简介:摘要目的了解克山病(KD)患者与健康人群外周血微小RNA(miRNA,miR)差异性表达情况及生物信息学特征,探讨KD的发病机制。方法在山东省五莲县KD重病区选择10例慢型KD患者作为KD组,同时在山东省东昌府区非KD病区选择10例健康人群作为对照组。采集肘静脉血,分离血浆,应用转录组测序技术(RNA-seq)构建KD组和对照组的差异miRNA表达谱,利用Starbase、miRTarBase、miRDB及TargetScan数据库进行筛选,将数据库中共有的mRNA定义为该miRNA的靶基因,对靶基因进行基因本体功能(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果将KD组的miRNA表达谱与对照组进行差异表达分析,共筛选出132个差异表达的miRNA,其中上调的有90个,下调的有42个;通过Starbase、miRTarBase、miRDB及TargetScan数据库继续筛选获得了53个miRNA,共靶向737个mRNA。GO分析显示,差异表达基因主要参与Ras蛋白的信号转导、跨膜转运、细胞周期调控及细胞黏附等生物学过程;KEGG通路分析显示,差异表达基因主要参与病毒感染、内吞作用、粘着斑、肌动蛋白调节等通路。结论应用RNA-seq技术成功获得KD患者与健康人群的miRNA差异表达谱,并筛选出可能与KD相关的通路及基因。
简介:摘要神经纤维瘤病(neurofibromatosis,NF)是神经系统的遗传性疾病,主要影响神经细胞组织的发育和生长。根据临床表现和基因定位,NF可分为神经纤维瘤病Ⅰ型(NF1)、神经纤维瘤病Ⅱ型(NF2)和神经鞘瘤病(NF3)。NF1占所有病例的96%,NF2占3%,NF3所占不到1%。NF1致病基因位于染色体17q11.2上,该基因编码一种肿瘤抑制蛋白,在Ras/MAPK和PI3K/mTOR信号通路起负性调节作用。NF2是由于22号染色体NF2基因功能缺失,导致其编码的merlin蛋白发生功能障碍。相比之下,NF3致病分子机制仍不清楚,主要认为与肿瘤抑制基因SMARCB1和LZTR1的基因突变有关。然而,尽管NF的机制研究在分子遗传学领域突破不断,但有不少研究发现非编码RNA在NF的发病中也起着至关重要的作用。有研究表明,非编码RNA在RNA加工过程中会引起基因突变水平、表达水平以及RNA水平变化,从而影响肿瘤的发生、生长和进展。其中,微RNA(microRNA,miRNA)在多种实体肿瘤中表达异常,对实体肿瘤的形成具有更为重要的意义。本文对近年来关于miRNA在NF中的研究进展进行总结,以了解miRNA在NF发生发展中的作用。
简介:【 摘要 】 目的: miRNA 、 CEA 及 NSE 联合检测对早期肺癌的诊断价值 。 方法: 选择 2019年 1月至 2020年 1月本院收治的 60例肺癌患者作为研究组,同时选择在同期间来我院进行体检的 60例体检者作为研究的参照组,肺癌患者于入院第二天清晨取其空腹静脉血 5ml,进行血液检测。 结果: 研究组患者的 miRNA、 CEA、 NSE水平均显著高于参照组,两组数据比较有显著差异性( P<0.05)。 在肺癌的诊断中, CEA具有更高的特异性, NSE具有更高的敏感性, miRNA、 CEA、 NSE三者联合检测时,敏感性、特异性、准确性分别为 90.6%、 93.6%、 92.5%,检测的敏感性、特异性均显著提高。 结论: miRNA、 CEA、 NSE单独诊断肺癌时,鉴别诊断效果不如联合诊断效果,临床在对肺癌诊断时,可联合这三种血清指标来进行诊断,有效提高诊断的有效率。
简介:微小核糖核酸(microRNA,miRNA)是一段高度保守非蛋白编码的单链小分子RNA,在真核生物中广泛存在,可调控基因的表达。miRNA通过与目的mRNA的3曚端非编码区(3'-UTR)互补配对,致使mRNA降解或抑制其翻译,在转录后水平对基因表达进行调控。正常情况下,miRNA参与机体基本生命活动的调控,但当miRNA发生突变或表达水平明显改变时,机体也会随之发生异常。人们通过大量研究,对miRNA认识逐渐深入,发现它在肿瘤发生、肿瘤相关信号转导、肿瘤血管生成、肿瘤转移过程中均发挥重要作用。Catto等[2]曾回顾总结了40余种miRNA在泌尿系肿瘤中的作用。本文主要就近年来相关研究的新进展综述如下。
简介:高通量测序技术速度快、成本低、通量高,广泛应用于miRNA领域研究。本研究基于高通量测序技术所产生的海量小RNA数据,结合已有的数据分析软件,开发了一套快速高效一键化的miRNA分析流程。该流程整合多个生物信息学数据分析软件,对多个miRNA高通量测序数据集进行标记、整合和去冗余分析,只需运行一次核心程序就可以实现对多个miRNA高通量测序数据的分析,避免每个样本单独数据分析的技术重复,精简后的数据集能大幅度减少软件计算量,显著提高软件运行效率。本研究利用快速高效miRNA分析流程分析黄颡鱼性腺XX卵巢、XY精巢、YY精巢的miRNA高通量测序数据,获得一批准确的黄颡鱼保守miRNA。在相同参数设置下,miRNA分析流程可以显著节约分析时间。该流程最终输出结果为多样本整合后的miRNA表达数据,便于研究者直接进行样本之间的比较和miRNA的表达差异,减少研究者手动整合分析结果的操作步骤。miRNA分析流程针对多样本miRNA测序数据具有明显的优势,样本越多测序量越大,软件运行效率越高。针对日益积累的海量小RNA测序数据,miRNA分析流程高效快速一键化数据处理优势将会越来越明显。
简介:摘要生殖细胞肿瘤(GCT)是一类多见于年轻人群的肿瘤,常发生于性腺部位(包括男性睾丸和女性卵巢),病理类型多样,虽然临床上广泛应用的肿瘤标志物如AFP、β-hCG、乳酸脱氢酶(LDH)有较好的敏感度和特异度,但缺乏特异性肿瘤标志物的GCT及其晚期耐药患者还需要更敏感和特异的标志物。随着分子生物学的发展,发现多种微小RNA(miRNA)在不同类型GCT中存在异常表达,其中miR-371a-3p在GCT的诊断、疗效评估及随访监测方面均优于传统手段,有望成为新型肿瘤标志物。本文就miRNA在性腺GCT中的研究进展作一综述,希望能为未来研究提供参考。
简介:摘要:白癜风是一种由自体表皮黑素细胞进行性破坏引起的色素脱失性皮肤病。其发病机制尚未阐明,目前主要的理论包括遗传、氧化应激、环境因素和自身免疫耐受的破坏等。近年来,外泌体在自身免疫疾病中作用备受关注,研究认为外泌体及其携带的 miRNA 可能以细胞间通讯的方式参与白癜风发病的过程,因此,外泌体的潜在临床价值可能是作为生物标志物和潜在的治疗工具。在这篇综述中,我们研究了外泌体与白癜风的关系,就外泌体miRNA 在白癜风的发病机制以及治疗中的作用的最新研究进展进行论述。
简介:摘要目的比较高级别宫颈上皮内瘤变(CIN)与宫颈癌组织中微小RNA-145(miR-145)和微小RNA-200c(miR-200c)的表达水平。方法抽取山西省肿瘤医院2019年2月至2020年3月收治的80例行锥切手术治疗的CIN患者作为CIN组,根据宫颈病变程度将其分为Ⅰ级组(24例)、Ⅱ级组(34例)、Ⅲ级组(22例)。另选择同期40例行根治手术的宫颈癌患者作为宫颈癌组。收集锥切术后留取CIN组织、根治手术存档宫颈癌组织及癌旁正常组织(距离癌灶>3 cm)进行miR-145和miR-200c水平检测。比较miR-145和miR-200c在CIN组织、宫颈癌组织和癌旁正常组织中的表达水平,不同级别的CIN组织中miR-145和miR-200c的表达水平,不同临床病理参数的宫颈癌患者病变组织中miR-145和miR-200c的表达水平。结果宫颈癌组织中miR-145和miR-200c的表达水平为0.40±0.06、0.35±0.09,CIN组织中miR-145和miR-200c的表达水平为0.78±0.20、0.35±0.09,低于癌旁组织的1.00±0.11、1.00±0.15(P<0.05),且宫颈癌组织中miR-145和miR-200c的表达水平低于CIN组织(P<0.05)。Ⅲ级组CIN组织中miR-145、miR-200c的表达水平低于Ⅰ级组和Ⅱ级组(P<0.05)。合并淋巴结转移、低分化、肿瘤长径>4 cm的宫颈癌患者宫颈组织中miR-145、miR-200c的表达水平低于未合并淋巴结转移、高分化、长径≤4 cm的宫颈癌患者(P<0.05)。结论miR-145和miR-200c在CIN、宫颈癌组织中表达下调,其表达水平随CIN级别升高而下降,二者可能参与宫颈癌的发生、发展过程。
简介:摘要目的通过检测类风湿关节炎(RA)患者血浆外泌体中miRNA-146a-5p和miRNA-155-5p的表达,探讨其在RA发病中的作用。方法采用Qiagen外泌体提取试剂盒提取56例RA患者和24例健康者血浆中的外泌体,以miRNA-451a作为内源性参考对照,实时定量聚合酶链反应(RT-PCR)检测外泌体中miRNA-146a-5p和miRNA-155-5p的相对表达量,使用2-△△Ct法计算相对表达水平。结果RA患者外泌体中miRNA-146a-5p和miRNA-155-5p的相对表达量均显著高于健康对照组[13.662(6.058,30.801)vs 5.261(2.453,12.103)和33.354(15.087,275.309)vs 11.684(1.551,17.221),P均<0.05],且活动期RA组中二者的相对表达量也明显高于稳定期RA组[27.542 (13.905,87.017) vs 7.217 (5.218,13.697)和155.110 (35.600,437.745) vs 15.526 (10.628,24.504),P均<0.05]。外泌体中miRNA-146a-5p和miRNA-155-5p水平与基于C反应蛋白的28个关节疾病活动性评分(DAS28-CRP)、基于红细胞沉降率的28个关节疾病活动性评分(DAS28-ESR)、关节压痛数(tender joint count,TJC)和关节肿胀数(swollen joint count,SJC)均呈正相关。RA组和健康对照组外泌体浓度[660.381 (581.212, 807.308) μg/ml vs 675.897 (559.328, 752.316) μg/ml],以及活动期RA组和稳定期RA组外泌体的浓度[634.963 (561.095, 756.107) μg/ml vs 676.374 (589.167, 898.333) μg/ml]差异均无统计学意义(P>0.05)。结论miRNA-146a-5p和miRNA-155-5p在RA患者血浆外泌体中明显高表达,且在活动期RA组中的表达明显高于稳定期RA组,提示血浆外泌体miRNA-146a-5p和miRNA-155-5p可能在RA发病中起重要作用,且与疾病活动度有关。
简介:摘要目的初步探究自噬核心蛋白Atg101对白色脂肪细胞衰老的影响。方法构建Atg101敲减的3T3-L1成熟脂肪细胞模型,验证Atg101对自噬相关蛋白LC3和p62蛋白的影响。构建并分析人类皮下脂肪组织的RNA-seq数据库,基于Atg101与其他基因FPKM值的Pearson相关系数(R2>0.4, P<0.050)预测共表达基因集并进行KEGG和Reactome富集分析。构建年轻小鼠(8周龄)和老龄小鼠(18个月龄)模型,实时定量PCR(RT-qPCR)和Western印迹法检测Atg101在腹股沟皮下脂肪和内脏脂肪中的表达水平。进一步通过RNA-seq、Western印迹和RT-qPCR检测白色脂肪细胞衰老相关分泌表型(senescence-associated secretory phenotype, SASP)、细胞周期及线粒体稳态相关基因的表达差异,分析Atg101敲减对脂肪细胞衰老的影响。结果在3T3-L1脂肪细胞敲减Atg101后自噬相关蛋白LC3-Ⅱ显著降低,p62蛋白明显上调,提示细胞自噬受损。KEGG富集分析发现Atg101共表达基因集主要富集于自噬和衰老相关通路;Reactome富集分析发现该基因集与多个细胞周期信号通路相关。RT-qPCR和Western印迹证实Atg101在老龄小鼠皮下脂肪组织中mRNA和蛋白表达水平均下调,内脏脂肪组织蛋白水平也显著降低。最后,白色脂肪细胞模型中Atg101敲减后SASP相关基因表达上调,细胞周期特异性基因表达受限并且细胞周期素依赖性蛋白激酶抑制因子p16、p21表达显著增高,线粒体稳态调节基因表达也受到抑制。结论Atg101可能通过影响自噬活动调控白色脂肪细胞衰老,从而破坏线粒体稳态。