布朗水藻(Chromista，Ochrophyta，Phaeophyceae)是多细胞的水藻的一个大组在海洋生态系统和生物多样性起重要作用。然而，为学习他们新陈代谢的特征妨碍了的种系发生的进化和小说的差的分子的库在这个领域里进行。在这研究，我们在中国定序棕色的水藻的18主要种类的denovotranscriptome，盖住六份订单和七个家庭，用高产量的定序站台IlluminaHiSeq2000。从这的transcriptome数据18种类和Ectocarpussiliculosus和Phaeodactylumtricornutum的公开可得到的染色体数据，我们识别了108原子产生orthologous基因并且基于一个multigene方法在这些棕色的水藻之中澄清了种系发生的关系。这些棕色的水藻能被分开成二clades：CladeIshigeales-Dictyotales和CladeEctocarpales-Laminariales-Desmarestiale-Fucales。前者在种系发生的树的底，当后者被划分成二根树枝时，显示它的早分叉，与从订单Ectocarpales，Laminariales，和Desmarestiale分叉的顺序Fucales。在我们分类有争议的种类的分析，马尾藻类海草fusiforme和Saccharinasculpera被发现是仔细与类马尾藻类海草和Saccharina有关，分别地当Petalonia扁带显示出可能的关系到类Scytosiphon时。学习为棕色的水藻的种系发生的分类提供了分子的证据。
