简介:环状RNA(circularRNAs,circRNAs)是一种新型的内源性非编码RNA,与其他线性RNA不同,它形成共价闭合连续的环形结构,在真核生物的转录组中占有很大的比例。这些circRNAs主要来源于内含子或者外显子,通过反向拼接或套索内含子方式产生。近来研究发现,circRNAs在细胞质中富集,具有保守性和相对稳定性,这些特性赋予了circRNAs许多潜在的功能,例如充当微小RNA(miRNA)海绵,结合RNA相关的蛋白质,形成RNA蛋白复合体从而调节基因的转录。有证据表明circRNAs在消化道肿瘤中可能发挥重要的作用并且能够作为某些疾病的诊断性或预测性生物标记物。本文结合国内外的最新研究报道,对circRNAs在消化道肿瘤中的研究进展作一综述,以期为消化系统肿瘤预测、诊断和治疗提供新的思路。
简介:茶树是重要的叶用经济作物,但是茶树每年都要开花结实,消耗大量的养分,导致茶树鲜叶产量减少和品质降低。雌蕊缺失茶树资源是天然的不结实茶树品种。采用IlluminaHiSeqTM2500高通量测序技术,对雌蕊缺失茶树花花芽、花蕾、花进行转录组分析。经组装获得237484条Transcripts,取最长Transcripts作为Unigene,有182123条,将获得的Unigene与Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG、GO等七种数据库进行注释,有22049条Unigene被注释上26种KOG分类,注释到KEGG的Unigene条数为21315,涉及的pathway有130条。此外,发掘出与花器官形态建成的ABCDE模型的功能基因31个,这些注释信息的完成为茶树花器官发育基因及性别决定相关基因的发掘提供了重要依据。
简介:在一项新的研究中。来自英国利兹大学的研究人员发现一种方法阻止疱疹病毒劫持宿主细胞中该病毒进行复制和导致疾病所需的重要通路。相关研究结果在线发表在NatureMicrobiology期刊上。论文共同通信作者为来自利兹大学阿斯特伯里结构分子生物学中心的AdrianWhitehouse教授和RichardFoster博士。Whitehouse教授说,“我们已花了数年时间证实在所有疱疹病毒中发现的一种蛋白招募宿主细胞中的一种被称作人TREX的蛋白复合体来协助稳定化和运输细胞核外的疱疹病毒RNA,这样它们能够表达为病毒蛋白。”“如今我们鉴定出一种能够破坏这种至关重要的病毒一宿主细胞相互作用的化合物,从而阻止疱疹病毒复制和产生传染性的病毒颗粒。”
简介:目的探索构建针对人类核转运蛋白2(KPNA2)基因的重组慢病毒干扰RNA(shRNA)载体的方法,研究其对人骨肉瘤细胞株MG63的沉默效率。方法针对KPNA2基因设计小片段干扰序列。加入AgeⅠ酶和EcoRⅠ酶酶切位点,根据设计好的序列合成单链DNAoligo并退火合成双链DNAoligo。将合成好的双链DNAoligo与GV115载体重组,形成GV115-shRNA慢病毒载体。聚合酶链式反应(PCR)法鉴定筛选出阳性重组子,经测序后包装慢病毒载体。荧光法测定病毒滴度,重组慢病毒感染骨肉瘤细胞株MG63,通过显微镜观察细胞中绿色荧光蛋白(GFP)的表达来计算其转染效率。RT-PCR法检测重组慢病毒RNA干扰载体对人骨肉瘤细胞株MG63中KPNA2表达的沉默效率。实验结果数据以均数±标准差(sx±)表示,应用SPSS13.0统计软件分析,两组均数间的比较采用t检验,以P<0.05为差异有统计意义。结果经PCR分析和测序证实,成功构建KPNA2基因重组慢病毒RNA干扰载体;荧光法测定病毒滴度为4×108TU/ml;荧光显微镜下观察GFP,显示细胞感染效率达到80%以上;RT-PCR检测对照组及实验组KPNA2mRNA表达分别为0.991±0.087vs.0.216±0.012,差异有统计学意义(P<0.01)。结论KPNA2基因重组慢病毒RNA干扰载体构建成功,并有效干扰人骨肉瘤细胞株MG63中KPNA2mRNA的表达。
简介:摘要肿瘤细胞所处的微环境对于肿瘤的生长、侵袭等行为具有重要的决定性作用,其有别于正常组织细胞所处的微环境。而目前关于胃癌的微环境研究较为清楚的有缺氧、酸中毒、间质高压以及一些蛋白酶的表达,这些微环境都对胃癌的发生、发展、侵袭、转移起着重要的作用。长链非编码RNA是一类长度大于200nt,缺少开放读码框(OpenReadingFrame,ORF)非编码的RNA分子。目前已有相关研究表明,长链非编码RNA对于胃癌的生长、发展、侵袭、转移起着重要的作用。而长链非编码RNA与胃癌微环境之间也具有千丝万缕的联系,因此本文即对长链非编码RNA对胃癌微环境的作用作一综述。
简介:[目的]蜡蚧轮枝菌是一种防治植物病原物和害虫的生防菌,弄清其致病的分子基础具有重要的意义。[方法]利用IlluminaHiSeq技术测序蜡蚧轮枝菌的cDNA文库,并进行RNA-Seq序列拼接和功能注释。[结果]共获得1634670条高品质reads,碱基GC含量48.50%。14856条Unigene经组装拼接后,在Nr、Swiss-Prot、COG和KEGG数据库中分别比对得到1467、9379、6518和4188条Unigenes。采用GO分类工具将21403条Unigenes分成24个功能组,主要包含在细胞组成(1369)、分子功能(1679)和生物学过程(1928)3个大类里,在COG数据库注释的基础上,把6518条Unigenes分成38个功能组,通过GO和COG丰度识别分类,聚类的主要是一般功能预测、次生代谢产物的合成、运输和分解代谢以及信号转导机制起作用的独立基因。能与KEGG路径匹配的108条Unigenes中大部分和新陈代谢途径及次生代谢产物的合成有关。[结论]这些结果将有助于找寻蜡蚧轮枝菌的致病因子,从而丰富其致病机理。
简介:目的初步探究长链非编码RNA(lncRNA)对牙本质基质蛋白1(DMP1)基因表达的调控机制。方法在MC3T3-E1细胞中,运用Westernblot以及实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)实验观察lncRNA32865与DMP1的变化趋势。构建含有荧光素酶报告基因的DMP1启动子载体,并与lncRNA过表达质粒、si-lncRNA32865分别共转染后,观察DMP1启动子活性以及lncRNA32865对其的影响。数据进行统计学处理,以P〈0.05为差异具有统计学意义。结果Westernblot以及实时荧光定量PCR实验结果显示,在MC3T3-E1细胞中过表达lncRNA32865时,DMP1基因表达量(0.236±0.022)较对照组降低(t=59.816,P〈0.001),抑制lncRNA32865时,DMP1基因表达量(1.994±0.133)较对照组升高(t=-12.989,P=0.006)。荧光素酶报告基因检测表明DMP1启动子有活性(t=-77.360,P〈0.001)。与转染DMP1启动子处理组(6.018±0.105)比较,DMP1启动子质粒与lncRNA32865过表达质粒共转染组荧光强度(3.877±0.120)显著降低(t=50.713,P〈0.001),而DMP1启动子质粒与si-lncRNA32865共转染组荧光强度(17.296±0.674)显著增加(t=-26.612,P=0.001)。结论初步证明lncRNA32865与DMP1表达趋势相反,lncRNA32865通过与DMP1基因的启动子区相互作用,以此调控DMP1的基因表达。