简介:Circulargenomes,beingthelargestproportionofsequencedgenomes,playanimportantroleingenomeanalysis.However,traditional2Dcircularmaponlyprovidesanoverviewandannotationsofgenomebutdoesnotofferfeature-basedcomparison.Forremedyingtheseshortcomings,wedeveloped3DGenomeTuner,ahybridofcircularmapandcomparativemaptools.Itscapabilityofviewingcomparisonsbetweenmultiplecircularmapsina3Dspaceoffersgreatbenefitstothestudyofcomparativegenomics.Theprogramisfreelyavailable(underanLGPLlicence)athttp://sourceforge.net/projects/dgenometuner.
简介:Ithasbeenshownthattheprogressinthedeterminationofmembraneproteinstructuregrowsexponentially,withapproximatelythesamegrowthrateasthatofthewater-solubleproteins.Inordertoinvestigatetheeffectofthis,ontheperformanceofpredictionalgorithmsforbothα-helicalandβ-barrelmembraneproteins,weconductedaprospectivestudybasedonhistoricalrecords.WetrainedseparatehiddenMarkovmodelswithdifferentsizedtrainingsetsandevaluatedtheirperformanceontopologypredictionforthetwoclassesoftransmembraneproteins.Weshowthattheexistingtop-scoringalgorithmsforpredictingthetransmembranesegmentsofα-helicalmembraneproteinsperformslightlybetterthanthatofβ-barreloutermembraneproteinsinallmeasuresofaccuracy.Withthesamerationale,ameta-analysisoftheperformanceofthesecondarystructurepredictionalgorithmsindicatesthatexistingalgorithmictechniquescannotbefurtherimprovedbyjustaddingmorenon-homologoussequencestothetrainingsets.Theupperlimitforsecondarystructurepredictionisestimatedtobenomorethan70%and80%ofcorrectlypredictedresiduesforsinglesequencebasedmethodsandmultiplesequencebasedones,respectively.Therefore,weshouldconcentrateoureffortsonutilizingnewtechniquesforthedevelopmentofevenbetterscoringpredictors.
简介:在植物昆虫相互作用的偏爱表演关系是在进化生态学的一个中央主题。在许多昆虫之中,鸡蛋是脆弱的,幼虫限制了活动性,使一个适当oviposition地点的选择成为为女性的最重要的决定之一。我们由人工地为2个自然资源,葡萄和植物的一种为偏爱选择在果蝇melanogasterMeigen和果蝇simulansSturtevant调查了oviposition偏爱的进化。我们的学习的主要发现是D的微分回答。melanogaster和D。simulans。尽管偏爱在D的试验性的人口演变。melanogaster,回答不与政体使用了的选择一致。相反,在D的回答。simulans与期望一致,证明这种有为特点的可选的基因变化。而且,在D之间交叉。simulans分叉的线证明涉及葡萄偏爱的基因因素看起来大部分后退。在摘要,我们的人工的选择学习建议那D。melanogaster和D。simulans为这个特点拥有不同基因体系结构。
简介:以便获得米饭幼仔圆锥花序proteome的高分辨率的electrophorogram,我们评估了通常使用在的各种各样的协议二维(2D)蛋白质的polyacrylamide胶化电气泳动(页)包括染色协议的胶化,使不能调动的pH坡度(IPG)的pH范围脱衣并且样品装载数量。结果证明染色协议使用的银敏化包含冰川的醋酸,钠醋酸盐和钠thiosulfate的答案(在1988由Heukeshoven和Dernick报导了)并且染色方法使用答案包含的Coomassie灿烂的蓝色G-250,铵硫酸盐和磷的酸(在2010由粉红色的等报导了)表明了优异染色效果。另外,当有5-8的pH范围的IPG胶化长带被使用时,我们也与4-7的pH范围证明更高的分辨率被完成,与那相比。最后,最佳的装载数量作为与染色协议的银硝酸盐在联合与pH5-8使用17厘米长的非线性的IPG长带的130g被决定。评估结果将在年轻米饭颖果的proteome分析是有用的。
简介:CellsregulatephospholipaseD(PLD)activityinresponsetonumerousextracellularsignals.Here,weinvestigatedtheinvolvementofPLDactivityintransforminggrowthfactor-β(TGF-β1)-mediatedgrowthinhibitionofepithelialcells.TGF-β1)-mediatedgrowthinhibitionofepithelialcells.TGF-β1inhibitsthegrowthofMDCK,Mv1Lu,andA-549cells.Inthepresenceof0.4%butanol,TGF-β1inducesanincreaseintheformationofphosphatidylbutanol,auniqueproductcatalyzedbyPLD.TGF-β1alsoinducesanincreaseinphosphatidicacid(PA)levelinA-549andMDCKcells.TGF-β1inducesanincreaseinthelevelsofDAGlabeledwith[^3H]-myristicacidinA-549andMDCKcellsbutnotinMv1Lucells.NoincreaseofDAGwasobservedincellsprelabeledwith[^3H]-arachidonicacid.ThedatapresentedsuggestthatPLDactivationisinvolvedintheTGF-β1-inducedcellgrowthinhibition.
简介:水稻在抽穗开花期对高温胁迫非常敏感,通过挖掘耐热资源,培育耐热水稻品种是应对高温热害最有效的方式。前期研究发现,地方稻资源D43在花期连续高温条件下能保持较高的结实率。本研究在大田和人工气候室不同高温处理下,分析了D43的开花时间与耐热性之间的相互关系。结果表明,高温能够使水稻的开花时间提前,D43表现出稳定的早花时特性,高温胁迫下的开花时间集中在8∶30~10∶00;在开花时间段恒定高温胁迫下,D43的结实率较低;但在大田高温和人工气候室模拟高温胁迫下,D43的开花时间避开了日高温段,从而表现出较高的结实率;花器官形态性状包括花药开裂率、柱头上的花粉附着数、花粉萌发数与结实率之间呈显著正相关,因此可用于评价水稻的花期耐热性。
简介:目的探讨血浆(1—3)-β-D-葡聚糖对早期诊断深部真菌感染的临床价值。方法收集2009年3月-11月间在北京友谊医院感染科住院患者174例,根据侵袭性真菌感染诊断标准,将患者分为排除深部真菌组、确诊组、临床诊断组、拟诊组。应用MB-80微生物动态快速检测系统,检测各组患者血浆(1—3)-β—D-葡聚糖水平,分析比较深部真菌感染组和非深部真菌感染组血浆(1-3)-β-D-葡聚糖的水平。结果深部真菌感染组血清(1-3)-β-D-葡聚糖含量为(153.4±37.0)pg/mL,排除深部真菌感染组血清(1-3)-β—D-葡聚糖含量为(54.6±8.6)pg/mL,两组间有统计学差异(t=3.4,P〈0.01);分析血浆(1-3)-β-D-葡聚糖诊断深部真菌感染,以20pg/mL为诊断阈值,其准确率、敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值分别为70.1%、87.5%、61.9%、52.1%、91.2%。确诊病例、临床诊断病例、拟诊病例,3组间血清(1—3)-β-D-葡聚糖含量无统计学差异(P〉0.05)。结论深部真菌感染组的葡聚糖水平明显高于排除深部真菌感染组的葡聚糖水平,具有统计学意义。以20pg/mL为诊断阈值,其准确率、敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值分别为70.1%、87.5%、61.9%、52.1%、91.2%,可作为深部真菌感染的最佳诊断阈值。
简介:目的:观察舒芬太尼复合罗哌卡因硬膜外麻醉临床应用效果.方法:选取本院2014年5月~2015年5月收治的进行硬膜外麻醉的患者66例为研究对象,将其随机分为两组,对照组采取七氟醚进行麻醉,观察组采取舒芬太尼复合罗哌卡因进行麻醉,比较两组患者麻醉效果.结果:观察组患者在舒张压、收缩压以及心率情况的测量结果上显著优于对照组,差异有统计学意义(P〈0.05).观察组与对照组在麻醉后10分钟内疼痛程度差异无统计学意义(P〉0.05),两组在麻醉后10分钟到20分钟观察组疼痛程度明显低于对照组,差异显著,有统计学意义(P〈0.05).结论:舒芬太尼复合罗哌卡因用于硬膜外麻醉,有助于稳定患者的收缩压、舒张压以及心率水平,值得广泛推广使用.
简介:
简介:目的揭示宿主磷脂酶D(phospholipaseD,PLD)应对烟曲霉感染过程中的重要作用和可能机制。方法应用滴鼻方式使野生小鼠和磷脂酶D双基因敲除小鼠(pld1^-/-pld2^-/-)感染烟曲霉孢子后,取小鼠肺组织、抽取支气管肺泡灌洗液,应用组织匀桨与菌落计数的方法检测小鼠肺组织中烟曲霉负荷,采用eBioscience公司的多因子检测试剂盒检测肺泡灌洗液中炎症因子分泌情况;分离两种小鼠的骨髓细胞并诱导分化为成熟巨噬细胞(BMDM),制霉菌素法检测其吞噬和杀死烟曲霉孢子的能力。结果感染烟曲霉孢子6h后,pld1^-/-pld2^-/-小鼠肺部真菌负荷显著高于野生小鼠,其肺泡灌洗液和肺泡巨噬细胞中均存在大量孢子,肺泡灌洗液中炎症因子浓度显著升高;体外实验证明pld1^-/-pld2^-/-小鼠的BMDM细胞吞噬和杀死烟曲霉孢子的能力显著减弱。结论小鼠pld1基因和pld2基因同时敲除导致其巨噬细胞的吞噬和杀死烟曲霉孢子的能力显著减弱,进而可能降低小鼠抗烟曲霉感染的能力。同时机体可能通过分泌大量的炎症因子以招募其他免疫细胞杀灭烟曲霉孢子。
简介:目的:构建一种能结合钛表面的载药纳米粒及钛-载药纳米复合材料的组装和性质研究。方法:(1)多巴胺修饰的非离子表面活性剂多巴胺-泊洛沙姆188(Dop-Poloxamer188)的合成和检测;(2)Dop-Poloxamer188作为表面活性剂、PLGA作为油相基质,制备纳米粒及纳米粒载药和表征;(3)钛片的预处理及钛片与修饰后的纳米粒的结合;(4)纳米粒修饰后的钛表面的表征。结果:新合成的Dop-Poloxamer188在285nm左右有紫外吸收峰,说明多巴胺成功的修饰在Poloxamer188的两端;Dop-Poloxamer188能和PLGA制备出很好的纳米粒,平均粒径在110nm左右,PDI小于0.1;多巴胺修饰的纳米粒与钛片通过简单的浸渍过程结合后,通过水接触角、场发射扫面电镜(Fe-SEM)、荧光显微镜、X射线光电子能谱(XPS)等仪器检测都显示多巴胺修饰的纳米粒成功且牢固的修饰在钛片表面。结论:成功达到钛表面的载药纳米粒修饰的目的,为钛种植体的载药系统提供了新的思路和方法。