根据法律规定，我国公诉案件的处理大体要经过立案、逮捕、移送审查起诉、提起公诉和判决几个阶段。修订后的刑事诉讼法对每一阶段都规定了一定的证明标准。笔者认为，刑诉法虽然在数量上完备了我国刑事诉讼的证明标准，但其所规定的证明标准在质量上却不够完善。具体表现在：
一、对移送审查起诉、提起公诉和作出判决规定同样的证明标准，没有体现证明标准在不同阶段的差异性，在司法实践中也难以贯彻落实。这种要求移送审查起诉、提起公诉和作出判决应达到同一证明标准的规定至少存在以下问题：第一，有违人们认识事物的客观规律。刑事诉讼中的证明标准本应随着诉讼进程的发展而呈现出逐步提高的态势。对不同的诉讼阶段规定相同的证明标准，显然有违辩证唯物主义的认识论原理。第二，移送审查起诉和提起公诉的证明标准过高。修订后的刑诉法要求移送审查起诉和提起公诉都必须达到刑事诉讼的最高证明标准。尽管立法者的意图是希望这一最高证明标准能促使侦查和公诉人员提高办案质量，但由于案情的复杂、侦查技术手段和办案人员素质的限制，加上证明过程的不完全（尚未对证据进行质证和辩论）等原因，要求移送审查起诉和提起公诉都必须达到刑事证明的最高标准，显然是不切实际的。超越实际的过高要求所导致的结果，只能是法律无法得到遵守，反而有损法律的尊严。第三，要求移送审查起诉和提起公诉都必须达到刑事诉讼的最高证明标准，没有充分考虑司法资源的有限性，不利于节约诉讼成本，忽视了诉讼效率，不符合法律适用中的及时性要求。从一定意义上讲，移送审查起诉和提起公诉并不能决定犯罪嫌疑人和被告人的最终命运，为了兼顾诉讼效率，也没有必要达到“事实清楚，证据确实、充分”的程度。在这种最高证明标准的影响下，公安机关片面追求起诉率，检察机关片面追求有罪判决率，因而在司法实践中不仅造成了司法资源和诉讼成本的浪费，而且还容易导致对犯罪的放纵。
二、刑事诉讼法规定的最高证明标准不够明确、具体，缺乏可操作性。对于“案件事实清楚，证据确实、充分”这一标准，实际工作中很难把握。最为典型的是，到底什么是“证据充分”，人们的认识有很大分歧，发生在公、检、法三机关之间的案件推诿、扯皮、久押不决等现象，就是这一问题的具体反映。“证据充分”并不是一项具体的证明标准，而是对整个证明活动的总体要求，既原则，又抽象，无法把握。刑诉法以这种原则、抽象的总体要求来代替具体的证明标准，显然是不够恰当的。
笔者认为，必须对刑事诉讼法规定的证明标准进行修改，通过有关的立法、司法解释，一方面使移送审查起诉、提起公诉和有罪判决的证明标准呈现出一种由低至高的差异性；另一方面，使我国刑事诉讼中的最高证明标准尽量具体、明确，具有较强的可操作性。
