当前虽然南海形势总体趋于稳定,但引起南海局势再度升温的消极因素并未从根本上消除,因此仍然需要不断加强周边各国在低敏感领域的合作,以增强各国间的信任。南海争议海域中存在争议方单方面进行海洋科研、共同海洋科研和第三方在争议海域进行海洋科研的情况,三者均有其存在的法律基础。通过对各种方式进行海洋科研的法律基础以及实践中所存在的问题的分析发现,海洋科研合作是在争议海域内进行海洋科研最理想的方式,但是其在实践中的法律基础还比较薄弱。针对以合作方式进行海洋科研中存在的问题,应当通过构建具有法律约束力的南海争议海域区域性海洋科研合作协定的方式加以解决。