在农业供给侧结构性改革下,农产品价格形成机制由政府支持为主向市场化转变。转变过程中,农民合作社由于规模较小、经营单一及产业融合度低等因素面临更大风险。立足新农产品价格体制,运用因子分析方法,以黑龙江省80家农民合作社为调研样本,对农民合作社面临的主要风险加以筛选和评估,得出结论:在新农产品价格体制下,合作社面临的风险发生变化,从单项指标看,销售渠道、管理能力和市场价格影响较大;从综合指标看,管理与财务风险、自然风险、市场和政策风险影响较大。分别从农民合作社和政府角度提出建议:农民合作社要加强管理人才的培训和引进、提升管理者素质和能力、完善合作社内部机制、实施适度的规模经济和范围经济策略;政府要改善管理、完善金融市场融资环境和渠道,提高农民合作社防范风险能力。