简介:高通量测序技术速度快、成本低、通量高,广泛应用于miRNA领域研究。本研究基于高通量测序技术所产生的海量小RNA数据,结合已有的数据分析软件,开发了一套快速高效一键化的miRNA分析流程。该流程整合多个生物信息学数据分析软件,对多个miRNA高通量测序数据集进行标记、整合和去冗余分析,只需运行一次核心程序就可以实现对多个miRNA高通量测序数据的分析,避免每个样本单独数据分析的技术重复,精简后的数据集能大幅度减少软件计算量,显著提高软件运行效率。本研究利用快速高效miRNA分析流程分析黄颡鱼性腺XX卵巢、XY精巢、YY精巢的miRNA高通量测序数据,获得一批准确的黄颡鱼保守miRNA。在相同参数设置下,miRNA分析流程可以显著节约分析时间。该流程最终输出结果为多样本整合后的miRNA表达数据,便于研究者直接进行样本之间的比较和miRNA的表达差异,减少研究者手动整合分析结果的操作步骤。miRNA分析流程针对多样本miRNA测序数据具有明显的优势,样本越多测序量越大,软件运行效率越高。针对日益积累的海量小RNA测序数据,miRNA分析流程高效快速一键化数据处理优势将会越来越明显。
简介:利用233个微卫星标记检测镜鲤(CyprinuscarpioL.)一个家系的107尾个体的基因型,采用GLM方法对肌肉脂肪含量和蛋白质含量4种经济性状进行单标记回归分析。Permutation检验结果显示:有17个标记分别与肌肉脂肪和蛋白质含量具有显著相关性(P〈0.05),其中,有4个标记(HLJ030、HLJ2560、HLJ3633,和HLJ3554)与肌肉蛋白质含量呈极显著相关(P〈0.01),表明这些标记与性状间可能存在连锁关系。对同一标记不同基因型之间进行了多重比较,找到了与这两种性状相关的优势基因型,为鲤的肌肉品质性状选育提供了有效的依据。
简介:苏南地区位于长江下游的长三角经济地带,是我国经济快速发展和城市化快速推进的地区,城乡居民特别是城市居民对水产品数量的需求越来越大,质量的要求也越来越高,这对苏南水产业的发展提供了巨大的机遇。现以武进为例。武进是江苏常州市的一个行政区,地处苏南中部。20世纪90年代以来,农业生产结构调整取得了巨大的成就,形成了特色鲜明的花木、水产和果茶三大类商品性农产品,农业生产总体水平居全国前列,全区农村人均纯收入2004年达7076元,农业产业化开发投入超过1.5亿元。在积极推进现代农业产业发展过程中,武进农业需要有效地融入常州和长三角现代农业产业体系,形成自身的优势和特色,提升产业发展的水平。
简介:本文采用磁珠富集法筛选新疆扁吻鱼(AspiorhynchuslaticepsDay)的微卫星分子标记,获得13个位点,同时随机抽取1000对鲤引物检测扁吻鱼同源位点的多态性,获得具多态性位点18对。应用31对引物对扁吻鱼与塔里木裂腹鱼(Schizthoraxbiddulphi)进行遗传多样性分析,共检测到110个等位基因,每个位点的等位基因数为2~6个,扁吻鱼群体平均多态信息含量为0.5353,平均观测杂合度为0.5306,平均期望杂合度为0.6057。表明扁吻鱼群体多态性较高,遗传多样性处于中等偏上水平。群体间遗传距离为0.4763,遗传相似系数为0.6211,表明两个群体为同科不同属的群体。