简介:摘要目的揭示H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)血凝素(hemagglutinin, HA)基因氨基酸位点的变异情况并探讨其分子进化趋势。方法收集并比对EpiFlu数据库中2020年4月以前H9N2 AIV毒株HA基因序列信息,采用生物信息学的方法分析HA蛋白关键受体结合位点、裂解位点、糖基化位点的氨基酸差异。结果84.92%(4 067/4 809)序列HA226位点的谷氨酰胺(glutamine, Q)被亮氨酸(leucine, L)替代;来自禽类的序列发生HA-Q226 L突变的占84.75%(4 013/4 735),来自哺乳动物的序列发生HA-Q226 L突变的占72.97%(54/74);96.26%(4 629/4 809)序列HA蛋白裂解位点基序模式仍保持低致病性AIV的特点,但有180条来自禽类的序列HA蛋白裂解位点插入了2个碱性氨基酸;58.68%(2 822/4 809)序列新增1个或者2个潜在糖基化位点,而66.44%序列(3 195/4 809)丢失糖基化位点HA210-212。结论H9N2亚型AIV HA蛋白受体结合位点趋于结合人类受体,对哺乳动物的适应性增加,HA蛋白裂解位点和糖基化位点有向高致病性AIV的序列特征突变的倾向。
简介:摘要目的分析2019年广州市登革热流行情况,评估登革病毒4种血清型对流行的影响。方法在传染病报告信息管理系统中收集2019年广州市登革热确诊病例信息,使用ArcGIS 10.2软件进行空间自相关性和聚集性分析,使用荧光定量PCR对血清标本进行核酸检测,将结果为阳性的血清标本进行病毒分离并测定E基因序列,用PhyML 3.1软件绘制基因进化树并分析。结果2019年广州市共报告登革热确诊病例1 655例,发病率11.10/10万,本地病例1 382例,输入病例273例,发病具有空间聚集性,发现18个高-高聚集性街道,输入病例来源以东南亚国家(86.08%,235/273)和非洲国家(2.56%,7/273)为主。荧光定量PCR检测确诊病例血清标本749例,阳性率93.06%(697/749),分离毒株464株。同往年基因树相比,登革病毒未发现基因型的转换。登革病毒血清型1型仍然是广州市的优势毒株,血清型2型主要在白云区和荔湾区流行。结论2019年广州市登革热疫情累及全市,范围向城乡接合部扩大和转移,应进一步重视城乡接合部的防控工作。加强来自东南亚和非洲国家的国境检疫。登革病毒血清型2型的流行和聚集性暴发风险不容忽视。多种血清型在广州市同时出现,提示需预防重症登革热的暴发和流行。
简介:摘要目的对2019年广州本地登革热病例血清型分布和病毒全基因组进化特征进行分析,为登革热防治提供科学依据。方法应用登革病毒血清型特异性荧光PCR试剂盒进行分型,操作步骤按照试剂盒说明书严格进行;分离培养的病毒采用Illumina平台进行全基因组序列测定;从ViPR网站下载部分代表性序列,用MEGA7.0软件进行病毒系统发育分析。结果2019年广州本地登革热为3个血清型共流行,其中登革1型占比80.35%,2型占比12.97%,3型占比6.68%;3个血清型之间患者的性别、年龄分布和重症发生率差异均无统计学意义。病毒全基因组进化分析显示,登革1型分离株属于基因Ⅰ型,来源上有两个分支,与柬埔寨来源毒株亲缘关系近;登革2型分离株为Cosmopolitan型,与东南亚流行株亲缘关系近;登革3型分离株属于基因Ⅲ型,与印度病毒株在同一分支。结论2019年广州登革病毒为1、2和3三个血清型共流行,每一个血清型病毒分属同一种基因型。
简介:摘要目的研究体内微进化对阿萨希毛孢子菌生物膜相关表型及耐药性的影响。方法阿萨希毛孢子菌标准株源自荷兰真菌多态性保藏中心,阿萨希毛孢子菌原代株TO(氟康唑敏感)为解放军总医院第七医学中心皮肤科1例毛孢子菌病的临床分离株,进化株TEVO(氟康唑耐药)在该患者2014年复诊时分离。体外构建上述菌株的生物膜,使用四甲基氮盐(XTT)还原法及激光共聚焦扫描显微镜评估生物膜生长动力学并测定生物膜厚度;体外测定氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑对不同生长阶段生物膜的最低抑菌浓度(SMIC),评估生物膜的耐药性。多组间比较采用单因素方差分析,Hartley检验对数据进行方差同质性检验,若方差齐,选用LSD检验进行组间多重比较,若方差不齐,选用Tamhane′T2检验进行组间多重比较。结果在阿萨希毛孢子菌生物膜黏附(0 h)及形成阶段(4 ~ 24 h),进化株TEVO代谢活性最弱(F黏附 = 35.705,P < 0.001;F形成 = 15.042,P < 0.001)。而黏附后第48小时生物膜成熟,此时生物膜代谢活性最弱的菌株为TO株(F = 10.985,P < 0.001)。生物膜厚度测量结果显示,成熟阶段TEVO株生物膜厚度[(26.1 ± 1.18)μm]大于TO株[(22.8 ± 1.73)μm,P = 0.001],但小于标准株[(29.5 ± 1.28)μm,P = 0.001]。药物敏感性实验结果显示,在阿萨希毛孢子菌生物膜黏附及形成阶段,唑类抗真菌药物对TEVO株的SMIC值大于TO株;生物膜成熟阶段,3株菌生物膜的SMIC值均大于1 024 mg/L。结论在宿主内环境和抗真菌药物的双重压力下,阿萨希毛孢子菌生物膜相关表型发生了适应性改变,并增强了对唑类抗真菌药物的耐药性。
简介:摘要目的分析辽宁省2018—2019年甲型流感毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因,计算并评估流行株与疫苗株的匹配度。方法选取2018—2019年49株甲型流感毒株进行测序,对HA基因进行进化分析;研究抗原表位、糖基化位点及受体结合位点变异情况;采用Pepitope模型对流行株与疫苗匹配度进行分析。结果2018—2019年流感流行季为11月份至次年3月份,主要流行型别为新甲型H1N1亚型。经进化分析,新甲型H1N1流行株属于6B.1分支,与当年疫苗株属于同一分支;季节性H3N2毒株分布在3C.2a分支上,与2018—2019年疫苗株处于同一分支,但2019—2020年疫苗株位于3C.3a分支。部分毒株在抗原表位及受体结合位点上发生了突变。若干毒株与疫苗株相比,糖基化位点发生了增加或缺失,并未出现新的糖基化位点。使用Pepitope模型对疫苗效力从分子水平进行评估,本年度新甲型H1N1流感疫苗效力及2019—2020年疫苗株预测效力均能达到较为理想的效果。但是季节性H3N2疫苗株与本年度流行株匹配度低,计算出的疫苗效力半数以上为负值。2019—2020年H3N2亚型疫苗株效力有待进一步观察。结论2018—2019年辽宁省甲型H1N1流行株发生了一定程度的变异,H3N2亚型流行株与2018—2019年疫苗株匹配度低。应密切关注流行株的基因变异情况并及时更新疫苗株。
简介:摘要目的分析济宁市2017—2020年度乙型流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因变异情况及分子进化特征。方法采集2017—2020年度济宁市哨点医院和流感暴发疫情病例咽拭子标本,进行核酸检测、病毒分离,选取20株乙型流感病毒代表毒株进行HA和NA基因测序,利用生物信息学软件构建进化树并分析分子进化特征。结果2017—2020年度共监测病例标本4 575例,流感病毒阳性842例,其中乙型流感病毒阳性398例,阳性率8.70%(398/4 575),占比47.27%(398/842)。2017—2020年度济宁分离的BV系和BY系流感病毒与疫苗株比,HA基因同源性分别为98.7%~98.8%、98.5%~99.1%。2018—2020年度BV系流感归属于Victoria clade 1A分支,2017—2018年度BY系流感归属于Yamagata clade 3分支。对抗原表位和耐药位点的变异情况进行了分析,发现多处抗原表位发生了变异,但未发现神经氨酸酶抑制剂耐药位点的变异。结论2017—2020年度济宁市BV系和BY系乙型流感病毒均发生了数个抗原位点变异,出现了抗原转变,可能是引起乙型流感暴发的原因。
简介:摘要目的对活禽市场家禽中分离的H5N6禽流感病毒(avian influenza virus, AIVs)进行遗传进化和分子特征分析。方法2018年12月于乌鲁木齐市活禽市场采集家禽双腔拭子和环境样本,通过接种鸡胚、血凝试验和RT-PCR等方法分离鉴定AIVs,以甲型流感病毒通用引物扩增病毒全基因组并测序,利用BLAST、Clustal W、MEGA-X和DNAStar等软件进行序列比对、系统进化和分子特征分析。结果从家禽样品中分离到6株H5N6亚型AIVs,其各基因之间的一致性较高(99.4%~100.0%),为同一来源。BLAST分析显示除NP基因与苏州家禽中分离的H5N6毒株一致性最高(99.7%),其余7个基因片段均与2017—2018年广东环境中分离的H5N6毒株一致性最高,在99.0%~100.0%之间。遗传进化分析显示分离株的HA属于Clade2.3.4.4.C分支,HA、NA、PB1、PA、NP、MP这6个基因均与2018年自华东地区水貂中分离的H5N6病毒株聚在同一分支,PB2和NS均与2017—2018年于广东环境中分离的H5N6病毒株聚在一起。分离株HA的裂解位点含多个连续的碱性氨基酸,为高致病性AIV,HA的S137A和T160A突变可增强病毒与人源受体SAα2,6-Gal的结合。另外,NA茎部缺失、PB2的L89V、G309D、R477G、I495V、I504V、D391E和A661E以及NS1的P42S、D92E和80~84位氨基酸缺失等突变均可增强病毒对哺乳动物的毒力和致病力。结论分离的6株高致病性H5N6 AIVs与2017—2018年分离自华东地区水貂和广东环境的H5N6 AIVs的遗传关系较近,存在的多个突变可增强病毒对哺乳动物的致病性,存在较大的公共卫生风险。