摘要目的本研究以目前国际病毒分类委员会（ICTV）所接受的肠道病毒分界标准为基础，通过客观地比较全基因组/多聚蛋白两两相似值，试图寻找一种简单可靠的方法来对新的肠道病毒进行的分类。方法分析960株肠道病毒在全基因组水平上的两两比对相似值（pairwise identity scores，PIS）的频率分布图，观察在不同肠道病毒型别、不同种及不同属之间是否存在明显的分类界限，结合病毒聚类和系统发育树的结果寻找能够区分肠道病毒不同种/属的标准。结果肠道病毒不同种间及与相近病毒属之间在全基因水平上存在比较好的PIS分类界限。多聚蛋白核苷酸PIS为0.657和0.536时可对肠道病毒进行可靠、稳定的种和属的分类。结论肠道病毒多聚蛋白核苷酸序列间PIS在种和属水平上具备明显的遗传边界，并能够简单、可靠地用于肠道病毒监测实验室新种属的初步鉴定。
