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  • 简介:摘要 目的:探究基因组DNA污染及乳腺癌单样本预测器(single sample predictor, SSP)在RNA-seq中鉴定Basal-like亚型乳腺癌的一致性与稳健性。方法:使用4种SSP联合3种数据校正方法,按比例随机去掉一定比例的非Basal-like亚型样本,并使用正态分布模拟基因组DNA对基因表达量的影响。结果:数据校正方法影响乳腺癌SSP鉴定Basal-like亚型的一致性(κ=0.733-0.964);乳腺癌SSP可以一致鉴定出Basal-like亚型(κ=0.846-0.958),对Basal-like亚型鉴定的稳健性高;基因组DNA污染对Basal-like亚型鉴定的一致性影响较小(κ=0.922-1)。结论:Basal-like亚型的鉴定具有高度的一致性与稳健性且受基因组DNA污染影响较小。

  • 标签: 基因组DNA污染 RNA-seq 乳腺癌分型 Basal-like亚型
  • 简介:[摘要] 目的:环状RNA(circular RNAs,circRNAs) 是一种新型的对基因表达进行精细调控的重要非编码RNA,本文总结了circRNAs在心血管疾病(cardiovascular disease,CVD)领域研究的前沿及经典文献,阐述了circRNAs与心血管疾病相关性的最新研究进展。方法:检索EMbase、Medline、万方数据库、中国生物医学文献数据库、中国循证医学/Cochrane中心数据库(CEBM/CCD)中相关文献,结合临床,进行综合阐述。结果:circRNAs的表达与多种CVD相关, 有望成为CVD新型诊断和预后预测的生物标志物。circRNAs在CVD中的作用机制及调控网络,既可促进也可以拮抗CVD的发生发展。结论:探索与发现更多的circRNAs在心血管疾病中的发生发展中所起的作用,可以为CVD的诊断、靶向治疗以及预后判断等方面提供新的思路。

  • 标签: 环状RNA 心血管疾病 相关性 研究进展