民法典有其内在与外在体系,“意思自治”属于民法典的内在体系之一。我国民法典编纂的使命之一应该是按照体系化的方法,将现有的单行民事立法进行整理,去除逻辑上的矛盾,消除规范之间的冲突,修改已经不适应我国经济和社会生活的规范。但从现在的《民法典各分编(草案)》看,逻辑体系上的问题仍然存在,表现在:(1)“合同”的规则没有作为“公因式”规定在民法典的“总则编”以适用于所有的协议,而是保持了现行合同法的局部完整性,架空了“总则”,使其失去了应有的作用;(2)承认并区分“物权”与“债权”,但却模糊“债权合意”与“物权合意”。有时“债权合意”仅仅产生债权效果,但有的时候却直接产生“物权效果”,但这些“物权”又不能对抗第三人,使中国物权法上产生了许多“二物权”。如果说,单行民事立法有某些“凑合”的因素,那么,在编纂民法典的过程中,就应该消除这些不协调因素,让法典成为规范统一、逻辑一致的杰作。