简介:摘要目的应用实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR方法检测和分析牡蛎中诺如病毒的基因特征。方法应用实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR方法,对2014年11月至2015年10月北京市采集的新鲜市售牡蛎进行诺如病毒GⅠ/GⅡ组并联试验检测,分析检出率,应用符合率和一致性检验(Kappa值)对半巢式RT-PCR方法进行可靠性评价,应用半巢式RT-PCR方法扩增诺如病毒GⅠ/GⅡ衣壳蛋白区基因,对阳性产物进行测序。采用BioEdit 7.0.9.0软件进行序列比对、Mega 6.0软件构建进化树。结果72份样品中,实时荧光RT-PCR、半巢式RT-PCR和并联试验的诺如病毒检出率分别为31.94%(23/72)、38.89%(28/72)和48.61%(35/72)。2种方法符合率为73.61%,中度一致(Kappa值=0.43)。测序成功13株诺如病毒,11株(7株GⅡ.17、2株GⅡ.4 Sydney_2012、1株GⅡ.1和1株GⅡ.21基因型)为2种RT-PCR方法检测诺如病毒阳性样本所得;2株(GⅡ.17和GⅡ.3基因型各1株)为半巢式RT-PCR方法检测诺如病毒阳性样本、实时荧光RT-PCR方法检测诺如病毒阴性样本所得。这些毒株与腹泻患者、环境污水和贝类水产品参考株的相似性为84.4%~100.0%。结论用2种RT-PCR并联法检测牡蛎中诺如病毒,不仅能提高检出率还能获得更多基因型;牡蛎中诺如病毒毒株与人源、环境污水及贝类水产品参考毒株高度同源,应对经常接触牡蛎的人群及相关环境进行诺如病毒监测和防控。
简介:摘要目的分析2011-2020年北京市≥6岁人群手足口病流行特征。方法资料来源于中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统2011-2020年北京市手足口病报告病例以及北京市16个区(县)的29家哨点医院的手足口病病原学监测。采用描述性流行病学方法分析北京市≥6岁人群手足口病病例的三间分布以及病原学构成和变化。结果2011-2020年,北京市≥6岁人群累计报告手足口病38 183例,其中重症46例(占0.12%),年均报告发病率19.04/10万,男女性别比为1.37∶1(22 064∶16 119),≥6岁人群手足口病构成比由2011年的7.56%(2 606/34 488)增加至2020年的24.54%(546/2 225)。顺义区、延庆区和通州区≥6岁人群手足口病平均发病率较高。哨点监测肠道病毒阳性率为66.78%(1 976/2 959),2014年肠道病毒A组71型(EV-A71)构成比为45.29%(101/223),2020年无检测出EV-A71阳性,柯萨奇病毒A组6型(CV-A6)构成比从2016年的15.11%(34/225)提高到2020年的81.08%(60/74)。结论2011-2020年北京市≥6岁人群手足口病患者构成比逐年升高,EV-A71阳性构成基本呈下降趋势。2016年以来,CV-A6已逐渐成为优势毒株。应重视≥6岁人群手足口病疫情以及病原学动态变化。
简介:摘要目的分析北京市境外输入性新型冠状病毒(新冠病毒)感染者的流行病学特征及疫苗接种对感染者病毒载量和疾病严重程度的影响。方法数据来源于中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统和现场流行病学调查,应用Excel 2010和SPSS 22.0软件进行数据整理和统计学分析。结果2021年6月1日至9月30日,北京市累计报告171例境外输入性新冠病毒感染者,无症状感染者占66.67%(114/171)。输入国以菲律宾、阿联酋、英国和俄罗斯为主,占67.84%(116/171)。感染者男女性别比为2∶1(114∶57);年龄M(Q1,Q3)为28(23,36)岁;中国籍占80.12%(137/171)。对其中47例进行病毒全基因组测序,76.60%(36/47)属于Delta变异株。疫苗接种率为60.82%(104/171),其中疫苗全程接种率为53.80%(92/171)。13.53%(23/170)的感染者入境当天筛查出核酸阳性,所有感染者均在28 d内检测出核酸阳性。未接种组疾病严重程度高于未全程接种组和全程接种组(P<0.001),出现了1例重型和1例危重型病例。未接种组N基因Ct值M(Q1,Q3)为32.51(23.23,36.06),开放读码框lab(ORFlab)基因Ct值为32.78(24.00,36.38),未全程接种组和全程接种组双基因Ct值中位数较未接种组差异无统计学意义(P>0.05)。结论研究期间,北京市境外输入性新冠病毒感染者以无症状感染者为主。新冠病毒感染者无论是否接种新冠病毒疫苗,其体内均有相似的病毒载量,但疫苗接种可降低疾病严重程度。
简介:摘要目的建立一种检测新型冠状病毒的巢式PCR方法,作为实时荧光PCR法检测新型冠状病毒的补充,并探讨该方法在临床样本检测中的初步应用价值。方法根据新型冠状病毒基因保守序列,利用在线软件设计N、S基因引物,构建巢式PCR反应体系,N基因巢式PCR及产物测序用于定性检测,S基因PCR产物测序用于型别初步鉴定。检测梯度稀释新型冠状病毒阳性样本评价检测灵敏度,检测流感病毒和人冠状病毒OC43、229E、HKU1、NL63等样本评价其特异性。分别检测Ct值>33与Ct值<33的各15份新型冠状病毒阳性样本,对扩增产物进行测序及比对分析,对检测方法进行验证。结果所建立的巢式PCR法可扩增出355 bp N基因片段及449 bp S基因片段的特异性条带,冠状病毒229E、OC43、HKU1、NL63、H3N2亚型流感病毒、甲型H1N1流感病毒、乙型流感病毒阳性样本无扩增条带。N基因片段最低检测限可达Ct值37.21。30份新冠核酸阳性样本中,巢式PCR检测的N基因阳性符合一致率达100%(30/30);S基因阳性符合一致率达60%(18/30)。28份样本N基因片段测序成功,BLAST与新型冠状病毒相似性100%。12份样本S基因片段可获得位点突变特征结果。结论建立了可特异检测新型冠状病毒的巢式PCR方法,并可通过对PCR扩增产物测序分析其位点突变特征,可作为实时荧光PCR法的补充。
简介:摘要目的了解北京市儿童A族链球菌(GAS)M蛋白基因(emm基因)型别及药敏特征变化。方法回顾性研究。收集2018年、2019年、2021年北京市16区猩红热病原学监测哨点医院儿童临床诊断猩红热及咽部感染病例咽拭子样本分离的GAS菌株。采用PCR扩增及测序进行emm基因分型,采用微量肉汤稀释法测定10种抗生素最低抑菌浓度(MIC)。采用χ2检验和Fisher′s确切概率法进行组间比较。结果共收集GAS菌株557株,检测到11种emm基因型(emm1、emm3、emm4、emm6、emm11、emm12、emm22、emm75、emm89、emm128、emm212)。其中emm1型42.73%(238/557株),emm12型48.65%(271/557株),其他emm型8.62%(48/557株)。emm1、emm12、其他emm型2018年分别为37.50%(105/280株)、57.14%(160/280株)、5.36%(15/280株);2019年分别为49.05%(129/263株)、39.54%(104/263株)、11.41%(30/263株);2021年分别为28.57%(4/14株)、50.00%(7/14株)、21.43%(3/14株)。2018年和2019年≤6岁儿童组中感染emm12型的构成比均高于>6岁儿童组(62.50%比46.88%,46.36%比30.36%),差异均有统计学意义(χ2=7.182、6.973,均P<0.05)。选取225株GAS进行药敏检测,结果对青霉素、左氧氟沙星、美罗培南、利奈唑胺、头孢噻肟、头孢吡肟、万古霉素7种抗生素敏感率均为100.00%,对红霉素、四环素、克林霉素的耐药率分别为:2018年88.57%(93/105株)、87.62%(92/105株)、86.67%(91/105株);2019年94.34%(100/106株)、94.34%(100/106株)、87.74%(93/106株);2021年3种抗生素耐药率100.00%(14/14株)。2018年青霉素MIC50、MIC90均为0.03 mg/L;2019年分别为0.03 mg/L、0.06 mg/L;2021年均为0.06 mg/L。225株GAS中207株存在耐药,且均为联合耐药,红霉素-四环素-克林霉素三重耐药占94.69%(196/207株),红霉素-克林霉素双重耐药占4.35%(9/207株),红霉素-四环素双重耐药占0.97%(2/207株)。结论北京市2018年、2019年、2021年儿童GAS的emm基因型别多样,优势基因型为emm12与emm1,以emm12为主导流行型别。GAS菌株对红霉素、克林霉素、四环素维持较高耐药率,对青霉素等抗生素保持敏感,但青霉素MIC50和MIC90呈递增趋势。
简介:摘要目的掌握2021年北京市流感流行特征及乙型Victoria系(简称BV)流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因、抗原性变异情况,为北京市流感防控提供科学依据。方法对北京市2021年1—11月流感病原学监测结果进行统计分析,并随机抽取15株BV流感病毒,通过HA基因扩增测序,分析其基因变异和进化特征。结果研究期间共收集流感样病例样本16 097份,其中核酸检测阳性208份,经型别鉴定BV流感病毒205份(98.56%)、乙型Yamagata(简称BY)系流感病毒3份(1.44%)。15株BV流感病毒HA基因序列与疫苗株B/Washington/02/2019相比,核苷酸相似度为98.39%~98.75%,氨基酸相似度为97.86%~98.40%。基因进化分析显示15株BV流感病毒均分布于Clade1A.3a2分支,与疫苗株相比存在多位点变异。15株BV流感病毒有11个糖基化位点。1株(6.6%)为疫苗株的低反应株。结论2021年北京市监测到的流感病毒中BV流感病毒占绝对优势,其HA基因位点多处发生变异,提示对该亚型变异的持续监测至关重要,为制定流感防控策略提供科学依据。
简介:摘要目的分析2021—2022年流行季北京市首起乙型流感Victoria系(BV)疫情的病毒血凝素(HA)的基因变异和进化特征以及与流感疫苗株的匹配性。方法采集北京市朝阳区某小学乙型流感疫情流感样病例的咽拭子标本,提取核酸后利用二代测序技术进行测序分析。应用BioEdit分析HA基因的核苷酸和氨基酸变异位点,采用Mega 6.0软件中的NJ模式构建HA基因的遗传进化树并分析。结果通过二代测序获得了2株BV的HA基因全长序列。与本年度的疫苗株HA基因相比较,疫情株有9个氨基酸位点发生变异,其中6个变异位点位于3个不同的抗原决定簇。遗传进化树分析显示疫情株HA基因位于Clade 1A.3a2分支,与2021—2022年度北半球推荐的流感疫苗株(B/Washington/02/2019)不在同一分支。结论本起BV疫情毒株的HA基因在抗原表位发生多处变异,必需加强BV流感的监测与变异规律分析,为BV防控策略的制定提供有力的数据支撑。
简介:摘要目的分析新型冠状病毒在不同食品和加工材料表面存活规律,为制定预防病毒通过食品和加工材料传播的防控措施和风险评估提供参考。方法将病毒培养物接种至常见进口食品和加工材料表面,使用荧光定量PCR方法测定在不同温度和时间条件下样本表面病毒核酸载量;使用半数组织培养感染剂量实验测定病毒滴度,观察病毒存活时间。使用线性回归模型计算病毒半衰期。结果食品和加工材料表面病毒核酸载量随时间下降,且温度越高病毒核酸载量下降越快。不同种类食品和加工材料表面病毒存活时间不同,室温条件下,猪肉和车厘子表面病毒存活24 h;其次为带鱼和鲜橙表面。加工材料表面病毒存活时间均较短,小于24 h。4 ℃条件下,病毒在猪肉表面至少存活1周,其次为车厘子和带鱼。-20 ℃条件下,病毒在猪肉和塑料包装表面的活性下降缓慢,8周后病毒滴度仍然较高,而在带鱼和纸板表面的活性下降明显。结论不同食品和加工材料表面的病毒核酸存续时间和存活规律不同,且温度越低病毒存活时间越长,应根据食品、加工材料类型,以及生产环境条件制定针对性预防和消毒措施。
简介:摘要新冠疫情在全球的大流行为举办2022年北京冬奥会增加诸多挑战。有效开展疫情防控是确保成功举办的重要举措之一,通过对接国际赛事要求、制定完善工作方案、周密调度采样检测力量、开展精准管理等措施。冬奥会核酸检测机构累计检测涉奥人员185 942 3人次,检出阳性437人次,取得了采样检测工作高效运行且无生物安全事故、采送检报时限符合赛会要求,采样检测人员无感染的佳绩。冬奥会核酸采样检测工作创新了大型国际赛事核酸检测的管理方法,积累了工作经验,各检测机构的采样检测能力、质量控制及生物安全管理水平、后勤保障能力得到了很多锻炼和提升,为后续大型活动和社会面核酸检测提供了借鉴。
简介:摘要目的高血压是流感住院患者最常见的基础病,本研究旨在探索高血压与流感患者住院结局的关联性。方法选取2016年10月1日至2019年4月30日确诊流感的严重急性呼吸道感染(Severe acute respiratory infection,SARI)住院患者为研究对象,以单纯患有高血压者作为高血压组,无任何基础病者作为对照组,随访两组的治疗过程,比较治疗结局,并采用多因素COX比例风险模型探索高血压对流感病例住院天数的影响。结果共纳入流感住院病例120例,其中高血压组53例,对照组67例。高血压组与对照组的年龄中位数分别为72岁(IQR:66-79)和63岁(IQR:58-78),差异有统计学意义(P=0.008)。高血压组与对照组患者的治愈出院率分别为98.11%和100%,差异无统计学意义(P=0.442);两组患者的住院天数分别为9天(IQR:8-14)和10天(IQR:7-12天),差异无统计学(P=0.269)。多因素回归分析显示,高血压组相对于对照组流感病例住院时间的差异无统计学意义(HR=0.82,95%CI:0.56-1.19);随着年龄增大出院的风险比下降(HR=0.98,95%CI:0.97-1.00),即年龄大者住院时间长。结论高血压不是导致流感患者住院时间延长或出现死亡结局的独立危险因素,年龄增长是导致住院时间延长的风险因素。
简介:摘要目的系统探讨东京2020年奥运会和残奥会(简称"东京奥运会")和北京2022年冬奥会和冬残奥会(简称"北京冬奥会")在各自疫情形势下的防控效果,为未来传染病大流行背景下大型集会筹办工作提供启示。方法系统检索东京奥运会和北京冬奥会相关文献及数据,利用公开数据对二者病例构成、发现方式、发病趋势及外溢情况进行比较分析。结果东京奥运会共报告新冠肺炎阳性人员869例,其中奥运会546例(62.8%),残奥会323例(37.2%);海关筛查发现55例(6.3%),常规筛查发现814例(93.7%);运动员41例(4.7%),其他利益相关方828例(95.3%);入境人员249例(28.7%),本土居民620例(71.3%);未对城市层面造成大量外溢传播。北京冬奥会共报告新冠肺炎阳性人员535例,其中冬奥会509例(95.1%),冬残奥会26例(4.9%);海关筛查323例(60.4%),常规筛查212例(39.6%);运动员及随队官员209例(39.1%),其他利益相关方326例(60.9%)。无外溢病例报告。结论东京奥运会与北京冬奥会举办期间所面临的国内外疫情形势截然不同,其新冠阳性人员构成及传播情况虽有较大差异,但结合各自背景来看,均取得了较好的防控效果。
简介:摘要北京2022年冬奥会和冬残奥会举办之际,正值奥密克戎变异株导致的全球第四波新冠肺炎流行高峰。通过疫苗应接尽接、全程闭环管理、每日核酸检测、佩戴N95口罩及保持社交距离等各项疫情防控政策及措施调整,北京冬奥会疫情防控工作成效卓著,确保赛事如期顺利举办和所有境内外参与者健康安全,其防控经验对社会面疫情防控具有重要的借鉴意义。
简介:摘要目的分析新发地新冠肺炎暴发疫情的公开数据,建立快速风险评估方法,为疫情防控并采取有效应对措施提供科学依据。方法收集2020年6月11日至7月15日北京市卫生健康委员会官方公布的新冠肺炎疫情数据,采用风险指数的方法,从每日新增病例人数、现存病例人数、3 d平均发病率、5 d新增病例均值四个方面综合评估新发地市场新冠肺炎疫情暴发期间的风险等级。结果新发地新冠肺炎疫情病例涉及11个行政区,风险指数结果显示,6月13日至6月29日北京市处于新冠肺炎疫情高风险阶段(RI≥16)。在此期间,仅丰台区、大兴区分别有88.89%(16 d/18 d)、38.89%(7 d/18 d)的时间处于高风险阶段。海淀区、东城区有5.56%(1 d/18 d)的时间处于较高风险阶段。剩余行政区均无高风险或较高风险阶段。结论利用风险指数对疫情发展态势开展快速风险评估,能够使广大公共卫生专业人员特别是基层技术人员迅速判断疫情风险级别,并可与同等规模城市或地区进行横向对比,快速风险评估工作的开展有助于分区分级精准施策。
简介:摘要目的分析2020年底北京市顺义区新冠肺炎聚集性疫情的特点,为做好疫情防控提供数据支持。方法应用描述流行病学调查方法,对疫情的特点进行分析。结果疫情由常规核酸筛查发现,发现时间较早期病例发病时间迟滞7天。疫情历时25天,感染42人,潜伏期中位数4天,因两个脆弱群体形成2个发病高峰,部分病例考虑为通过污染物品或环境间接感染。密接筛查发现的病例占85.71%(36/42),家庭续发率19.48%(15/77),就餐续发率为16.67%(12/72),在同一单位内,参加聚餐的感染风险是非聚餐者的3.773倍(x2=5.177,P=0.023)。结论密闭空间疫情传播更容易实现,要增强对于脆弱群体的管理和健康宣教,大规模人群筛查是聚集性疫情处置时尽早控制的"兜底"措施。
简介:摘要目的对北京市大兴区局部地区发生的全国首起新型冠状病毒Alpha变异毒株本地聚集性疫情进行调查,分析其流行特征和传播链。方法应用流行病学调查和大数据技术核查病例的活动轨迹,对活动轨迹涉及的点位进行密切接触者追踪、人员和环境采样检测,对溯源重点人群采集血清标本进行抗体检测,分析流行特征和传播链。结果2021年1月17至29日,大兴区局部地区聚集性疫情报告33例新型冠状病毒感染者,32例病例存在明确的流行病学关联,其中除1例在工作场所感染外,其他病例均在社区及家庭内感染。所有病例共涉及14个家庭,其中6个家庭全部发病,所有家庭成员罹患率为69%(33/48),续发率为56%(19/34)。通过入境人员和货品排查,未发现明确的感染来源。结论该起新型冠状病毒Alpha变异毒株相关聚集性疫情发现和处置及时,影响范围局限,但家庭聚集性特征较以往疫情更明显。
简介:摘要目的分析北京市新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例密切接触者流行病学特征及感染危险因素,为COVID-19防控策略的制定和控制措施的效果评价提供科学依据。方法收集2020年1月6日至2021年2月15日北京市报告的20 681例密切接触者基本信息、暴露信息及转归信息,分析密切接触者的流行病学特征,采用多因素 logistic 回归模型分析其新型冠状病毒(新冠病毒)感染的危险因素。结果北京市COVID-19病例密切接触者感染率为2.16%(447/20 681);年龄M(P25,P75)为35(27,49)岁;以20~59岁人群为主(81.77%,16 912/20 681);隔离观察方式主要为集中隔离(82.15%,16 989/20 681);主要暴露类型占43.96%(9 093/20 681),分别为同室工作/学习(16.06%,3 322/20 681)、同乘交通工具(12.88%,2 664/20 681)、诊疗/护理(7.80%,1 612/20 681)和同住(7.23%,1 495/20 681)。指示病例的职业分别有干部职员(19.34%,3 999/20 681)、家务待业(17.34%,3 586/20 681)、商业服务(13.85%,2 864/20 681)、餐饮食品业(10.77%,2 228/20 681),对应的密切接触者占61.30%(12 677/20 681)。多因素logistic回归分析结果显示,相比于其他暴露类型,同餐(OR=3.96,95%CI:2.30~6.83)、同住(OR=6.41,95%CI:4.48~9.17)为新冠病毒感染的危险因素;相比于其他职业,指示病例的职业为餐饮食品业(OR=3.06,95%CI:1.29~7.25)和教师(OR=4.94,95%CI:1.43~17.08)为新冠病毒感染的危险因素。结论同餐和同住是密切接触者感染新冠病毒的主要暴露类型;指示病例为餐饮食品业或教师职业者,其密切接触者感染新冠病毒的风险增加。应继续采取集中隔离、疫苗接种等COVID-19综合性防控措施。