简介:组蛋白去乙酰化在基因表达调控方面扮演重要角色,在植物的生长发育、器官构建及逆境胁迫和激素信号应答中发挥重要作用.在基因组范围内,利用生物信息学方法对辣椒的组蛋白去乙酰化(HDAC)基因家族的各成员、分布及结构和功能等进行分析.预测结果显示辣椒HDAC家族包含14个蛋白质,分为3个亚族,其中RPD3/HDA1成员最多,为10个;HD2具有3个成员,SRT2仅有1个成员;其主要分布在8个染色体上,且进化分析结果表明辣椒HDAC基因成员与拟南芥家族具有相似分类.在辣椒HDAC结构域中包含18个重要的基序,同组中的HDAC成员蛋白序列的氨基酸保守结构域基本一致,且各亚族成员的氨基酸保守结构域组成特异,表明这些基序的存在对HDAC蛋白功能的执行是必需的.分析辣椒发育过程中HDAC各成员表达谱数据发现,CaHDA1在果皮和胎座成熟过程中表达量逐渐升高,说明该基因可能参与了辣椒后期果实的发育过程.这将为辣椒HDAC家族基因的深入研究和功能解析提供实验参考依据.
简介:通过固体分离培养基的分离培养和牛奶琼脂鉴别培养基的鉴别初筛,从烟草(NicotianatabacumL.)的初烤烟叶中分离到一株嗜热产蛋白酶菌株,编号为YYFG3,其生长温度范围是30℃-65℃,最适生长温度55℃左右,对pH的耐受范围是5-9,最适范围是6-7;在发酵产酶培养基中,56℃、180r/min条件下发酵32h的蛋白酶活力达到最大值35.3U/mL,故将YYFG3定性为产蛋白酶高温菌株。通过光学显微镜和扫描电子显微镜对该菌株形态特征的观察、相关生化特性的测定、16SrDNA的克隆测序以及对菌株分子遗传进化树的构建,确定菌株YYFG3隶属于土芽孢杆菌属Geobacillus,暂将其命名为Geobacillussp.YYFG3。菌株YYFG3可作为产蛋白酶高温微生物诱变育种和全基因组育种的良好材料,具有良好的开发应用潜力。
简介:异源四倍体花生(ArachishypogaeaL.)包含两套基因组,分别来自二倍体祖先A.duranensis(A基因组)和A.ipaensis(B基因组)。相对于二倍体,异源四倍体SNP的鉴定和分析面临更多挑战,因为在SNP的鉴定和分析过程中,通常需要同时分析两套基因组中相同位点的DNA序列。本研究以12个花生品种和2个二倍体祖先为材料,通过扩增子重测序EST和GSS(各100条序列)开发SNP。结果显示共检测出18个EST-SNPs和44个genomic-SNPs,出现频率分别为1SNP/2557bp和1SNP/1011bp。为了进一步评估和应用所开发的SNP,采用高分辨率溶解曲线方法对96个花生品种进行SNP基因分型。EST-SNP在供试品种中的多态性信息量介于0.021~0.413,平均为0.172。Genomic-SNP的多态性信息量介于0.08~0.478,平均为0.249。本研究表明采用扩增子测序和HRM方法能够从异源四倍体花生中准确鉴定SNP,且所开发的SNP信息量丰富,能够用于花生遗传育种研究。
简介:为了解东莞市屠宰厂场地及屠宰猪的链球菌污染情况,从东莞市各镇街屠宰厂采集猪扁桃体样品共320份,污水水样共96份,环境空气样品共160份,屠宰用具、工作台、地板等涂抹拭子共96份,进行溶血性链球菌的分离与鉴定。结果共分离出溶血性链球菌276株,检出率为41.1%。其中停乳链球菌96株,阳性率14.3%;豕链球菌13株,阳性率1.9%;犬链球菌5株,阳性率0.7%;无乳链球菌13株,阳性率1.9%;猪链球菌1型43株,阳性率6.4%;猪链球菌2型106株,阳性率15.8%。扁桃体中溶血性链球菌的阳性率最高,为67.8%;其次是污水和器具的链球菌含量,为22.9%;而空气中溶血性链球菌的含量最低,为9.4%。结果表明东莞市屠宰猪及屠宰厂环境、污水中溶血性链球菌污染率较高,应当引起监管部门的重视。