简介:摘要目的探讨ATP7B基因罕见同义变异对其前体mRNA剪接的影响。方法从ExAc数据库中筛选出人群等位基因频率<0.005的248种罕见同义变异,用Human Splicing Finder(HSF)软件分析其对于前体mRNA剪接的影响,进一步用ESE Finder 3.0软件预测其对于反式作用因子SR蛋白家族结合能力的影响。筛选出同时影响两种或以上SR蛋白结合的罕见同义变异,用体外迷你基因剪接报告系统进行验证。结果HSF分析提示有136种罕见同义变异可能破坏外显子剪接增强子(exonic splicing enhancer,ESE)的基序;ESE Finder 3.0分析提示其中19种会同时影响两种或以上SR蛋白的结合。体外迷你基因实验证实其中c.1620C>T(p.L540L)和c.3888C>T(p.A1296A)变异可导致相应外显子的剪接异常,分别造成第4外显子的完全跳跃以及使第18外显子的跳跃增加25%。结论同义变异可能通过各种途径影响前体mRNA的剪接,其中以破坏ESEs基序最为常见。本研究结果证实c.1620C>T(p.L540L)和c.3888C>T(p.A1296A)变异会对ATP7B基因的mRNA剪接产生影响,使相应的外显子发生跳跃,从而为携带者的基因诊断和遗传咨询提供了依据。
简介:摘要目的了解肝豆状核变性(Wilson disease,WD)患儿的临床表型与ATP7B基因突变谱。方法以2012年6月至2018年6月期间在南京医科大学附属儿童医院确诊为WD的55例患儿为研究对象,采用PCR扩增后直接测序法检测ATP7B基因点突变,测序仅发现杂合突变患儿;进一步采用多重连接依赖的探针扩增法(MLPA)进行外显子长片段突变分析。结果55例WD患儿均有不同程度的肝损害症状,其中2例合并神经系统症状。K-F环阳性率(21%)、24小时尿铜阳性率(97.7%)、铜蓝蛋白均异常。55例患者中ATP7B基因鉴定结果:纯合子8例,复合杂合子41例和杂合子6例。直接测序法检测到10例ATP7B基因杂合子,进一步采用MLPA分析发现,其中4例患者另一个等位基因携带ATP7B基因外显子缺失。在所有患者中,共检测到35种不同的ATP7B基因突变,包括23种错义突变,3种移码突变,4种无义突变,3种外显子缺失和2种剪接改变。最常见的等位基因突变为外显子8的c.2333G > T/p.R778L,等位基因频率为36.54%,其次是外显子13的c.2975C > T/p.P992L,等位基因频率为14.42%。结论ATP7B基因c.2333G > T/p.R778L和c.2975C > T/p.P992L变异为中国WD患儿中最常见的变异。WD患者中报道3种ATP7B基因外显子大片段缺失变异,对于DNA测序为ATP7B基因杂合子的WD患儿,建议进一步采用MLPA方法检测外显子缺失变异。