简介:摘要目的研究实时PCR探针熔解曲线技术在检查耐多药结核的临床应用方法,并与传统的结核菌培养及药敏试验作对比分析,从而得出其应用价值评价。方法回顾性分析我科2012年1月至2016年4月收治的50例耐多药结核病人的药敏检查结果。51例病人均做了实时PCR探针熔解曲线技术的药敏试验,其中11例病人还同时作了传统的结核菌培养及药敏试验。以结核菌培养及药敏试验作为金标准,并对两种检查方法作对比分析,得出其应用价值评价。结果耐INH、RFP、EMB、SM、OFX共12例,耐INH、RFP共21例,耐INH、RFP、EMB共15例、单耐INH者2例,单耐RFP者1例。11例作两种检测方法的药敏结果符合率为97.22%。结论实时PCR探针熔解曲线技术可快速、灵敏、特异检测结核耐药。
简介:【摘要】目的 探讨荧光聚合酶链反应(PCR)探针溶解曲线法在老年肺结核患者耐药性检测中的价值。方法 收集老年肺结核患者痰标本55份,经菌种鉴定分离133株(例)菌株作为研究对象。对其采用PCR探针溶解曲线法、表型药敏试验,分析对利福平、异烟肼、喹诺酮、卡那霉素的耐药性。对比PCR探针溶解曲线法、表型药敏试验两种检测方法耐药性检测结果的一致性,采用kappa值评价。结果 PCR探针溶解曲线法、表型药敏试验结果显示在利福平、异烟肼、喹诺酮、卡那霉素中一致性均较好,kappa值分别为0.76、0.81、0.84、0.80。结论 PCR探针溶解曲线法在肺结核患者耐药性的检测中具有较高价值,基本与表型药敏试验结果相当。
简介:摘要目的评价基于实时荧光PCR的探针熔解曲线分析(PMCA)技术作为耳聋基因基因诊断的可行性。方法选取2017年1-4月在珠海市妇幼保健院出生的经MALDI-TOF-MS诊断为耳聋基因携带者的婴儿的脐带血标本92份和正常的脐带血标本4份,采用PMCA技术对上述96份标本进行耳聋基因检测,检测结果不一致的样本,以DNA测序技术作为金标准,对上述两种方法检测耳聋基因突变的检测性能进行评估。结果探针熔解曲线分析法除了2例不在检测范围外,其余的94份标本均能正确检出。经测序鉴定,该两例未能检测出,是由于基因检测位点的不同所导致。结论PMCA技术可作为MALDI-TOF-MS技术检测耳聋基因基因突变的替代或验证方法。
简介:摘要目的建立操作简便、快速、成本低、结果准确的鉴定PAH基因外显子突变的基因诊断方法。方法应用高分辨熔解曲线(HighResolutionMelting,HRM)技术,对山西省已经临床确诊的85例PKU患儿进行外显子突变进行检测,并将检测结果进行测序验证。结果在受检的山西省患儿中,PAH基因外显子突变位点HRM技术检测结果和测序结果完全相符。结论高分辨熔解曲线技术操作简便,快速,使用成本低,结果准确,可作为PAH基因外显子突变的快速灵敏检测方法。
简介:目的:探索建立一种利用核酸酶免疫试验中探针的熔解温度差异检测已知突变位点的方法.方法:目的靶基因经扩增后,5'末端标记洋地黄毒苷(digoxigenin,Dig)的等位基因探针与已结合在酶标板上的扩增产物杂交,其杂交的探针-DNA二聚体的碱基错配与未错配之间存在变性温度差异.选择适宜的熔解温度进行已知突变位点的检测,并利用酶联免疫吸附试验对标记探针进行识别、放大和结果判断.结果:实验结果表明,当熔解温度为37℃时,扩增产物的加样量为5μl/孔和检测探针加入量为10pmol/孔时所测得A450值为0.800~0.923.等位基因检测探针的熔解温度为53℃,P1、P2与靶DNA结合率分别为86%和16%.当P1、P2按不同比例杂合时,其与结合率存在着明显的线性关系(r=0.9985).从8例人类乙型肝炎病毒(HBV)DNA阳性的血清标本检测中证实1例酪氨酸-缬氨酸-天冬氨酸-天冬氨酸(YVDD)突变、3例野生型,其余4例可能是杂合型突变.结论:本法具较高的检测灵敏度,且其突出的特点是能检测出标本中杂合突变所占的比例,间接反映出患者体内突变的类型和比例.这对于疾病的诊断、治疗、预后评价等都具有较高的价值.
简介:目的探讨荧光PCR熔解曲线技术在地中海贫血产前诊断中的应用价值。方法采用Gap-PCR、PCR+导流杂交和荧光PCR熔解曲线技术检测143例产前标本的地中海贫血基因,结果不一致时采用DNA测序确认。结果143例产前标本中检出重症地贫27例,包括20例重型α-地贫和7例重型β-地贫。荧光PCR熔解曲线技术在地中海贫血基因产前诊断中符合率100%。PCR+导流杂交技术检测α-和β-地中海贫血基因与其他2种方法各有1例结果不符,经DNA测序分析是由于PCR+导流杂交技术灵敏度高,因存在低比例的母体细胞污染所致。结论荧光PCR熔解曲线技术是一种高效、快速、准确的地中海贫血基因检测新技术,可用于地中海贫血产前诊断。地中海贫血产前诊断最好采用2种不同技术原理的方法独立检测,保证结果的准确可靠。STR技术检测母体细胞污染的低灵敏度需要警惕。
简介:目的:探讨高分辨率熔解曲线分析(Highresolutionmelting,HRM)技术检测结核分枝杆菌耐药突变位点的可行性。方法:对218株结核分枝杆菌进行利福平(RFP)和异烟肼(INH)的药物敏感性测定,并进行耐药基因位点的PCR扩增和测序,同时采用HRM方法检测RFP和INH耐药基因位点情况,分析HRM的敏感性和特异性。结果:218株结核分枝杆菌药敏试验结果显示,有106株(48.6%)对RFP耐药,100株(45.9%)对INH耐药,81株(37.4%)对RFP和INH均耐药。测序发现,101株(46.3%)存在RFP耐药基因的突变,107株(49.1%)存在INH耐药基因的突变。HRM检测结果显示,100株(45.9%)存在RFP耐药基因的突变,103株(47.2%)存在INH耐药基因的突变。分别以药敏试验和测序结果为标准,HRM检测RFP耐药的敏感性为94.3%(100/106)和99.0%(100/101);特异性为97.3%(109/112)和100%(117/117);INH耐药的敏感性为97.0%(97/100)和98.1%(103/105);特异性为97.3%(109/112)和100%(113/113)。结论:HRM快速检测结核分枝杆菌耐药具有较高的特异性和灵敏度,能够满足临床需求。
简介:摘要目的探讨高分辨率熔解曲线(HRM)用于RhCE血型基因分型的可行性。方法随机选取无输血史患者300例,进行RhCE血型血清学表型分型,从中选出表型为CCee,CcEe,ccEE的患者标本各10例,共30例;表型CCee的为1组,表型CcEe的为2组,表型ccEE的为3组,互为对照组,提取基因组DNA,设计引物3对,利用HRM基因分型方法对RhCE血型进行基因分型实验。结果30例标本的HRM基因分型结果与血清学表型一致,引物对1的HRM可将各组标本中基因型为CC的检出;引物对2的HRM可将各组标本中CC,Cc,cc基因型全部检出;引物对3的HRM可将各组标本中基因型为Ee的检出;在检测过HRM的引物对3实验产物中加入1组单纯PCR扩增产物后再次行HRM检测,可将各组标本中EE,Ee,ee基因型全部检出。结论高分辨率溶解曲线可用于RhCE血型基因分型。
简介:目的探讨高分辨熔解曲线分析方法(HRM)检测β-地中海贫血纯合突变的有效性。方法应用HRM方法对中国最常见的4种β-地中海贫血(4个IVS-Ⅱ-654即HBB:c.316-197C>T,3个Codons41/42即HBB:c.126129delCTTT,1个Codon17即HBB:c.52A>T和4个-28即HBB:c.-78A>G)纯合突变进行检测,通过直接检测和与野生型标本混合后再检测2种方法检测。结果HRM方法可以检测出中国常见的4种β-地中海贫血纯合突变。结论HRM方法可以对中国常见的4种β-地中海贫血纯合突变进行检测,在产前诊断上有很好的应用前景。
简介:摘要目的探讨PCR-高分辨熔解曲线(HRM)法在Kidd血型基因分型中的应用。方法采用简单随机抽样法,选择2019年10月至11月,于深圳市血液中心参加无偿献血的256例献血者为研究对象。本组献血者年龄为18~60岁;男性献血者为142例,女性为114例。采用血型血清学试验方法对本组献血者全血标本的红细胞抗原表型进行检测。采用PCR-SSP和PCR-HRM法对本组献血者的DNA标本进行Kidd血型基因分型。对于基因分型与血型血清学检测结果不一致的标本,则通过JK基因第9外显子直接测序法进行确认。本研究遵循的程序符合2013年修订版《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求,并且于献血前与所有献血者签署《献血者知情同意书》。结果①本组256例无偿献血者全血标本的血型血清学检测结果显示,Jk(a-b+)、Jk(a+b+)和Jk(a+b-)表型献血者分别为86、109和61例。②本组256例献血者基因组DNA标本的PCR-SSP和PCR-HRM法的Kidd血型基因分型结果一致,JKB/JKB、JKA/JKB和JKA/JKA基因型献血者分别为82、115和59例。③ 22例(8.6%,22/256)献血者的血型血清学表型与基因分型结果不一致。其基因组DNA标本经JK基因第9外显子直接测序结果显示,JK基因第9外显子存在c.838 G>A突变,与JKA/JKB基因分型结果相符。结论本研究建立的PCR-HRM法可准确进行Kidd血型基因分型,该方法可以有效地辅助Kidd血型精准鉴定。在进行Kidd血型鉴定的实际工作中,可联合血型血清学和PCR-HRM法,以提高Kidd血型鉴定准确度。
简介:摘要目的为探讨相似序列高分辨熔解曲线(SD-HRM)技术在21三体、18三体和13三体产前诊断中的临床应用价值。方法于2014年9月至2016年8月从南京市妇幼保健院、浙江大学附属妇产科医院、四川大学华西第二医院/华西妇产儿童医院和厦门市妇幼保健院共采集1 152例进行产前诊断孕妇的羊水细胞,同时采用SD-HRM技术和染色体核型分析技术进行平行检测,计算SD-HRM技术的敏感度、特异度,并分析两项技术检测结果的一致性,计算Kappa值。结果1 152例孕妇经SD-HRM技术检测出21三体161例,18三体60例,13三体5例,敏感度和特异度均为100%,与染色体核型分析结果一致(Kappa=1)。结论在常见染色体三体的产前诊断中,SD-HRM技术与染色体核型分析的准确率相当,作为快速产前诊断的一种新方法具有较好的应用前景。
简介:摘要目的建立多重荧光PCR-熔解曲线法,并评价其同时检测假丝酵母菌、曲霉菌及新型隐球菌的诊断价值。方法建立多重荧光PCR-熔解曲线法并对其检测体系进行优化。收集临床高度怀疑为侵袭性真菌感染(IFI)的各类临床样本179例,其中血液65例、深部痰液35例、尿液30例、脑脊液18例、胸腹水12例、肺泡灌洗液10例、新鲜肺组织9例。通过敏感性、特异性、重复性实验验证多重荧光PCR-熔解曲线法的检测性能,并应用受试者工作特征(ROC)曲线评价该方法的诊断效能。结果建立的多重荧光PCR-熔解曲线法可同时检测8种常见病原真菌,包括4种假丝酵母菌(白假丝酵母菌、热带假丝酵母菌、光滑假丝酵母菌、克柔假丝酵母菌)、3种曲霉菌(烟曲霉、黄曲霉、黑曲霉)和新型隐球菌。其最低检测限为1 × 104 cfu/mL,且常见细菌无扩增反应,重复性实验解链温度波动小于0.5 ℃。179例临床样本中,以培养法、镜检法、病理诊断等"金标准"方法诊断IFI阳性为112例,多重荧光PCR-熔解曲线法检测阳性为96例。多重荧光PCR-熔解曲线法同时检测假丝酵母菌、曲霉菌及新型隐球菌的敏感度为0.857,特异度为0.970,阳性预测值为0.980,阴性预测值为0.802,ROC曲线下面积为0.914,95%置信区间为0.868 ~ 0.959,P < 0.001。结论本研究建立的多重荧光PCR-熔解曲线法可快速、准确、高通量同时检测假丝酵母菌、曲霉菌及新型隐球菌,对于IFI的早期诊断具有重要意义。
简介:摘要目的比较多重荧光PCR-熔解曲线法与病理诊断法检测福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)肺组织样本中病原真菌的价值。方法选择2014—2019年本院病理科病原真菌阳性患者的42份肺组织样本(念珠菌8份、曲霉菌23份、隐球菌11份)作为阳性组,病原真菌阴性的肺组织样本50份作为阴性组,均进行多重荧光PCR-熔解曲线法检测,并应用配对χ2检验和Kappa值对两种方法的检测结果进行比较。结果阳性组42份样本多重荧光PCR-熔解曲线法检出23份阳性,并可分辨至种水平,其中念珠菌4份(白色念珠菌2份、热带念珠菌1份、克柔念珠菌1份)、曲霉菌13份(烟曲霉11份、黄曲霉2份)、新型隐球菌6份。阴性组50份样本多重荧光PCR-熔解曲线法检测均阴性。Kappa值0.568,以病理诊断法为"金标准",多重荧光PCR-熔解曲线法检测病原真菌的灵敏度为54.8%(23/42)、特异性为100.0%(50/50)。结论多重荧光PCR-熔解曲线法检测FFPE样本中病原真菌的灵敏度不高,但可以将病原真菌鉴定至种,是病理诊断法的补充。
简介:摘要:目的:探讨实时荧光定量 PCR 熔解曲线法检测,在结核性包裹性胸膜炎手术患者中的应用,术中取干酪物送检,行实时荧光定量 PCR 熔解曲线法耐药检测和结核菌快培 960 培养加药敏,对比两者的符合率。方法:选取我院 2018 年 1 月至 2019 年 12 月,我院收治的 130 例结核性包裹性胸膜炎手术患者,行胸腔镜纤维板剥脱术,术中取干酪物送检实时荧光定量 PCR 熔解曲线法耐药检测,结核菌快培 960 培养加药敏,以及病理检测,术后病理回报符合结核性胸膜炎病理改变。结果:结核性包裹性胸膜炎患者行胸腔镜纤维板剥脱术,术中取干酪物送检实时荧光定量 PCR 溶解曲线法检测,阳性患者 81 例占 62% 耐药患者 14 例占 10% ,结核菌快培 960 培养结核菌加药敏培养阳性 62 例占 48% ,耐药 18 例占 14% 。实时荧光定量 PCR 熔解曲线法检测与结核菌快培 960 培养结核菌加药敏培养符合率达 96% 。结论: 结核性包裹性胸膜炎患者行胸腔镜纤维板剥脱术,术中取干酪物送检实时荧光定量 PCR 溶解曲线法检测耐药,根据检测结果指导术后用药,具有重要意义。
简介:摘要:晶圆测试是半导体封测的生产的重要环节。晶圆测试中,探针与其对应测试垫的位置对准非常关键。但该技术在准确性和效率方面仍有不足。尽管探针痕迹自动检测技术逐渐成熟,但利用探针痕迹对针位进行修正的主流方法仍为手动或者半自动,导致自动生产过程中断。随着图像处理水平的提高,从针痕自动检测时采集的图片中,可以快速准确的提取针痕和测试垫的几何信息,进而利用刚体运动模型和最小二乘拟合计算出最优修正参数。应用该方法于探针测试控制系统,开发出新型探针与测试垫对准修正系统。该系统部署在服务器端,通过网络与探针机通信,使图像采集、信息处理、修正控制全部自动化、标准化,提高了准确性和生产效率。 关键词:探针对准;探针痕迹处理;刚体运动;最小二乘 一、简介 晶圆测试工序是芯片封测流程的重要步骤,主要是对晶圆上的裸晶颗粒进行电性测试,筛选出良品送入后续封装环节。进行电性测试,需要通过大量探针连接测试资源和待测裸晶颗粒,每颗探针都需要准确可靠的接触裸晶颗粒上的对应金属测试垫。不良接触严重影响测试效果,甚至,探针接触到测试垫有效区域外面,产生结构缺陷,如裂纹,影响芯片可靠性。尤其近年来芯片集成度不断提高,边长40微米的方形测试垫越来越多的出现在产品中,对探针和测试垫的对准要求越来越高。而且,基于成本的考虑,测试并行度也在提升,同时测试上百个产品的测试方案越来越多,原有的对准方法在原理、速度方面不再适用。 通常,每个生产批次开始前,探针机要进行探针和测试垫的对准,之后进行探针与测试垫的试接触。会在测试垫金属表面留下探针痕迹,它反应了接触状况,影响测试效果和质量。因此,试接触后,要进行探针痕迹检查。对准是通过相机获取针尖和测试垫的位置信息计算的,针尖状态、探针滑动情况、对准系统误差等因素会影响对准效果。另外,提取针尖信息需要频繁对焦,速度较慢,限制了参与对准计算的针尖测试垫对的数量。因此,利用探针痕迹和测试垫的几何位置进行对准更加直接。 探针设备不断进步,可以在自动检测探针痕迹的同时,通过网络将相应图片传送到服务器。服务器上运行的离线对准系统对图片进行分析,识别探针痕迹和测试垫,提取其几何信息【1】,利用刚体运动模型和最小二乘拟合方法在探针机承载台平面内进行对准计算,产生沿承载台X、Y和θ轴的修正参数【2】。再远程控制探针机进行位置修正,改善接触情况。对于高并行度测试,由于探针众多,需要处理大量针痕图片。在服务器端,利用人工智能技术和并行计算,可以大幅提高图像处理速度和准确性,减少延迟。且通过并行处理,使探针设备的运行不受影响,同时进行生产测试。该独立运行于服务器的对准系统可以直接接入探针机测试机系统,也可以通过其它控制系统接入测试系统。 二、传统探针对准方法及系统 晶圆测试阶段,晶片未切割封装,需要通过探针连接裸晶颗粒上的金属测试垫和测试资源,进行电性测试。测试开始前,探针台对探针和金属测试垫进行位置对准,修正X、Y、Z和θ轴的运动参数,减小平移和旋转误差,确保良好的接触效果。测试过程中,探针机承载台将晶圆运至探针卡下并升起,使测试垫与探针针尖接触。在接触处会留下探针痕迹。 如图1所示,传统对准方法包括三个步骤:自动探针对准,自动晶圆对准和手动修正。探针对准时,探针机相机依次移动到待测针尖处,测量针尖位置。由于该测量需要在Z轴方向上通过多次聚焦搜寻针尖准确位置,较耗时,每根探针平均需要2秒。因此,尽管探针卡针数不断增加,但是由于时间成本,通常只选择少数探针进行对准。当然抽样量小会产生较大的误差,尤其是某些针尖磨损或位置偏移时。晶圆对准时,探针台通过相机获取探针对准中所选探针的对应测试垫的位置信息。探针机利用这些针尖和测试垫的位置信息,进行拟合计算并初步设定探针机载物台运动参数,并按照该参数进行试接触。 试接触时,常出现误对准情况,即在X轴、Y轴或θ轴上存在较大误差。严重时导致针痕在测试垫上的位置显著偏移,超过测试垫边缘,产生质量风险,此类芯片视为废品(MIL-STD-883)。该问题更多是由θ轴的转动误差造成,而非X轴或Y轴的移动误差。这是因为转动误差依三角关系沿晶片直径转化为X和Y向误差并放大。常见现象是沿一方向各裸晶颗粒上的针痕偏移程度逐渐严重。即使没有显著的误差,针痕位置也会在几个微米的范围内波动。再考虑针痕尺寸通常大于10微米,对于如今常见的40微米的方形测试垫,挑战严峻。因此,如何使针痕尽量靠近测试垫中心而远离其边缘非常重要。这对于安装数千甚至数万根探针的针卡,极具挑战,需要巧妙的算法和强悍的算力。但目前仍然需要操作人员手动修正。 手动修正是为了削减探针台自动对准误差,尽量使所有针痕接近理想位置。如图1虚线框内所示,包括试接触、目检和调整三个步骤。首先通过试接触产生针痕,以反映当前对准情况。然后观察针痕并依经验判断误差情况。接着对X、Y和θ轴误差进行手动修正。再循环进行试接触、目检、修正,直到针痕位置比较理想,结束手动修正,继续生产。该步骤需要操作人员手动操作、人为判断,非常耗时。对于针数较多的产品,人为判断常不理想,尤其θ轴误差常需调整,占时超过5%。考虑大量针痕的情况并做出判断,直觉和经验不够准确,需要自动的、定量的计算解决该问题。 三、新型探针对准方法及系统 传统探针和测试垫位置对准存在两大问题,一是探针对准步骤虽然是自动化的,但由于在Z轴上频繁对焦而耗时,只能抽样少量探针,而Z向误差较大。二是手动修正步骤耗时且不够准确,对X、Y和θ上的误差的修正不理想。对于问题一,已有电学接触方法来快速准确的对Z轴参数进行修正。因此对问题二,需找到新方法来解决X、Y和θ轴参数修正问题。随着技术发展,探针机自动目检功能逐渐成熟,大量包括针痕和测试垫的清晰图片可以在自动目检运行的同时从探针机相机发送到服务器,延时很短,不会对生产过程和效率产生影响。这些图片包含着进行X、Y和θ轴对准修正的完整信息。而且,生产中针尖常常变形或者被污染,针尖图像噪声大于针痕图像。利用这些几何信息可以分析出如何调整,但需要大量运算。因此,在新对准系统中, 利用服务器进行该计算,可以减少探针机系统负载。这样,在自动针痕检查时,探针机将图片和相关信息发送到服务器,并通知服务器开始运行新型对准修正系统。 图1 传统与新型探针对准流程
简介:目的:建立高分辨率熔解(HRM)曲线检测ABO血型基因526位点单核苷酸多态性(SNP)的方法。方法随机提取35例待检血型标本的DNA,运用HRM曲线检测ABO血型基因526位点的SNP,通过PCR‐DNA测序以及血型血清学试验验证HRM检测结果的准确性。结果35例血型标本中,共检出526位点杂合子13例,纯合子22例。经测序分析和血清学试验验证13例G/C杂合中B型8例、AB型5例,22例CC纯合子中A型10例,O型12例。HRM法检测结果与测序结果及血清学结果相符。结论HRM法是一种低成本、简便、准确的SNP检测技术,有望成为临床ABO血型基因分型的新方法。