简介:根据拟南芥的MIKC型MADS—box蛋白序列构建HMM(hiddenmarkovmodel)模型,在大豆基因组中确定了57个MIKC型MADS-box同源基因。分子进化树分析表明,57个大豆MIKC型MADS-box基因分为14个亚类,而MIKC^+型基因又分为两个进化支。控制花形态建成的ABCDE同源异型基因(如AP1,AG,AP3和PI等)和重要的控制开花时间的基因(如SVP和SOCl)在大豆基因组中表现出多拷贝的特征。MEME和SMART分析表明,大豆和拟南芥MIKC型MADS—box基因具有保守的MADS和K-box基序,还有一些亚类具有特异的基序。MIKC型MADS—box基因结构较为保守,多数基因具有7~8个外显子。本研究得到的MIKC型MADS—box基因为下一步研究大豆花形态建成和开花时间调控的分子机制提供了重要参考依据。
简介:NBS类抗病基因是植物中最大的一类抗病基因。亚麻荠是一种新型能源及特用油料作物,抗病、虫、杂草及逆境能力极强。然而,有关其抗性分子机理鲜有报道。本研究采用NB-ARC标准结构域的HMM模型,对亚麻荠本地蛋白质数据库进行检索分析,在全基因组水平上鉴定NBS类抗病基因。结果表明亚麻荠基因组共有472个NBS类抗病基因,分布于17条染色体上,56%的基因成簇分布。所有串联重复基因也都以基因簇的形式出现,这表明串联重复有利于基因簇的形成。系统发生树分析显示TIR-NBS-LRR(TNL)和CC-NBS-LRR(CNL)两类亚家族的抗病基因可能在进化过程中遵循不同的进化路径,导致其在应对病原菌侵染时发挥不同的功能。本研究发现将为鉴定新的植物抗病基因和解析亚麻荠高抗病机制提供科学参考。