简介:目的探索一种新的真菌DNA提取方法,该方法操作简便,提取效率高,耗时较短,应用范围广.方法将酶消化和Chelex-100提取DNA方法联合起来,配制一种新的DNA提取试剂.通过真菌ITS4和ITS5通用引物进行PCR,对新的DNA提取试剂同市售的Takaralysisbuffer在DNA提取方面的效能进行评价,同时对DNA浓度和纯度进行测定.结果实验所用34株真菌,自配试剂成功提取出32株真菌DNA;Takaralysisbuffer成功提出27株真菌DNA.对于两种方法都没能提出DNA的2株真菌,经液氮研磨破壁后,自制试剂均成功提取;而Takaralysisbuffer仅成功提取DNA1株.结论同市售试剂Takaralysisbuffer比较,自配DNA提取液提取DNA质量相对较高,可用于临床常见感染真菌的PCR诊断.对于某些真菌,提取DNA之前先进行菌体破壁是必要的.
简介:基因枪和农杆菌介导的遗传转化是目前常用的两种单子叶植物遗传转化方法。载体的发展和改良是提高植物遗传转化效率的重要基础,RNA干扰载体和过表达载体是目前通过遗传转化研究植物基因功能的主要工具。Gateway克隆技术是一种基于lambda噬菌体特异位点重组特性的通用克隆技术,该技术可以将大批目的基因方便、快捷地连接到受体载体上。本文利用Gateway技术结合传统酶切、连接方法,构建了适用于单子叶植物基因枪和农杆菌转化的RNA干扰Gateway载体pAHC.PSK—RNAi、pClean—G185.RNAi和过表达Gateway载体pAHC.PSK—OE和pClean—G185一OE,为利用基因枪和农杆菌介导的遗传转化,在小麦和水稻等单子叶植物中进行规模化基因功能研究奠定了基础。
简介:目的构建白念珠菌CaCSC1基因的基因缺失株,并初步探究它的功能。方法设计长引物,通过PCR直接扩增出带有SAT1flipper的CaCSC1基因敲除盒,转化到野生型白念珠菌菌株CAI4,并通过PCR鉴定出基因型正确的转化子,得到CaCSC1的基因缺失株。最后,通过倍比稀释的方法进行表型筛选。结果成功得到CaCSC1基因的缺失菌株。基因缺失菌株对酮康唑(Ketoconazole)敏感,对Zn2+、Mn2+和荧光增白剂(Calcofluorwhite)表现出耐受性。结论CaCsc1蛋白参与对锌离子和锰离子的稳态调控,和细胞膜和细胞壁的完整性也相关。
简介:通过EMS(Ethylmethylsulfonate,甲基磺酸乙酯)诱变豫谷1号获得一个遗传稳定的谷子小穗突变体si-sp1,该突变体突出表现为穗部变小,同时伴随有株高降低、单码小花数减少和根系变小等表现型变异。与野生型豫谷1号相比,突变体的穗长和株高分别降低了37.8%和9.0%,单穗粒重和单码小花数分别降低了40.3%和31.7%,但千粒重增加了20.2%。遗传分析表明,si-sp1突变性状由1对隐性基因控制。以si-sp1为母本、辽谷1号为父本构建的F2定位群体的隐性单株,将突变基因定位在8号染色体上CAAS8003与SSR1038间约11.02M的距离内,为下一步精细定位并分离该基因奠定了基础。
简介:大白菜是重要的蔬菜作物,准确鉴定大白菜品种对于大白菜种质资源管理、新品种测试、种子质量检测等具有重要意义。本研究从已定位到大白菜10个连锁群的205个SSR标记中,筛选出30个在连锁群上分布均匀、PCR扩增稳定、带型简单的标记,用于大白菜品种DNA指纹鉴定。对入选的引物用4种荧光染料进行了标记,利用基于毛细管电泳荧光检测的DNA分析仪对SSR扩增产物进行检测。通过比较分析2种不同型号的3台DNA分析仪的扩增片段检测数据,明确了不同DNA分析仪的检测数据间一般存在明显的系统误差。系统误差的大小取决于引物,一般在1~4bp之间。使用扩增产物的片段长度对各SSR位点的不同等位变异进行命名。通过使用一组参照品种,消除了不同批次、不同DNA分析仪型号间的系统误差,保证了检测数据的可重复性和可再现性。在此基础上,对184份大白菜品种进行了DNA分子数据采集。
简介:目的对北京地区HIV和非HIV人群抗耶氏肺孢子菌(Pneumocystisjirovecii,Pj)主要表面糖蛋白(Majorsur-faceglycoprotein,Msg)IgG、IgM抗体滴度水平进行调查,探索其在流行病学调查中的价值.方法利用重组Msg融合蛋白作为抗原建立酶联免疫吸附试验(Enzyme-linkedimmunosorbentassay,ELISA),用阴性标准血清等比例稀释样本血清建立相对定量抗体检测方法,对176例HIV感染者和226例非HIV人群血清样本进行抗PjMsgIgG和IgM抗体定量水平调查,所有入选患者临床均不诊断肺孢子菌肺炎(Pneumocystispneumonia,PCP).结果抗PjMsgIgG抗体在非HIV人群中阳性率为42.5%(113/266),113例阳性标本中1∶100、1∶200、1∶400和1∶800滴度分别为77例(68.1%)、15例(13.3%)、6例(5.3%)和15例(13.3%);抗PjMsgIgG抗体在HIV感染者中阳性率为24.4%(43/176),43例阳性标本中1∶100、1∶200、1∶400和1∶800滴度分别为28例(65.1%)、10例(23.3%)、3例(7.0%)和2例(4.7%),与非HIV组相比差异无统计学意义(χ2=4.254,P=0.235).抗PjMsgIgM抗体在非HIV人群中阳性率为41.7%(111/266),111例阳性标本中1∶100、1∶200、1∶400和1∶800滴度分别为57例(51.4%)、21例(18.9%)、19例(7.1%)和14例(12.6%);抗PjMsgIgM抗体在HIV感染者中阳性率为12.5%(22/176),22例阳性标本中1∶100、1∶200、1∶400和1∶800滴度分别为10例(45.5%)、2例(9.1%)、4例(18.2%)和6例(27.3%),与非HIV组相比差异无统计学意义(χ2=3.788,P=0.285).结论非PCP人群中抗PjMsgIgG抗体定量水�
简介:根据转录组测序获得的钙依赖蛋白激酶基因的EST序列设计特异引物,利用RT-PCR和RACE技术从油菜中克隆获得BnCDPK1基因全长序列,NCBI登录号为KF740477,其cDNA和gDNA全长分别为2115bp和2857bp,含有11个内含子和12个外显子。生物信息学分析表明其开放阅读框为1581bp,编码527个氨基酸,具有CDPKs家族典型的特征,含有1个激酶区域和4个钙离子手型结构域,与拟南芥AtCDPK28同源性最高,属于第Ⅳ亚家族。BnCDPK1在油菜的根、茎、叶、花、种子中均有表达,但表达丰度存在差异,叶片中表达量最高,其次为茎、根和种子,花中的表达量最低;在高抗和高感油菜品种中,菌核菌胁迫均能够诱导BnCDPK1上调表达,但是高抗品种比高感品种反应更迅速,表达量更高。接种前、接种后12h、接种后24h,高抗品种的表达量相比高感品种分别提高1.4倍、4倍和3倍,推测其可能参与油菜的生长发育以及油菜对菌核菌侵染的应答和防御反应。
简介:InDel在基因组中的分布密度仅次于SNP,可作为动植物群体遗传分析、分子辅助育种等研究领域的有效分子标记。花生是世界范围内重要的油料作物之一。目前,花生栽培种全基因组已经公布,为准确挖掘花生基因组信息提供了重要参考。本研究通过169份花生核心种质的GBS(Genotyping-by-sequencing)测序和比对,共获得大小分布在1~14bp范围内的10401个InDels。染色体Arahy.16上分布的InDels最多,达741个;而在染色体Arahy.08上分布的最少,有263个。参考基因组注释信息,仅有1167个InDels分布在功能基因相关区域。经GO注释,InDel分子功能主要包括催化活性(catalyticactivity)和结合(binding);生物过程主要涉及代谢过程(metabolicprocess)、单组织过程(single-organismprocess)和细胞过程(cellularprocess)。经KEGG通路分析发现,InDels所在的基因区域的功能主要与代谢相关。本研究开发出全基因组水平的InDel标记,并做了相应功能分类和注释,为进一步分子验证和利用提供丰富的基因资源。
简介:本研究采用高通量测序技术对淀粉积累高峰期的锥栗种仁进行转录组测序分析,对得到的Unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析,并进一步通过实时定量PCR方法分析了7个与淀粉和蔗糖代谢相关酶基因在锥栗种仁发育过程中的表达特征。结果显示:denovo组装后共获得53629条Unigene序列,序列平均长度为746bp;通过与其他核酸、蛋白质数据库的Blast搜索比对,共26739条Unigene序列获得基因注释,占All-Unigene的49.86%;与COG数据库比对后将其注释的14413条Unigene序列划分成25类;GO功能注释的33926条Unigene基因共分成细胞组分、分子功能和生物过程3大类58个分支;与KEGG数据库比对结果注释的5277条Unigene序列划分为116条代谢通路;7个与淀粉和蔗糖代谢相关酶基因表达量变化趋势中,CH.29636(淀粉合成酶,SS),CH.11971(淀粉分支酶,SBE)两个基因随着种仁的发育呈现逐渐上升的趋势,而其余5个基因(CH.31302、CH.33690、CH.19238、CH.30128、CH.13088)表达量随着种仁的发育呈先上升后下降的趋势,该结果与锥栗种仁发育期淀粉和蔗糖的变化规律一致。这些信息为锥栗果实品质形成相关功能基因的研究提供了重要依据。