然而，随着经济的不断发展，金融结构也变得日益复杂，一些新的金融工具如银证合作、银行与基金合作、投资连接保险产品等在我国不断涌现，混业经营初见端倪，这对现行分业监管的有效性提出了严峻的挑战，集中体现在以下几个方面：
分业监管体制同监管对象结构不一致，影响监管的有效性。根据我国加入WTO所承诺过渡期结束，外资金融机构获得完全的市场准入许可和国民待遇，许多大型跨国银行已经开放个人业务。对绝大多数跨国银行来说，它们都是超级金融财团，涉足非传统的银行业务较深，显然单靠银行监管者一个机构来监督，已经明显力不从心。而从将来看，我国分散的监管机构也难以形成与能够集聚大量金融资源的金融控股公司等大型组织相抗衡的有效外部制约的强大力量，难以保障经济金融安全和公共利益。
现行分业监管体制难以综合评估混业金融机构的风险。在目前的“一行三会”体制下，各监管机构在法律上是独立平级主体,不存在上下级关系,难以及时有效采取协作行动开展监管活动。特别是对于国内混业金融集团中，某一实体的风险受其他实体影响很大,而且各种风险相互传染，只对集团某一实体有监管权的机构很难评估该实体的真实风险以及集团整体风险状况，不利于有效监管实施。
分业监管易产生监管真空和监管套利。金融业创新的发展使得各金融机构和金融业务的界限越来越模糊，很难区分它们究竟属于何种类型机构以及何种类型业务，各金融机构往往利用监管盲区逃避监管或利用监管程度差异进行“监管套利”。尤其是，分业监管模式不利于监管机构明确监管职责，易形成监管真空，也容易造成监管机构之间的推诿卸责。
分业监管易导致重复监管，增加监管成本。金融监管成本既包括维持监管活动费用的直接成本，也包括被监管行业执行成本以及监管活动对金融行业效率影响等在内的间接成本。在分业监管制度下,多个监管机构会增加机构设立的行政成本与相互协调合作信息成本，不利于实现规模经济和范围经济，加大金融机构受到重复和交叉监管，与多个监管机构打交道，提起多次授权审批程序，遵循多套监管规则，接受多轮监督和管理的成本支出。这会降低金融业的效率，也降低社会整体福利。
分业监管会抑制金融创新,阻碍金融业发展。创新是金融业发展的重要推动力。监管的有效性衡量标准之一便是能否有利于金融创新。在分业监管体制下，各监管机构为减小监管压力以及规避自身风险,有很强愿望确认并控制被监管机构的风险和经营行为的动机,这往往会对原不属于本业的新产品和新业务采取抵制态度，从而阻碍金融业创新活动和发展。
对我国金融监管体制改革的政策建议
国内外经济金融形势的发展变化，尤其是全球化的金融混业经营和一体化的综合监管趋势的广度和深度的扩展，迫切要求改革我国金融分业监管体制。这是一项长期的艰巨的系统工程，不可能一蹴而就，应重点考虑以下两个因素：一是前瞻性，确定金融监管体制的框架一定要考虑到加入WTO后混业经营趋势给我国监管体制提出的要求；二是制度变迁成本，由于经营模式和监管体制之间并不是严格的一一对应关系，监管体制变革要考虑到制度变迁成本的因素。基于此，我国监管体制未来的变化方向应当是一体化的综合监管，并且这是一个渐进式的变革过程，必然包括但不限于以下几个方面：
要提高各独立监管机构的监管水平和监管能力，提高在各自分业领域的监管效率。我国当前“一行三会”的监管格局在2003年才真正形成，分业监管格局短期内难以发生根本性变化。当前监管体制下的核心工作是促进银行、证券和保险各监管机构努力改进和完善监管手段，提高监管水平，防止监管真空，积累混业监管经验。监管重点应放在健全金融机构的内控机制，因为混业经营必将大大增加混业经营机构的操作风险和市场风险，而行之有效的内部控制机制可以起到防范和化解这些风险的作用。同时，监管机构应加快监管方式电子化的步伐，努力实现监管标准的国际化和现代化。
加强目前我国各分业监管机构的合作，建立制度性的合作机制和通畅的信息交流渠道。当前分业监管体制下对混业金融机构实施有效监管的重中之重是建立各监管机构之间的信息沟通和业务合作机制，既避免监管资源浪费，又可实现协调一致的监管效果。 2000年人民银行、证监会和保监会决定建立三方监管联席会议制度，但是不定期的会议制度是不能胜任混业形势下的经常性监管。因此，需要设计特殊的机制予以保证，定期研究加强部门的交流与合作，针对金融业监管中出现的新情况和新问题及时制定监管措施，真正发挥统一协调的功能，并真正具有决策作用。
建立综合金融管理机构，条件成熟时考虑成立统一的金融监管局。我国应首先建立综合金融管理机构即国家金融管理局，成为全国金融行业监管的总牵头人，负责统一制定我国金融业的发展规划，通盘考虑和制订金融法律、法规，协调监管政策和监管标准，监测和评估金融部门的整体风险，集中收集监管信息，统一调动监管资源。这一阶段，银监会、证监会和保监会仍然存在，分别在各自领域加强监管。从长期看，我国必定走向全面混业，因此等市场发展成熟，金融监管积累一定经验，可以考虑将银监会、证监会和保监会等监管机构并入国家金融管理局，由后者成为金融业统一的监管机构，使我国金融监管制度与国际先进的金融监管制度接轨。
