简介:目的探讨非瓣膜病心房颤动(房颤)患者血清小分子RNA(miRNA)全基因组表达差异及其可能的调控作用和早期预警价值.方法15例房颤患者,分为阵发性、持续性和永久性房颤组,每组5例,对照组5例健康人.射频消融术前和术中分别取外周血和冠状窦血,提取血浆总RNA,使用microRNA芯片(microRNAv18.0)进行全基因组miRNA表达谱微阵列分析,VolcanoPlot法获得差异表达niRNAs,并用tMEV软件进行聚类分析,以及通过mirbase、miranda、targetscan数据库进行靶基因分析,并进行RT-PCR的差异表达验证.结果房颤组冠状窦血与外周血比较有14个miRNAs表达差异显著,其中6个表达上调:即miR-1266、miR-4279、miR-4787-5p、miR-4666a-3p、kshv-miR-K12-6-3p和miR-3150a-5p,8个表达下调:即miR-892a、miR-3149、miR-3171、miR-3664-5p、miR-3591-3p、miR-4423-5p、miR-4473和miR-574-3p.其中,miR-1266在阵发性、持续性和永久性房颤组均明显升高,而miR-3171则显著降低.房颤组与对照组外周血及冠状窦血比较miRNAs表达也有明显差异.结论房颤患者冠状窦血与外周血比较miRNAs表达均有显著差异,而冠状窦血miRNAs更能反映心脏的代谢与调控状况;血清miR-3171、miR-892a、miR-3149在房颤发生发展早期出现且持续表达差异,有可能成为早期预警诊断的标志物;miR-1266、miR-4279、miR-4666a-3p有可能成为未来治疗房颤的干预靶点。
简介:摘要目的基于全基因组测序数据,通过内源性激活期间菌株基因组突变分析,开展结核分枝杆菌(MTB)分子钟研究。方法筛选MTB内源性激活全基因组研究文献,下载全基因组测序数据,提取初治-复发配对样本单核苷酸多态性(SNP)差异和菌株分离时间,运用Poisson回归模型拟合初治-复发时间间隔与差异SNP的关系,计算MTB分子钟,估算突变率。结果若MTB传代时间为18 h,0~2年短期内源性激活突变率为6.47×10-10(95%CI:5.59×10-10~7.44×10-10),明显高于2~14年长期内源性激活突变率(3.27×10-10,95%CI:2.88×10-10~3.69×10-10)。0~、1~、2~、3~、5~、7~14年突变率分别为7.10×10-10、6.06×10-10、4.24×10-10、5.34×10-10、2.59×10-10、1.26×10-10。结论内源性激活复发期间,MTB突变率随初治-复发时间间隔增加而下降,本研究从微观层面验证了临床实践观察到的初治结核病2年内易复发现象。
简介:摘要目的探讨基于多序列磁共振成像(MRI)影像组学和临床特征的模型对儿童髓母细胞瘤(MB)分子亚型的预测价值。方法回顾性分析2011年1月至2020年1月郑州大学第一附属医院100例原发性MB患儿的MRI及临床资料,简单随机抽样选出50例患儿作为训练集,另外50例患儿作为测试集。训练集包括5例WNT激活型MB(WNT),5例SHH激活型MB(SHH),28例非WNT/SHH激活型Group3型MB(Group3),12例非WNT/SHH激活型Group4型MB(Group4),测试集包括11例WNT,3例SHH,24例Group3,12例Group4。从5 929个在人工勾画的肿瘤区域提取的三维影像组学特征中选择稳健、非冗余的特征,进一步采用Boruta算法选择最优特征,将筛选出的影像组学特征基于训练集(50例)建立随机森林预测模型,并在测试集(50例)进行评估。结合影像组学特征与临床特征,建立随机森林联合预测模、临床-影像组学模型。结果包含13个最优影像组学特征的影像组学模型对分子亚型进行预测,在测试集中,WNT的受试者工作特征曲线下面积(AUC)值为0.923 1,SHH、Group3、Group4的AUC值分别为0.673 7、0.519 2、0.705 0,在加入临床特征后,测试集中WNT和SHH的AUC值提升至0.944 1和0.819 1。结论多序列临床-影像组学模型对儿童MB WNT和SHH分子亚型具有较高的预测价值,可以为患儿个性化诊疗提供决策支持。
简介:摘要植物耐盐性是一个复杂的生理生化过程,涉及诸多基因、蛋白以及多种耐盐机制的协调作用。植物对盐逆境的耐(抗)性机制是基于与盐逆境有关基因的激活与调控,这些基因和蛋白涵盖于整个盐胁迫应答过程中。以下就近年来植物耐盐性分子生物学和蛋白质组学研究情况作一综述。
简介:采用超高分辨率的傅里叶变换离子回旋共振质谱(FT-ICRMS)技术,结合常规的色谱质谱分析,对鄂西地区震旦系陡山沱组和四川盆地志留系龙马溪组页岩抽提物中NSO极性大分子化合物进行了对比分析。对有机杂原子类型和分布的研究发现,2个层位中均缺少含氮化合物,且因为成熟度过高,DBE(等效双键数)值普遍较低,陡山沱组页岩中极性大分子化合物是以O3S类化合物为主,而龙马溪组则以O2类化合物为主;陡山沱组沉积环境相对闭塞,有一定的蒸发量,而龙马溪组沉积环境相对开阔,这是导致震旦系O3S类杂原子化合物含量远大于龙马溪组的原因;由于出露地表,可能遭受生物降解,龙马溪组中杂原子化合物含量远高于陡山沱组。
简介:摘要目的了解东南亚十二节段双链RNA病毒(South-East Asian dodeca RNA viruses,Seadornavirus)的分子进化规律及遗传差异。方法基于Seadornavirus衣壳蛋白基因组序列进行同源性、系统进化、理化性质、抗原表位预测以及三级结构和表面电荷分布的分析。结果Seadornavirus的最近共同祖先大约于2 359年前,分为3个进化簇,其进化时间分别为约距今1 338、499、253年前,其平均核苷酸替换率为3.6×10-4n/s/y。Seadornavirus 3种病毒之间的核苷酸与氨基酸同源性分别是31.3%~100%(μ=68.0%)和11.9%~100%(μ=56.0%)。理化性质和抗原表位分析显示,版纳病毒(Banna virus, BAV)衣壳蛋白为酸性疏水性蛋白质,存在6个B细胞表位和2个Th抗原表位,而辽宁病毒(Liaoning virus, LNV)和卡迪皮诺病毒(Kadipiro virus, KDV)为碱性亲水性蛋白质,分别存在3和5个B细胞抗原表位,其中LNV仅有1个Th抗原表位,KDV病毒则不存在。三级结构以及蛋白表面电荷分析显示,Seadornavirus的α螺旋和β折叠各不相同,并且BAV有2个明显的带正电荷区域和2个带负电荷的区域,LNV只有1个带正电荷区域,KDV则有2个带正电荷区域。结论Seadornavirus进化速率快,并且其基因组、衣壳蛋白抗原表位、理化性质、三级结构等具有较大的差异。