简介：摘要肺癌向远处器官转移引起的相关并发症是肺癌患者死亡的主要原因，脑部是最常见的转移部位。肺癌脑转移极大影响了患者的生活质量，缩短患者的生存时间。肺癌脑转移的具体机制仍不明确，临床治疗难度大。近年来关于肿瘤进化理论的研究越来越多，肿瘤细胞进化和微环境进化是肺癌脑转移发生的重要机制。本文将从肿瘤进化视角对肺癌脑转移进行综述。

简介：摘要猴痘是由猴痘病毒（monkeypox virus，MPXV）引起，以皮疹为主要表现的人畜共患疾病。既往猴痘主要发生在中非和西非的热带雨林地区，偶尔输出到其它地区。但自2022年5月以来，已有多个非流行国家报道相关病例。目前该病毒有两种进化分支：刚果盆地进化分支和西非进化分支，两种进化分支流行病学和临床表现特征不尽相同。目前我国台湾地区发现输入病例，随着全球各国交往日益密切，我国进一步面临出现输入病例的风险。本文就猴痘病毒进化分支相关特点进行综述，以提高医务工作者对猴痘病毒不同进化分支特点的认识。

简介：摘要肿瘤是进化的产物，靶向肿瘤进化是有希望的肿瘤治疗方法。肿瘤适应性治疗指通过选择适应和共同进化从而阻滞肿瘤进化，其方法是重构人体和肿瘤的血管、免疫、代谢、微生物群和生物钟功能，促进人体与肿瘤作为整体共同进化，从而实现"适应"和"共生"的肿瘤治疗策略。

简介：摘要人副流感病毒（HPIVs）是引起儿童急性呼吸道感染的主要病原体之一，根据其血清学及基因组特征，可分为HPIV1~HPIV4四种血清型别。不同血清型HPIVs导致的临床疾病谱、流行特征和疾病负担都有所不同。基于病毒结构蛋白基因的核苷酸差异，HPIVs可进一步划分为具有不同时空分布特征的基因型和基因亚型。标准的分子分型方法有助于阐明HPIVs在人群传播过程中的基因进化和传播模式，然而，由于国内外至今未建立统一且标准化的分子分型方法，阻碍了对HPIVs分子流行病学的研究。因此，本研究就HPIVs的病毒特征、基因组结构、现有的基因分型方法及进化加以综述，并筛选出分子分型参考株，以完善对HPIVs基因特征以及分子分型的认识，为我国开展HPIVs分子流行病监测和研究提供重要的科学依据。

简介：摘要近年来，随着抗菌药物的滥用，全球范围内的多重耐药菌逐年增加。对细菌进化规律的探究可能是解决这一问题的关键。高通量测序，又称为下一代测序（NGS），可以合理利用细菌全基因组所蕴含的强大信息，在细菌进化规律的探索中展现出前所未有的分辨能力。本文主要就NGS的概述及其在细菌进化分析方面的研究与进展进行简要综述。

简介：摘要目的了解贵州省乙型流感病毒BY系和BV系毒株HA和NA基因分子进化特征，为流感的科学防控提供依据。方法统计贵州省2017—2021年流感各型别阳性比例，提取乙型流感病毒核酸，RT-PCR扩增HA和NA基因，进行序列测定14株，并从GISAID获取83株序列，对合计97株乙型流感病毒的序列进行同源性、遗传进化和氨基酸位点变异分析。结果贵州省存在甲型、BY系和BV系流感病毒的流行，BV系为优势流行型别；BY系流感病毒HA和NA基因与参考疫苗株B/PHUKET/3073/2013相比同源性分别为98.7%~99.4%和98.4%~99.6%，BV系毒株与参考疫苗株B/Colorado/06/2017相比分别为98.3%~99.3%和98.9%~99.6%；贵州省BY系毒株主要属于Y3遗传群，HA基因处于Y3-H1~2两个分支，NA基因处于Y3-N1~3三个分支，发现3株Y3系内重配株；BV系毒株主要属于V1A-2遗传群，HA基因处于V1A-2 H1~4四个分支，NA基因处于V1A-2 N1~5五个分支，发现20株V1A-2系内重配株，未发现系间重配株；关键氨基酸位点变异分析显示抗原决定簇区域位点Y3遗传群无突变，V1A-2遗传群4个主要的抗原决定簇均存在点突变且190螺旋存在移码突变，耐药位点均未发生突变。结论贵州省流感流行型别多样，乙型流感病毒与疫苗株同源性差异在增大，HA和NA基因已进化出不同分支，基因序列存在多种形式的突变，存在系内重配株和新的变种，应持续加强乙型流感病毒的监测研究。

简介：摘要目的揭示2011年和2019年甘肃蚊虫中库蚊黄病毒的分子遗传差异。方法使用逆转录聚合酶链反应(reverse transcriptase-polymerase chain reaction, RT-PCR)获得甘肃2011年和2019年蚊虫中库蚊黄病毒基因组核苷酸序列，利用病毒分子生物学和生物信息学方法分析病毒基因差异。结果共获得10株库蚊黄病毒基因核苷酸序列，包括2011年8株(均来自于淡色库蚊)、2019年2株(来自三带喙库蚊和中华按蚊)。病毒E基因核苷酸与氨基酸序列同源性分析结果显示，甘肃2019年分离的病毒与2011年分离病毒核苷酸序列相似性98.4%~100%，氨基酸相似性95.4%~97.3%。库蚊黄病毒E基因序列系统进化分析结果显示，2019年甘肃分离的2株库蚊黄病毒(GS1975和GS1976)与2011年的8株库蚊黄病毒均属于基因1型B组库蚊黄病毒；2019年分离的GS1975病毒与我国辽宁(2010年和2011年)和内蒙(2018年)分离病毒处在共同的进化簇，而2019年分离的GS1976病毒与我国内蒙(2018年)和甘肃2011年分离病毒形成共同进化簇。结论甘肃2011年和2019年分离的库蚊黄病毒均属于基因1型病毒，2019年分离的2株病毒分布在不同的进化簇，随着时间的推移当地库蚊黄病毒基因组在发生变化，为此需要开展当地库蚊黄病毒分子差异的长期监测。

简介：摘要在2002年严重急性呼吸综合征暴发之前，冠状病毒主要在动物之间流行，在人群中仅引起轻微的上呼吸道症状。严重急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus，SARS-CoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus，MERS-CoV)和2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)所引起的肺炎暴发疫情促使研究人员对这些人类高致病性冠状病毒的来源和进化展开深入的研究。现对这3种人类高致病性冠状病毒起源和进化的最新研究进展进行综述和总结。

简介：摘要流感病毒持续而广泛地影响全球人类健康，其广泛的动物宿主特性、高度变异的特点导致抗原不断漂移，易感人群更迭，引起全球流感流行反复发生，也影响着季节性流感疫苗的保护效果。本研究以多种亚型的甲型流感病毒为例，从抗原性漂移对抗原性的影响、季节性流感疫苗株与流行株的匹配度、广谱流感疫苗研发的思路等方面，对相关的研究进展作一综述，以加深对流感病毒抗原性进化的理解，为流感疫苗未来研发思路提供参考。

简介：摘要目的了解中国乙型肝炎病毒（hepatitis B virus，HBV）基因组序列的免疫逃逸突变、耐药突变和基因组进化信息。方法选取1998-2021年在GenBank中的中国HBV全基因组序列信息作为分析对象，采用MAFFT软件进行聚类分析，使用在线工具Gen2pheno进行免疫逃逸突变和耐药突变分析，使用BEAST 1.10.4做序列的时间进化分析。结果5 426条序列纳入分析集，分布于我国19个省份，C型占比最高（59.1%，3 211/5 426）。其次为B型（33.7%，1 833/5 426）。有764条（14.1%，764/5 426）序列发生了免疫逃逸突变，98.1%的序列至少发生了1处反转录酶编码区域突变。中国大部分系列的进化根在公元1801年左右。结论中国HBV耐药突变率较高，HBV基因组进化缓慢。

简介：摘要目的对2017年山东省临沂市手足口病(hand, foot and mouth disease，HFMD)患儿粪便标本进行病毒分离与鉴定，并对其基因特征进行分析。方法对HFMD患儿粪便标本进行核酸检测。用人横纹肌肉瘤细胞进行病毒分离。对病毒进行全基因组序列测定，通过与人类肠道病毒比较，对分离株进行系统发育分析和基因重组分析。结果自重症HFMD患儿粪便标本中成功分离到1株柯萨奇病毒A组2型(coxsackievirus A group 2 type, CoV－A2)，命名为CoV-A2 SD17-430，系统进化分析进一步确定其基因型属于D2基因型。SD17-430衣壳蛋白编码区与CoV-A2国际原始株同源性高，在非结构蛋白编码区与CoV-A4(MH086949)和CoV-A14(KP036482)同源性高。结论与原始毒株相比，CoV-A2 SD17-430株发生了较大程度的遗传变异，其进化过程中可能与多个A组肠道病毒发生了基因重组。应继续加强对HFMD病原的全面监测，以便进一步了解其病原谱变化，为制定更有效的HFMD防控策略提供数据参考。

简介：摘要目的了解无锡市HIV-1亚型流行及进化特征，为预测本地HIV-1疫情变化提供参考依据。方法样本来源于2013年4月至2016年7月无锡市部分CD4＋T淋巴细胞监测队列，进行HIV-1基因的扩增和测序，采用ChromasPro 1.6和MEGA 7.0软件构建HIV-1序列数据库；采用FastTree 2.1.10和BEAST 1.7.2软件和贝叶斯系统进化推断法重构HIV-1历史传播情况，采用SPSS 22.0软件进行统计学分析。结果有205例HIV-1感染者，其中≥50岁占32.68%（67/205）。共检测出CRF01_AE、CRF07_BC、CRF67_01B、B、CRF08_BC、CRF68_0B、CRF78_ cpx 7种HIV-1基因型及1例独特重组型。流行亚型以CRF01_AE（51.67%，93/180）及CRF07_BC（17.22%，31/180）为主，不同亚型之间传播方式的差异有统计学意义（ χ2＝16.99，P≤0.05）。CRF67_01B型（12.78%，23/180）所占比例较高。贝叶斯系统进化推断法分析结果显示，无锡市CRF67_01B型进化率为2.29×10-3，最近共同祖先时间约为2 003.10年，与江苏省及安徽省来源的参考株可能存在亲缘关系，CRF67_01B型于2003年开始在无锡市出现传播。结论2013－2016年无锡市HIV-1亚型复杂多样，CRF67_01B型已经开始在无锡市流行，应持续监测HIV-1亚型变化，从分子角度为疫情预测提供参考依据。

简介：摘要目的研究一株新型鼠类星状病毒的基因组特点和进化关系。方法采集221只山东省鼠类肠道内容物，采用高通量测序方法进行病毒组研究。结果发现一株新型星状病毒，并获得该病毒接近全长基因组，命名为RoAstV/CHN/S3。RoAstV/CHN/S3具有典型的星状病毒基因组结构，相似性分析表明与啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型关系最为相近。ORF2的氨基酸遗传距离结果显示，RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物和猪星状病毒4型的遗传距离为0.557~0.655，哺乳星状病毒属内种之间的遗传距离为0.338~0.783，推断其可能为新种。根据ORF1a、ORF1b和ORF2的系统发育树结果，RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物星状病毒、猪星状病毒4型聚为一簇，表明这些啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型具有共同祖先，也提示潜在的祖先跨种传播。对221只鼠类的肠道内容物筛查结果显示，4只鼠类为阳性，阳性率为1.8%，其中3只为褐家鼠，1只为黑线姬鼠，均来自山东省济宁市。结论新型星状病毒RoAstV/CHN/S3的发现丰富了星状病毒的多样性，为新发突发传染病的防控提供了重要的数据信息。

简介：摘要目的分析2020年广州市登革热流行状况和病毒E基因进化特征，探讨广州市登革热的流行特征和病毒传播特点。方法通过中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统收集登革热病例信息，采用荧光定量PCR检测血清标本并测定登革病毒E基因序列，运用MEGA 5.05软件构建最大相似度基因树，使用SPSS 20.0软件进行统计学分析。结果2020年广州市共报告33例登革热确诊病例，其中输入病例31例（93.94%），本地病例2例（6.06%）。相比于2016-2019年，登革热确诊病例数、总发病率和本地发病率均有明显下降，差异有统计学意义（均P<0.05）。输入病例来自东南亚地区的占90.32%（28/31）。输入病例和本地病例登革病毒E基因序列及进化分析与东南亚序列亲缘关系相近，与我国广州市近年序列关系相对较远。结论2020年我国广州市登革热本地疫情受输入病例，特别是东南亚地区输入病例影响大。本研究结果支持我国广州市登革热疫情尚未本地化，由输入病例导致的本地流行的推论。

简介：摘要目的研究2014—2019年杭州地区乙型流感病毒的流行情况以及血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)的遗传进化特征。方法收集2014年10月—2019年9月间杭州地区流感样病例10 481例，用实时RT-PCR法检测乙型流感病毒，同时选取部分乙型流感病毒阳性样本，用特异性引物扩增HA和NA基因，进行基因测序并分析其遗传进化特征。结果发现自2014年以来，杭州地区每年都有乙型流感病毒的流行。其中5～14岁年龄段人群发病率最高。2014—2019年，杭州地区流行的Victoria系乙型流感病毒都属于V1A进化簇，而Yamagata系乙型流感病毒都属于Y3进化簇。HA和NA基因的序列一致性分别为94.67%～100.00%和97.13%～100.00%，并在多个抗原位点发生了改变，同时出现了重排株。结论乙型流感病毒在杭州地区流感流行中影响显著。2014—2019年，杭州地区乙型流感病毒出现了抗原变异和基因重排，流行株和疫苗株之间存在不匹配的情况，但目前并未发现耐药株的出现和流行。

简介：摘要目的基于血凝素-神经氨酸酶蛋白(hemagglutinin-neuraminidase，HN)基因分析我国流行人副流感病毒3型(human parainfluenza virus 3, HPIV3)的基因变异规律和进化特征。方法采用多重荧光PCR方法对2007—2020年5个省市(北京、浙江、安徽、河南、湖南)急性呼吸道感染病例的咽拭子标本进行常见病原体核酸筛查，对HPIV3阳性标本进行HN基因序列测定，与GenBank数据库的国外和我国10个省的HPIV3流行代表株HN基因序列进行比对，应用多种生物信息学方法开展分子进化分析。结果本研究期间从5个省市共获得49株HPIV3的HN基因序列，核苷酸同源性在96.6%~100%之间，其中48株为C3基因亚型，1株为C5基因亚型。系统进化分析显示，我国12个省市在2003—2020年间存在C1、C3和C5基因亚型的毒株共流行，毒株间核苷酸和氨基酸同源性分别为95.4%~99.8%和97.9%~100%，其中C3是我国的优势流行基因亚型，分属于C3a、C3b、C3c、C3e和C3f进化分支，以C3f的传播范围和流行时间最为广泛。对C3基因亚型的进化分析显示，其最近共同祖先形成时间(tMRCA)可追溯到1990年，有效群体规模在2002—2010年间逐渐扩张而后趋于平稳；C3各进化分支HPIV3的HN基因进化速率在3.69×10-4~5.82×10-4替换/位点/年之间；C3基因亚型毒株HN蛋白共享N308、N351、N485和N523潜在N-糖基化位点，选择压力以负向选择为主。结论C3基因亚型是我国的本土优势HPIV3流行型别，形成了广泛传播和持续流行态势，并在流行过程中形成多个进化分支共同循环。

简介：摘要目的明确我国诺如病毒暴发GII.6[P7]基因组进化特征和关键位点变异情况。方法对2018—2021年来自中国诺如病毒暴发监测网络(CaliciNet China)监测获得的46个GII.6[P7]阳性样本进行基因组扩增和测序，同时整合GenBank数据库中的所有ORF1(GII.P7)和ORF2(GII.6)序列，进行贝叶斯进化分析，并利用Simplot软件进行重组分析。结果根据贝叶斯进化分析，GII.P7聚合酶具有时间进化特性，平均碱基替换速率为2.067×10－3核苷酸替换/位点/年，与4种不同的VP1基因型发生重组(GII.6、GII.7、GII.14和GII.20)。GII.6型诺如病毒在衣壳区进一步分为GII.6a、GII.6b和GII.6c亚型。本研究46个毒株属于GII.6a亚型，与2015年中国GII.6[P7]参考株NHBGR59为一簇。Simplot分析确定本研究GII.6[P7]毒株重组位点在ORF1-2连接处。VP1氨基酸位点变异主要发生在P1.1末端以及P2区域，与GII.6a亚型参考株相比，受体结合位点均未发生变异。结论我国2018—2021年诺如病毒暴发的GII.6[P7]重组株均属于GII.6a[P7]亚型。

简介：摘要目的2016年冬季出现了一种重组型GII.2[P16]诺如病毒（norovirus，NoV），并造成了我国急性胃肠炎大规模暴发，本研究旨在探究2016—2017年该病毒在我国的进化动力学和时空传播模式。方法利用MEGA 7.0和BEAST等软件对先前获得的暴发标本中GII.2[P16] NoV全基因组、主要结构蛋白（viral protein 1，VP1）和RNA依赖RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase，RdRp）基因全编码区序列进行分析。结果序列分析显示此次重组型病毒VP1相比于RdRp基因的进化速度更快，在暴发中期，VP1蛋白的第256位出现了特异性氨基酸突变，即Val256Ile突变，且该突变位点形成的新型变异株在暴发后期成为优势流行株。基于该毒株P二聚体晶体结构的分析，发现该病毒VP1蛋白中第256位残基位点可能参与了B细胞抗原表位的组成，提示Val256Ile突变可能导致了新型变异株的抗原性发生改变，这可能是该病毒在暴发后期优势流行的原因之一，但需要进一步血清学实验的验证。基于贝叶斯地理推演结果显示，广东省可能为我国此次病毒流行的起源地，对该病毒在我国的暴发流行起了重要的作用。结论鉴于出现功能性改变的GII.2[P16]新型变异株和广东省为我国该型病毒的暴发中心，提示有必要在珠江三角洲地区对GII.2[P16] NoV开展持续的监测和研究。

简介：摘要目的建立柯萨奇病毒B4型病毒的分离方法，并对已分离到的江苏地方株进行基因进化分析。方法使用荧光定量PCR方法检测江苏省哨点医院收治的呼吸道感染患者咽拭子样本中肠道病毒感染情况，使用HeLa细胞对阳性样本进行病毒分离，然后进行VP4基因测序与进化树分析。结果荧光定量PCR检测肠道病毒阳性12例，1份样本经病毒分离后呈现细胞病变效应，RT-PCR扩增出特异性的VP4基因，测序显示该病毒株与其他20株CVB4病毒株的VP4核苷酸同源性都在86.56%~93.59%之间，确诊为CVB4江苏地方株。进化树分析显示，该病毒株只与CVB4病毒KY369904株形成一个聚簇。结论本研究采用HeLa细胞分离与鉴定到了1株肠道病毒，VP4基因进化分析判断为CVB4江苏地方株，对预防与控制当地的肠道病毒感染具有重要价值。

简介：摘要目的揭示H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)血凝素(hemagglutinin, HA)基因氨基酸位点的变异情况并探讨其分子进化趋势。方法收集并比对EpiFlu数据库中2020年4月以前H9N2 AIV毒株HA基因序列信息，采用生物信息学的方法分析HA蛋白关键受体结合位点、裂解位点、糖基化位点的氨基酸差异。结果84.92%(4 067/4 809)序列HA226位点的谷氨酰胺(glutamine, Q)被亮氨酸(leucine, L)替代；来自禽类的序列发生HA-Q226 L突变的占84.75%(4 013/4 735)，来自哺乳动物的序列发生HA-Q226 L突变的占72.97%(54/74)；96.26%(4 629/4 809)序列HA蛋白裂解位点基序模式仍保持低致病性AIV的特点，但有180条来自禽类的序列HA蛋白裂解位点插入了2个碱性氨基酸；58.68%(2 822/4 809)序列新增1个或者2个潜在糖基化位点，而66.44%序列(3 195/4 809)丢失糖基化位点HA210-212。结论H9N2亚型AIV HA蛋白受体结合位点趋于结合人类受体，对哺乳动物的适应性增加，HA蛋白裂解位点和糖基化位点有向高致病性AIV的序列特征突变的倾向。