简介：唯一的肽(杯)的一个概念被建议并且实现了从双人脚踏车团spectrometry(MS/MS)识别整个房间的蛋白质离子系列。唯一的肽被定义为肽，不管它的长度，那仅仅在兴趣的proteome的一蛋白质存在，尽管这肽可以在一样的蛋白质非常出现一次。集成杯，一个二拍子的圆舞整个房间的蛋白质鉴定策略被开发进一步增加识别蛋白质的信心。包括吉祥物和SEQUEST包含Saccharomycescerevisiae和蛋白质鉴定工具的40,243个MS/MS离子系列的数据集被用来说明建议概念和策略。没有实现杯，SEQUEST识别的蛋白质是吉祥物识别的那些的2.26褶层。当杯被使用时，忍受唯一的肽的蛋白质由SEQUEST鉴别那些的3.89褶层被吉祥物识别。由跨comparing识别蛋白质的二个集合，仅仅从杯导出的89普通蛋白质被发现。在识别蛋白质之间的关键差异从每个蛋白质鉴定工具采用的filterng标准被结果。根据杯和蛋白质鉴定工具认出的蛋白质的公共分类的肽的起源，所有识别蛋白质是跨compared，导致拥有分配信心的不同层次的四组蛋白质。

简介：Domaindatabaseisessentialfordomainpropertyresearch.Eliminatingredundantinformationindatabasequeryisveryimportantfordatabasequality.Herewereportthemanualconstructionofanon-redundanthumanSH2domaindatabase.Thereare119humanSH2domainsin110SH2-containingproteins.HumanSH2swerealignedwithClustalX,andahomologoustreewasgenerated.Inthistree,proteinswithsimilarknownfunctionwereclassifiedintothesamegroup.Someproteinsinthesamegrouphavebeenreportedtohavesimilarbindingmotifsexperimentally.Thetreemightprovidecluesaboutpossiblefunctionsofhypotheticalproteinsforfurtherexperimentalverification.

简介：Copperandironplayimportantrolesinavarietyofbiologicalprocesses,especiallywhenbeingchelatedwithproteins.Theproteinsinvolvedinthemetalbinding,transportingandmetabolismhavearousedmuchinterest.Tofacilitatethestudyonthistopic,weconstructedtwodatabases(DCCPandDICP)containingtheknowncopper-andiron-chelatingproteins,whicharefreelyavailablefromthewebsitehttp:∥sdbi.sdut.edu.cn/en.Userscanconvenientlysearchandbrowsealloftheentriesinthedatabases.Basedonthetwodatabases,bioinformaticanalyseswereperformed,whichprovidedsomenovelinsightsintometalloproteins.

简介：吉本斯们在进化期间经历了广泛的karyotype重新整理并且为学习进化chromosomal重新整理的内在的分子的机制代表一个理想的模型。克隆和进化chromosomal断点的顺序描述将提供重要卓见进驾驶了如此的激进的karyotype的分子的力量，这被期望在长臂猿改组。我们构造了并且描绘非包含192,000的白脸颊的长臂猿(Nomascusleucogenys)的一个高质量的fosmid图书馆--有38kb和2.5褶层染色体范围的一种平均insert尺寸的冗余的克隆。到100随机选择的fosmid克隆定序的结束，我们为图书馆产生了196个顺序标签。这些定序结束的fosmid克隆然后被荧光在situ杂交印射到白脸颊的长臂猿的染色体上，并且没有假妄想的克隆被检测。对人的染色体的强风搜索显示出在点击克隆的数字和染色体的数字之间的好关联，fosmid图书馆的不偏的chromosomal分发的一个指示。印射的克隆的chromosomal分发与对人、白脸颊的长臂猿染色体的BLAST搜索结果也一致。fosmid图书馆和印射的克隆愿望在更小的无尾猿为进一步学习长臂猿的chromosomal重新整理和内在的分子的机制以及为比较genomic学习用作一个珍贵资源。

简介：WedescribetheGALT-Protdatabaseanditsrelatedweb-basedapplicationthathavebeendevelopedtocollectinformationaboutthestructuralandfunctionaleffectsofmutationsonthehumanenzymegalactose-1-phosphateuridyltransferase(GALT)involvedinthegeneticdiseasenamedgalactosemiatypeI.Besidesalistofmissensemutationsatgeneandproteinsequencelevels,GALT-ProtreportstheanalysisresultsofmutantGALTstructures.Inadditiontothestructuralinformationaboutthewild-typeenzyme,thedatabasealsoincludesstructuresofover100singlepointmutantssimulatedbymeansofacomputationalprocedure,andtheanalysistoeachmutantwasmadewithseveralbioinformaticsprogramsinordertoinvestigatetheeffectofthemutations.Theweb-basedinterfaceallowsqueryingofthedatabase,andseverallinksarealsoprovidedinordertoguaranteeahighintegrationwithotherresourcesalreadypresentontheweb.Moreover,thearchitectureofthedatabaseandthewebapplicationisflexibleandcanbeeasilyadaptedtostoredatarelatedtootherproteinswithpointmutations.GALT-Protisfreelyavailableathttp://bioinformatica.isa.cnr.it/GALT/.