成稳定的二级结构;③减少潜在的第二个Shine-Dalgarno序列。通过聚合酶链式反

简介：摘要目的分析2013—2020年人感染H7N9禽流感密码子使用偏好及其影响因素。方法通过NCBI数据库获得病毒全基因组序列，使用CodonW、EMBOSS、R、Origin 9.0、SPSS 20.0等软件分析病毒的碱基构成、密码子偏好性参数等。结果H7N9病毒全基因组AU含量高于GC，且AU多出现在密码子末位。2013—2020年AU含量逐渐升高，而GC含量逐渐降低。病毒有效密码子数在48.71~56.17之间，提示病毒密码子使用偏性总体较弱。有效密码子数绘图和密码子适应指数分析显示病毒密码子使用偏好受自然选择和突变压力双重影响，自然选择因素更为明显。结论人感染H7N9禽流感病毒密码子使用偏好仍处在不断适应人类宿主的演化过程中，第五波疫情及后续毒株与既往毒株相比存在更加适应宿主的变化。

简介：比较分析了甲烷八叠球古菌（Methanosarcinamazeistr．Goel）和其他2种系统发育相关的广古细菌（嗜苦古菌（Picrophilustorridusstr．DSM9790）和盐碱古菌（Natronomonaspharaonisstr．DSM2160））的同义密码子使用偏好性．结果表明甲烷八叠球古菌的密码子使用偏好性很小，并且与GC3S值有很高的相关性．这3种广古细菌的密码子使用模式在进化上很保守．通过分层聚类分析，得出较之基因功能对密码子使用的影响，这些广古菌密码子的使用更是由其物种所决定的．考虑到这3个物种生活在pH值差异很大的环境中，推测其生活环境在很大程度上决定了这些微生物密码子的使用方式．

简介：摘要目的分析具有高广谱中和活性的HIV-1感染者包膜蛋白(Env)基因的氨基酸及密码子使用特点。方法根据中和宽度是否高于90%将样本分为高广谱中和活性组(hBCN+组)和非高广谱中和活性组(hBCN-组)，采用单拷贝基因组扩增法(SGA)分离全长Env基因，通过两组样本Env基因的相对氨基酸使用度(RAAU)的对应性分析(COA)，并基于相似性指数D(A，B)计算及与宿主相对密码子使用度(RSCU)的比对探讨两组毒株的氨基酸及密码子使用特点。结果对应性分析结果显示hBCN+组和hBCN-组毒株RAAU数据沿两个主轴分布形成两个相对独立的簇，表明两组毒株Env基因具有相对独特的氨基酸使用模式；相似性指数分析结果显示hBCN+组(0.097)低于hBCN-组(0.102)，且两组毒株相比较，hBCN+组Env基因与人具有相似使用模式的密码子少于hBCN-组，提示hBCN+组毒株在感染者体内的适应性较hBCN-组毒株低。结论hBCN+和hBCN-两组毒株的Env基因具有相对独特的氨基酸使用模式，hBCN+组毒株对宿主的适应性较hBCN-组毒株低。

简介：目的:构建斑马鱼FOXP3A融合蛋白的原核表达系统,诱导表达并制备多克隆抗血清。方法:选取斑马鱼foxp3a基因cDNA的894bp特异区段(s-foxp3a),对该片段进行密码子优化后构建原核表达载体pET-32a-s-foxp3a,转化大肠杆菌BL21(DE3),诱导表达斑马鱼S-FOXP3A-His融合蛋白并纯化,纯化后的蛋白免疫家兔,制备斑马鱼FOXP3A蛋白的多克隆抗血清,4次免疫后取血清,采用间接ELISA法检测抗血清效价。结果:在16℃经0.5mmol/LIPTG诱导10h的条件下,SDS-PAGE分析表明斑马鱼S-FOXP3A-His融合蛋白以包涵体形式产生;间接ELISA检测结果显示,FOXP3A蛋白多克隆抗血清的效价在1.6×10^5以上。结论:制备了高效价的斑马鱼FOXP3A多克隆抗血清,为进一步解析斑马鱼FOXP3A蛋白的功能提供了基础工具。

简介：摘要目的获取具有生物活性的狂犬病病毒核蛋白在大肠埃希菌表达系统中高效表达。方法实验使用密码子优化技术重新编码狂犬病病毒CTN-1株核蛋白基因，人工合成全长基因并克隆至pET-43.1a表达载体，在大肠埃希菌BL21(DE3)株中诱导表达，并使用Western blot检测其反应原性。结果诱导后SDS-PAGE分析显示在相对分子质量50×103处出现明显的表达条带，与预期蛋白质条带大小一致。其中在大肠埃希菌A600为0.5左右，37℃诱导5 h时表达产量最高(约为32.3%)。大量表达时核蛋白的表达形式主要为包涵体，后经Ni2+螯合层析纯化，获得纯度为95%以上的目的蛋白。纯化产物经Western blot鉴定，与疫苗免疫小鼠血清呈阳性反应，表明大肠埃希菌表达CTN-1株核蛋白具有生物活性。结论本实验成功建立了CTN-1株核蛋白在大肠埃希菌表达系统的高效表达方法，并获得了高纯度目的蛋白，为进一步的临床诊断和新型疫苗制备提供基础资料。

简介：摘要目的对1例临床诊断为小细胞低色素性贫血、排除缺铁性贫血的先证者及其家系成员进行致病基因分析，了解基因型-表型关系。方法应用跨越断点PCR (Gap-PCR)和二代测序(next generation sequencing, NGS)技术检测先证者及家系成员在地中海贫血(简称地贫)缺失和变异型的情况，Sanger测序法对所检测的基因变异进行验证。结果Gap-PCR和NGS测序技术分别检测出α地贫αα/-α3.7缺失型和HBA2基因起始密码子HBA2 c．2T>A(p.Met1Lys)杂合变异，在先证者及父亲中均检出αHBA2：c.2T>A(p.Met1Lys)α/-α3.7，母亲及其他家系成员检出结果分别为-α3.7/-α3.7和αα/-α3.7。结论相较于只携带αα/-α3.7的α地贫静止型无症状家系成员，α HBA2 c．2T>A(p.Met1Lys)α/-α3.7表现出更典型的地贫体貌特征及异常血液学指标。HBA2 c．2T>A(p.Met1Lys)变异为致病性变异，新变异的检出丰富了α-地贫致病基因变异谱，为家系的遗传咨询和产前诊断提供了依据。

简介：目的通过研究广西地区肝癌患者中黄曲霉毒素B1（AflatoxinB1,AFB1）-DNA加合物的表达和p53第249密码子突变情况及其关系,探讨AFB1长期暴露与人群原发性肝细胞癌（hepatocellularcarcinoma,HCC）发生的关系。方法实验组为广西医科大学第一附属医院肝胆外科收治的63例HCC患者行根治性手术切除的肝肿瘤组织。按肿瘤大小分为小肝癌组（≤5cm）和大肝癌组（〉5cm）,同时小肝癌组包括两个亚组Ⅰ组（≤3cm）和Ⅱ组（〉3cm）。另取10例来自肝移植供肝及肝外伤切除的正常肝组织作为正常对照组。通过免疫组织化学（immunohistochemistry,IHC）法检测各组样本AFB1-DNA加合物的表达,并以PCR结合直接测序的方法检测其p53第249密码子的突变情况。结果小肝癌组的AFB1-DNA加合物阳性率最高（73.8%）,显著高于大肝癌组（P=0.016）。而小肝癌组p53第249密码子的突变率（35.7%）却显著低于大肝癌组（P=0.007）。正常对照组AFB1-DNA加合物阳性率为50.0%,但未发现p53第249密码子存在突变。Ⅰ组与Ⅱ组之间无论是AFB1-DNA加合物阳性率还是p53第249密码子的突变率差异均无统计学意义（P1=0.676,P2=1.000）。实验组中,33.3%的样本为AFB1-DNA加合物和p53第249密码子突变双阳性,22.2%的样本为AFB1-DNA加合物和第249密码子突变双阴性。结论广西为AFB1高污染地区,正常人群普遍存在AFB1的暴露。AFB1的暴露可增加HCC的发病概率。p53第249密码子突变可能是影响AFB1相关HCC发生、发展的因素。结合AFB1-DNA加合物表达和第249密码子突变的情况,可有效地了解肝癌患者长期持续性或非持续性的AFB1暴露下DNA的累积损伤情况。

简介：摘要目的探讨鼠类肉瘤滤过性毒菌致癌同源体B1密码子600的突变(BRAFV600E)在甲状腺乳头状癌中的突变及临床意义。方法分析郑州大学第一附属医院2017年1月1日至2017年12月31日200例甲状腺乳头状癌组织中BRAFV600E突变，探讨BRAFV600E突变与患者临床病理特征的关系。计数资料采用χ2检验。结果BRAFV600E在甲状腺乳头状癌组织中的突变率为91.5%(183/200)，与病理诊断率相近，与患者的性别(χ2＝0.799，P>0.05)、年龄(χ2＝1.110，P>0.05)、肿瘤大小(χ2＝0.999，P>0.05)、淋巴结转移(χ2＝0.948，P>0.05)以及病灶数量(χ2＝0.783，P>0.05)无明显相关。结论BRAFV600E突变与甲状腺乳头状癌的发生发展密切相关，有助于甲状腺乳头状癌患者的诊断及治疗。

简介：毁灭的真相“我不知道。三个小时前，我们接到了警告，由长崎市其中一座基地传来的，f蛳1遭受到不明武装分子的入侵，通知我们转移重要设施。我们的主管当即决定撤走一批重要物资和骨干人员，但这个基地不能停止运转，主管布欧先生和我们一起留守基地，他说，基地能多运行一分钟也好，所以……全都死了。”

简介：这是一位前苏联红军战士的自述：二战期间，我被德军俘虏，关在巴黎附近的一个集中营鹏．据警长透露，我在券军中的身份已被隔壁8号牢房中的“网犯”供认，因此自己性命难保，而且据说死刑不久就要执行．

简介：出谜篇当韩紫宥跟着林渊来到沙滩上的别墅门前时，着实被眼前的景象惊呆了，这是她二十多年来见过的最豪华的别墅!眼前的建筑无论是从设计还是材料来看，都完美得无可挑剔。